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我正在尝试做与此处博客中描述的内容类似的事情，但将 R 与 ggtree、ggmap 和 ggplot2 一起使用。

我希望能够将系统发育树的图和在地理地图上显示尖端采样位置的地图结合起来，并按段将尖端链接到采样位置。那将允许看到即。如果某些集群出现在特定的地理位置（即某个区域的北部、南部），并且还允许使用提示颜色/符号显示不同的数据。这将首先用作探索性图表，但也可以稍后用于发布......

我想使用 gg* 库（ggplot2、ggtree、ggmap ...）来做到这一点，因为这样很容易修改绘图以显示不同的变量。这是一个虚拟脚本来描述我到目前为止是如何做到的。我分别绘制树和地图并将它们组合起来。我还希望能够为这两个情节有一个共同的传说。组合后我被卡住了，我不知道如何将树图中的点与地图上的点与线段联系起来。

任何人对如何做到这一点或替代方法有想法/可能的解决方案？

这是用于说明创建图的虚拟数据集

library(patchwork)
library(ggpubr)
library(ggtree)
library(tidyverse)
library(ggmap)
library(ggplot2)

mytree <- ggtree::rtree(100)


mymap <- ggmap::get_map(c(left = 0.903, bottom = 44.56, right = 6.72, top = 49.38), 
                 scale = 4, maptype = "terrain",
                 source = "stamen",
                 color = "bw")

save(mymap, file = "dummy_map.Rdata")

ggmap 需要 API 密钥来创建地图（抱歉，我无法共享 API 密钥，但您可以在谷歌云上免费制作一个）。我保存了地图对象及其可从此处下载。

# Loading the map
load("dummy_map.Rdata")

# creating dummy metadata
mytree_data <- tidytree::as_tibble(mytree)

mymetadata <- mytree_data %>% 
    dplyr::filter(!is.na(label)) %>%
    tibble::add_column(year = sample(seq(1990, 2020, by = 1), 100, replace = T), 
               lon = sample(seq(0.91, 6.7, by = 0.01), 100, replace = T),
               lat = sample(seq(44.56, 49.38, by = 0.01), 100, replace = T)) %>%
    dplyr::rename(id = label) %>%
    dplyr::select(id, year, lat, lon) 

# plotting the phylogenetic tree
# phylogenetic tree example     
mytree_plot <- 
    ggtree::ggtree(mytree, layout = "rectangular", ladderize = T, lwd = .2) %<+%
    mymetadata +
    geom_tippoint(aes(color = year), size = 1, show.legend = T) +
    scale_color_gradient(low='red', high="blue", space = "Lab",
                         limits = c(NA, NA), na.value = "black",
                         n.breaks = 8,
                         guide = "colorbar") +
    geom_tiplab(aes(label = label), size = 1, offset = -1E-10) +    
    geom_treescale(fontsize = 2, linesize = 0.5, offset = 1) +
    theme(legend.position = c(0.9,0.15),
          legend.title = element_text(size = 8),
          legend.text = element_text(size = 6),
          plot.title = element_text(hjust = 1))

mytree_plot

出于某种原因，我必须添加主题才能看到点的图例，它不是自动创建的。这不应该发生。如果有人在这里看到我做错了什么，请告诉我。

然后我在地图上添加采样位置，并停用与树图例通用的图例

mymap_plot <- ggmap(mymap, n_pix = 340, darken = c(0.6, "white"))+
    geom_point(data = mymetadata, 
               aes(x = lon, y = lat, color = year), 
               size = 2, alpha = .8, na.rm = T) +
    scale_color_gradient(low='red', high="blue", space = "Lab",
                         limits = c(NA, NA),
                         n.breaks = 8,
                         guide = "colorbar") +
    guides(color = F)
mymap_plot

然后我将树图和地图图结合在一起。我尝试使用“patchwork”和“ggpubr”包。到目前为止，用 ggpubr 合并绘图并绘制单个图例似乎更容易，所以这是我目前在合并绘图时的首选

# combining plots with patchwork
combined_plot <- mytree_plot + mymap_plot 

# combining plots with ggpubr
# which I like better because it allows to combine the legends which is usefull 
# when more variables are used ie shape for uncertainty location
other_combined <- ggarrange(mytree_plot, mymap_plot,
                      ncol = 2,
                      labels = c("A", "B"),
                      align = "hv",
                      legend = "bottom",
                      common.legend = T)

这是系统发育树 (ggtree) 和使用 ggpubr获得的地图 (ggmap) 的组合图。

我被困在这一点上。我需要一种方法将树尖端的相应点之间的段添加到地图上每个尖端的相应采样位置

关于我如何做到这一点的任何解决方案/想法？

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