我正在用 ggtree 和 gheatmap 创建一棵树。我正在尝试解决如何删除尖端瓷砖之间的空间和/或合并具有相同值的相邻瓷砖。

下面是我使用的代码：

这将创建我所追求的树： ggtree plot

但是，我想删除热图图块之间的间距，以便对其进行连续查看。具体来说，我希望具有相同值的相邻图块看起来像一个更大的图块。

任何帮助将不胜感激，干杯，汤姆

我已经在 ggtree 中生成了一个树，并且想要创建一个时间树，我需要在单独的 .xl 文件中存在日期。是否有任何包可以帮助将日期分配给 FASTA 文件中的每个序列。

我正在尝试使用 ggtree 绘制一棵大树，但是由于它的大小，我想折叠多个节点。我正在关注一个教程，但它一次折叠一个节点，这不是我的选择。

这是我的代码：

我需要一些帮助，我不知道如何解决它。我看了看drop.tip，但我不确定这是我想要的，因为我仍然想要折叠节点所在的彩色点。

我期待您的反馈，感谢您的关注。

我的编码经验非常有限，所以请多多包涵！

我有一个 newick 树和一个 .txt 文件，其中包含分配给各种克隆编号的各种单元格编号，如下所示：

我已经按照PHE：Bioinformatics页面中的步骤进行操作，我得到的只是所有提示上的一种颜色，似乎没有按克隆数对细胞进行分类。

这是结果图的图像：

我正在尝试创建一个系统发育树，它为不同的背部模式显示不同颜色的尖端，当我几周前第一次尝试这个时它工作得很好，但现在尝试它我得到了上面的错误代码。自上次以来，我唯一不同的是更新了一些软件包。

我正在使用的代码如下：

根据对此错误的其他查询，我的数据中没有 NA，树加载正常，直到我使用geom_tippoint(aes(fill = PATTERN))

由于此代码以前有效，并且我没有更改数据的结构（字符和数字），我不确定问题出在哪里。

数据片段：

提前致谢。

编辑：使用 dput 我来自“frogdata”的数据片段是：

'frogtree.2' 的片段是：

这棵树是作为 newick 文件导入的

我尝试使用的软件包是：

更新：所以我正在使用@Skaqqs 提供的代码：

这适用于 ggtree 代码：

但是 dat.1 DF 与我的数据集不一致，因此它生成的树无效。我还想看看是否可以使用我的数据集（整个 DF 的完整 dput 输出）将 REGION 作为形状美学添加到树中：

然后我从我的数据集中创建了另一个 DF：

绘制它：

但我收到此警告消息：警告消息：

而这个图：

https://i.stack.imgur.com/JxdCq.png

我看不出我的数据集有什么问题来获取此警告代码和缺少的提示点，我看不到任何 NA。

我将我的树以 nwk 格式导入到 R 中。

我能够按照常见问题解答中的说明进行操作（提取引导值并显示大于 70% 的引导值），但很难在没有下划线的情况下使用我的新标签。它在我在 geom_tiplabel 中使用 label_value 时有效，但在我使用 aes(label=....) 时无效。我也没有成功将物种名称斜体化。理想情况下，我想用斜体显示“物种名称”，而不是用斜体显示“加入”和“菌株 XYZ”。

我不知道我的错误在哪里。任何帮助深表感谢。

您将在下面找到我制作的示例脚本。我还在此处附加了 nwk 格式的示例树。

提取和转换引导值

用tiplabels提取标签并删除下划线

用tiplabels提取标签并删除下划线

ggtree 使用 label_value 使用不带下划线的标签

ggtree 使用 geom_tiplabel 使用不带下划线的标签，不起作用

更新

我再次使用了常见问题解答中的示例。

ggtree 使用 geom_tiplabel，添加数据框，加入粗体，物种名称斜体，addinfo 正常

添加的数据框在这里。树现在看起来像这样。这是我用上面的脚本得到的树

我知道该脚本之所以有效，是因为我删除了数据框中的空格（例如，物种名称变成了物种名称）。

因此，如果我现在将我的数据框改回原来的，我该如何使用 parse 来避免出错并将其包含在 ggtree 中？

解析错误（文本 = 文本 [[i]]）：：1:33：意外符号 1：粗体（加入）~斜体（物种名称 ^

我想用Newick文件做一个系统发育树，内容是这样的

但是当我尝试用该文件制作系统发育树时，输出是这样的。

我认为必须打破x轴，但我无法弄清楚。

我想要的输出是这样的。

我正在尝试做与此处博客中描述的内容类似的事情，但将 R 与 ggtree、ggmap 和 ggplot2 一起使用。

我希望能够将系统发育树的图和在地理地图上显示尖端采样位置的地图结合起来，并按段将尖端链接到采样位置。那将允许看到即。如果某些集群出现在特定的地理位置（即某个区域的北部、南部），并且还允许使用提示颜色/符号显示不同的数据。这将首先用作探索性图表，但也可以稍后用于发布......

我想使用 gg* 库（ggplot2、ggtree、ggmap ...）来做到这一点，因为这样很容易修改绘图以显示不同的变量。这是一个虚拟脚本来描述我到目前为止是如何做到的。我分别绘制树和地图并将它们组合起来。我还希望能够为这两个情节有一个共同的传说。组合后我被卡住了，我不知道如何将树图中的点与地图上的点与线段联系起来。

任何人对如何做到这一点或替代方法有想法/可能的解决方案？

这是用于说明创建图的虚拟数据集

ggmap 需要 API 密钥来创建地图（抱歉，我无法共享 API 密钥，但您可以在谷歌云上免费制作一个）。我保存了地图对象及其可从此处下载。

出于某种原因，我必须添加主题才能看到点的图例，它不是自动创建的。这不应该发生。如果有人在这里看到我做错了什么，请告诉我。

然后我在地图上添加采样位置，并停用与树图例通用的图例

然后我将树图和地图图结合在一起。我尝试使用“patchwork”和“ggpubr”包。到目前为止，用 ggpubr 合并绘图并绘制单个图例似乎更容易，所以这是我目前在合并绘图时的首选

这是系统发育树 (ggtree) 和使用 ggpubr获得的地图 (ggmap) 的组合图。

我被困在这一点上。我需要一种方法将树尖端的相应点之间的段添加到地图上每个尖端的相应采样位置

关于我如何做到这一点的任何解决方案/想法？

我有一个由 Newick 文件制作的系统发育树。

Newick 文件是

输出树是这样的。

我想像这样注释节点。（根据枝长）

我用 Vphylomaker 制作了系统发育树状图，并用 ggtree 绘制。

这是一个数据示例。

我想根据“数据”中的特征（森林、湿地等）信息为标签（物种）着色。