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我正在用 ggtree 和 gheatmap 创建一棵树。我正在尝试解决如何删除尖端瓷砖之间的空间和/或合并具有相同值的相邻瓷砖。

下面是我使用的代码：

library(ape)
library(tidyverse)
library(ggtree)

tree <- rtree(50)
tree_plot <- ggtree(tree, size = 1, layout = "circular", branch.length = "none")

dummy_data <- data.frame(data = c(rep(1,10),rep(2,10),rep(3,10), rep(4,10), rep(5,10)))
row.names(dummy_data) <- tree$tip.label

gheat_Sensitivity <- gheatmap(p = tree_plot, data=dummy_data, width=0.1, colnames = FALSE) +
new_scale(aes(color = dummy_data)) +
scale_fill_gradientn(colors = c("grey", "yellow"), breaks = c(1, 5.0))

plot(gheat_Sensitivity)

这将创建我所追求的树： ggtree plot

但是，我想删除热图图块之间的间距，以便对其进行连续查看。具体来说，我希望具有相同值的相邻图块看起来像一个更大的图块。

任何帮助将不胜感激，干杯，汤姆

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有点晚了，但对于其他有同样问题的人，您可以将 colour=NA 添加到 gheatmap 调用中，即

gheatmap(p = tree_plot, data=dummy_data, width=0.1, colnames = FALSE, color=NA)

请参见此处 - 使用 color=NA 后，左侧带有行空间的热图。

于 2021-08-20T09:48:59.200 回答