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我想phylogenetic treebootstrap分数注释 a 并为某些cladesin添加颜色ggtree。当我尝试同时执行这两种操作时出现问题,这与内部节点的索引有关。

这是一棵随机树24 tips

library(ape)
set.seed(123)
rtree <- rtree(24)

以下标识了我要为其分配不同颜色的节点:

library(ggtree)
rtree.clade <- groupClade(rtree, c(44, 37, 29))

这些是我想用来注释树的分数​​:

rtree.bs <- c(1000,  918,  966,  997,  661,  631,  711, 1000,  980,  991,  999,  998, 1000, 1000,  990, 1000,  980, 1000, 899, 755, 654, 908, 334)

在以下两棵树中,引导分数不会显示在相同的节点上:

#Tree with color added to clades
ggtree(rtree.clade, aes(color = group)) +
geom_tiplab() +
geom_nodelab(label = rtree.bs, geom = 'label')
#Tree with no color
ggtree(rtree.clade) +
geom_tiplab() +
geom_nodelab(label = rtree.bs, geom = 'label')

在没有颜色的树中,引导分数已分配给正确的节点。是颜色不正确的树。我究竟做错了什么?

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