我想结合 ggtree 生成的 p 和基于 dat 的直方图。系统发育树和直方图都有相同的条目,但我唯一观察到的是没有任何文本或直方图的系统发育树。我不明白为什么树和直方图不结合。
library(ggtree)
library(ggplot2)
tree <- read.tree("mammal2.nh")
#My newick file "mammal2.nh" is :
#(((((((((((((((((((((((((Monodelphis domestica)Monodelphis)Didelphinae)Didelphidae)Didelphimorphia)Metatheria,(((((((((((Mus musculus)Mus)Mus)Murinae)Muridae)Muroidea)Myomorpha,(((((Marmota marmota)Marmota)Marmotini)Xerinae)Sciuridae)Sciuromorpha)Rodentia)Glires)Euarchontoglires)Boreoeutheria)Eutheria)Theria)Mammalia)Amniota,((((((((Xenopus laevis)Xenopus)Xenopus)Xenopodinae)Pipidae)Pipoidea)Anura)Batrachia)Amphibia)Tetrapoda)Dipnotetrapodomorpha)Sarcopterygii)Euteleostomi)Teleostomi)Gnathostomata)Vertebrata)Craniata)Chordata)Deuterostomia)Bilateria)Eumetazoa)Metazoa)Opisthokonta)Eukaryota)cellular_organisms);
p<- ggtree(tree, branch.length='none')
Name = list('Marmota Marmota', 'Monodelphis domestica', 'Mus musculus', 'Xenopus laevis')
pcnt = list(5,20,6,9)
dat <- do.call(rbind, Map(data.frame, Name=Name, pcnt=pcnt))
p2 <- geom_facet(p,panel = 'aa',
data=dat,
geom=ggstance::geom_histogramh(),
aes(x=pcnt, y=Name),
stat="identity"
)
p2
这就是我希望它最终的样子。面板“树”和“特征”。