问题标签 [ggtree]

我正在尝试使用 R 包 ggtree 来可视化我的多基因树。我使用以下代码：

树的一些尖端标签在绘图区域之外并且不可见。我使用 dev.size("in") 命令获取图形窗口的大小，它返回：[1] 5.760417 5.750000。我希望树可以显示在 A4 纸张大小的区域中，所以我尝试通过以下方式制作更大的图形窗口：

但它不起作用。dev.size("in") 命令仍然返回：[1] 5.760417 5.750000，并且树的一些尖端标签仍然在绘图区域之外。如果我使用 ggsave 保存图像：

它给出了一个错误：

如果我将图像保存为 pdf 文件：

它可以工作并且可以保存图像，但是树的一些尖端标签仍在绘图区域之外。我尝试增加ggsave中的高度和宽度值，但是树的大小随着绘图画布的增加而增加，所以不可见的提示标签总是不可见的

您知道如何纠正问题并显示树的所有完整提示标签吗？如有任何帮助，我将不胜感激！</p>

我正在寻找将交配系统的类型（一夫一妻制、一夫多妻制和混杂）绘制到使用caper包构建的系统发育树ggtree()和 nexus 文件格式的超级树上。我曾尝试在 phytools 网站上遵循本教程，但是我对它的理解还不够。我的 S3 比较数据集如下所示：

我想制作一个圆形/扇形系统发育树，显示哺乳动物在树枝上使用的交配系统类型。重申一下，我已经制作了一棵令人满意的树——我想在它上面添加离散字符（MO、PG 或 PR）——将树的树枝向下可视化为三种颜色之一（红色、蓝色、紫色）。

我将这些数据用于我的树：

此代码用于创建 S3 比较数据集（SuperTree 是大多数哺乳动物物种的关联文件。我无法传递此文件，因为我是由其他人提供的）

最后，创建树的这段代码：

进化枝标签不会完全复制，因为我只提供了完整数据集的样本——希望这不是问题。

感谢您对我的问题和帮助的耐心等待。

我有以下数据和情节：

数据：

阴谋：

此外，我有以下树对象：

绘制如下：

我想要做的是将树和第一个图结合起来，并在树中的顺序之后对第一个图的 y 轴进行排序，以便它们匹配。我在这里尝试使用一些解决方案，但我似乎无法使用 facet_plot 函数生成相同的图。有没有办法在两个图的 y 轴上识别加工值，然后将它们组合起来？

这就是我希望它看起来的样子（大约）：

我有一个phylo包含 24 个提示和 23 个内部节点的类的系统发育树。我使用 对这棵树和数据进行了引导分析boot.phylo，它返回了一个包含 23 个引导值的向量。我从原始树创建了一个 ggtree 对象，现在正尝试将引导值添加到节点。我做错了什么，但我不知道是什么。

这是我所做的：

bphylo$BP是 23 个引导值的向量。当我运行此代码时，我收到以下错误：

我不明白这个错误，因为我只想将引导值放在可能的 47 个位置中的 23 个上。

当我调用以下函数时，我得到的值为 23：

如果 的长度gg.tr$data$isTip==FALSE是 23 并且我有 23 个引导值，为什么我会收到错误消息，告诉我我的标签长度​​错误？

我有一个.tre格式和随附数据集的系统发育树。树的确切形式无关紧要，它只是一个随机的系统发育树。数据集有两列：名称和颜色。

在绘制这样的树时，我很可能会从随附的数据集中向树中添加彩色点（两种不同的颜色）。问题是当我使用以下代码时：

当然，它会为点着色，但颜色具有它们在随附数据集中的顺序。

但是我想将基于树中物种名称的颜色与数据集中的颜色进行匹配（它们的格式相同，但顺序不同）。我还没有弄清楚。你能帮我解决这个问题吗？

非常感谢。

示例代码：

我得到了什么： 错误标记的树

我想得到什么： 正确标记的树

最后一行给出了一个错误：

错误内容如下：

我检查了 gheatmap 函数的默认参数colours。

编辑
我试图做一个可重现的例子：

我正在 R 上用 ggtree 构建一棵树。

这是newick文件内容：

这是我使用的代码：

为了根据引导级别获得点颜色，我使用了这部分：变量geom_nodepoint(color=col, alpha=1, size=1.5, show.legend = TRUE)在哪里，col例如：

我根据此变量中的数字制作：

现在我只想在树中显示 5 个范围的颜色图例，例如：

但该选项 show.legend = TRUE不适用于此。有人有想法吗？我也尝试添加p + theme(legend.position="right")，但仍然没有传说。

谢谢您的帮助。

这是代理（树）

我想运行这段代码（如下）为一些正射影像数据生成收益/损失树。我一直在关注 github 指南 https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools

并且已经完成了所有这些，除了最后一部分用于绘制数据。

我敢肯定有很多方法可以做到这一点，ggplot2但如果有人知道如何修复此代码以使子集参数不再存在，那将非常有帮助。

这是我收到的错误消息：

警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告消息：名称标准化后重复美学：大小

我还不确定那个美学错误是否会让我感到悲伤，但我知道R不再使用subset，所以这绝对是一个问题。

我需要结合系统发育树和热图，所以我一直在尝试通过在 R 中使用 ggtree 和 phytools 包来做同样的事情。但是，我没有成功。我的数据集如下，

以下教程采用了代码， http ://www.randigriffin.com/2017/05/11/primate-phylogeny-ggtree.html 代码如下，

当我遵循相同的代码而不做任何更改时，它工作得非常好。但是，当我尝试使用我的数据时，它显示错误。我不知道，如何使用 fastBM 将我的树与数据文件结合起来。我想我应该使用其他功能，而不是 fastBM。请帮我做同样的事情。

我正在尝试在系统发育树旁边绘制热图并根据数据为热图着色。但是，当我尝试在 R 中使用 ggtree 进行绘制时，出现错误：找不到函数“scale_fill_manual”。

我尝试了几次网络搜索来解决这个问题。我的代码基于以前发布的示例：https ://github.com/GuangchuangYu/plotTree-ggtree/blob/master/03_curated_genes.R

这是系统发育数据的示例（newick 格式的树文件）：

(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);

这是热图数据（csv 格式文件）的示例：

这是我当前的 R 脚本：

我希望这个网站上的情节类似于情节 3：https ://github.com/GuangchuangYu/plotTree-ggtree ，但是我收到错误：scale_fill_manual 中的错误（values = heatmap.colours，breaks = 1:7）：可以找不到功能“scale_fill_manual”

我正在使用 R 版本 3.6.0、Bioconductor 版本 3.9 (BiocManager 1.30.4) 和 ggtree 版本 1.16.1

任何帮助将不胜感激！