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我想运行这段代码（如下）为一些正射影像数据生成收益/损失树。我一直在关注 github 指南 https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools

并且已经完成了所有这些，除了最后一部分用于绘制数据。

我敢肯定有很多方法可以做到这一点，ggplot2但如果有人知道如何修复此代码以使子集参数不再存在，那将非常有帮助。

这是我收到的错误消息：

警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告：忽略未知参数：子集 警告消息：名称标准化后重复美学：大小

我还不确定那个美学错误是否会让我感到悲伤，但我知道R不再使用subset，所以这绝对是一个问题。

library(ggplot2)
library(ggtree)

user_report <- read.csv("outfile.phy_newstyle_report.txt", sep = "\t", header=TRUE, as.is=1, row.names=NULL)

user_tree <- read.tree("tree_4code_internal_labels.tree")

user_p <- ggplot(user_tree, aes(x, y), ladderize=TRUE) + geom_tree() + 
           theme_tree() + 
           geom_tiplab(size=3, align=TRUE, color="purple", x=13) + 
           xlab("") + ylab("") + 
           geom_text(aes(label=Gain, x=branch), size=3, color="springgreen4", vjust=-0.6, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Gain), size=3, color="springgreen4", hjust=0, subset=.(isTip), x=13.5) + 
           geom_text(aes(label=Loss, x=branch), size=3, color="firebrick3", vjust=1.3, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Loss), size=3, color="firebrick3", hjust=0, subset=.(isTip), x=14) + 
           geom_text(aes(label=node), size=2, hjust=-1.5, subset=.(!isTip), color="grey") + 
           scale_x_continuous(expand = c(.1, .2))

user_p <- user_p %<+% user_report

print(user_p)
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