r - 如何增加ggtree中的最大分支宽度？

Question

我在系统谱的分支中添加了一些特征，并将分支宽度缩放到它们的值：

library(ggtree)
library(tidyverse)

tree <- rtree(3, rooted = T)
trait <- data.frame(node = 1:(length(tree$edge.length)+1),
                    thing = rnorm(n = length(tree$edge.length)+1, mean = 4))

t <- full_join(tree, trait)
ggtree(t, aes(size = thing))

特别是如果特征值的范围很大，分支宽度需要能够反映这一点。如何指定分支的最大宽度？

Answer 1

trait$thing绘制size美学时直接调用向量。最好确保trait按 排序tree$tip.label，尽管ggtree可能会在内部进行一些匹配。

library(ggtree)

tree <- rtree(3, rooted = T)
trait <- data.frame(node = 1:(length(tree$edge.length)+1),
                    thing = rnorm(n = length(tree$edge.length)+1, mean = 4))

ggtree(tr = tree, aes(size = trait$thing)) + 
  scale_size_continuous(range = c(0.2, 2))

来自?scale_size_continuous：

范围

长度为 2 的数值向量，指定转换后绘图符号的最小和最大尺寸。