问题标签 [ggtree]

如何根据样本所属的组简单地为我的树的尖端着色？

我如何处理元数据以使提示显示为彩色圆圈或正方形（或其他形状）并根据这些颜色创建图例？

我在 ggtree 文档中看到了类似的树，但是它们的代码非常复杂（例如参见https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html中的第 4.3.7.3 节）。

此外，我无法重现这些示例，因为它们依赖于他们无处明确可用的元数据：

例如。

必须有一种简单的方法来使用此元数据为提示着色。

我想结合 ggtree 生成的 p 和基于 dat 的直方图。系统发育树和直方图都有相同的条目，但我唯一观察到的是没有任何文本或直方图的系统发育树。我不明白为什么树和直方图不结合。

这就是我希望它最终的样子。面板“树”和“特征”。

我正在尝试在树的尖端制作带有饼图的系统发育树，但我真的不知道该怎么做。

这是一个简单的虚构示例

如果我现在想在标签名称右侧的每个提示处包含一个小饼图（因此带有字母的标签名称应该仍然存在），我应该怎么做？

我正在尝试按照treedata book中的描述向节点添加范围栏。这是我想要实现的书中的一个例子：

注意红条。

这是应该创建带有红色条的树图像的代码：

但是，生成的图没有红条。

为了给每个节点添加红条，我需要做什么？

我正在使用 ggtree v2.2.4、treeio v1.12.0 和 ggplot2 v3.3.2。

我正在尝试从一个图中删除 x 轴（左侧的树应该没有 x 轴标签、刻度、线等），同时将 x 轴保留在右侧的图上（0- 60，刻度，标签：“G 的数量”）。我搜索了几乎所有的 ggtree 博客、ggtree github、ggplot2 帮助、ggtree 帮助等，但均未成功。

图片显示了我的情节在没有任何提示标签或图例的情况下的样子：

其他人正在这里寻找相同问题的答案：https ://groups.google.com/g/bioc-ggtree/c/CPb1C955PHo 。

我根据表型特征做了一棵树，例如：species1 2102102 species2 1101210，其中数字是特征的表示。我计算了汉明距离，然后将它们归一化。接下来，我创建了一个 NJ 树，然后使用了这个函数：https://augix.github.io/wiki/Make%20trees%20in%20R,%20test%20its%20stability%20by%20bootstrapping.html 这是输出：新泽西树

现在我想使用ggtree，但我不知道如何根据我的距离将这些引导值添加到正常的 NJ 树中。boot.tree问题是当函数的输出只有 9 个数字时，有 20 个节点。代码：

我一直在尝试使用 R 中的包绘制带有颜色编码的分支和提示的树。这是使用Anolis蜥蜴ggtree树的示例代码。

我遇到的问题是生成的图包含一个文本元素（一个小的“a”）作为图例的一部分。我一直无法弄清楚如何从图例中省略这个文本元素。我想保留图例本身，但我不希望在上例中与红线和蓝线一起绘制的红色和蓝色“a”。

通常它就像不将颜色参数设置为元素标签 (geom_tiplab) 中的 aes 一样简单。但是，如果我不调用 aes 下的组颜色...

我收到一条错误消息，提示找不到对象“组”。所以它似乎不像普通的ggplot那么简单。

我的目标是绘制一棵树并在树旁边的表格中添加一些注释。我想添加颜色和文本（给定的数据在数据框中）。

我能够绘制树和标签，但不知道如何添加表格。有解决办法吗？

这是我当前生成树的代码：

我想大致实现以下图像（但标签和颜色对齐）

我正在尝试使用 RevGadgets 1.0.0 和 ggtree 2.4.2 绘制在 RevBayes 中生成的祖先状态树。调用如下，所有变量都检出，包括树文件，采用 Nexus 格式，我可以在 FigTree 等中打开。

错误消息是“DataMask$new(.data, caller_env) 中的错误：缺少参数“caller_env”，没有默认值”

这似乎是一个 rlang 错误，但我没有找到解决问题的方法。RevGadgets 调用“plot_ancestral_states”的文档为零。

感谢您的任何帮助。

我尝试使用命令 >BiocManager::install("ggtree") 安装 ggtree，但最终出现错误 >Installation paths not writeable, unable to update packages path: C:/Program Files/R/R-4.0. 5/库包：boot、class、cluster、KernSmooth、lattice、MASS、Matrix、mgcv、nnet、spatial、survival 旧包：'cachem'、'stringi'、'tibble'、'xfun' 更新全部/一些/无? [a/s/n]：