我想phylogenetic tree
用bootstrap
分数注释 a 并为某些clades
in添加颜色ggtree
。当我尝试同时执行这两种操作时出现问题,这与内部节点的索引有关。
这是一棵随机树24 tips
:
library(ape)
set.seed(123)
rtree <- rtree(24)
以下标识了我要为其分配不同颜色的节点:
library(ggtree)
rtree.clade <- groupClade(rtree, c(44, 37, 29))
这些是我想用来注释树的分数:
rtree.bs <- c(1000, 918, 966, 997, 661, 631, 711, 1000, 980, 991, 999, 998, 1000, 1000, 990, 1000, 980, 1000, 899, 755, 654, 908, 334)
在以下两棵树中,引导分数不会显示在相同的节点上:
#Tree with color added to clades
ggtree(rtree.clade, aes(color = group)) +
geom_tiplab() +
geom_nodelab(label = rtree.bs, geom = 'label')
#Tree with no color
ggtree(rtree.clade) +
geom_tiplab() +
geom_nodelab(label = rtree.bs, geom = 'label')
在没有颜色的树中,引导分数已分配给正确的节点。是颜色不正确的树。我究竟做错了什么?