问题标签 [ggbiplot]

默认情况下，ggbiplot 函数给出一个带有红色箭头和黑色单位标签的负载图：

是该代码的结果

如何更改这些标签的颜色，以及它们的大小或字体？

所以我做了一个 PCA 分析，我通常用 ggplot2 绘制结果，但我最近才发现 ggbiplot 可以显示带有变量的箭头。

ggbiplot 似乎工作正常，尽管它显示了一些问题（例如无法更改点大小，因此我在 MWE 中所做的整个层的事情）。

我现在面临的问题是，虽然 ggplot2 绘图将绘图宽度调整到绘图区域，但 ggbiplot 不会。使用我的数据，ggbiplot 非常窄并且留下非常宽的垂直边距，即使它扩展了与 ggplot2 图相同的 x 轴间隔（实际上，它是相同的图）。

我在这里使用虹膜数据，所以我必须使 png 宽度特别大，这样我面临的问题就变得很明显了。请检查以下 MWE：

此代码生成以下两个图像。

ggplot2 输出（所需的绘图宽度）：

ggbiplot 输出（绘图区域太窄）：

看看 ggplot2 如何将绘图宽度调整到绘图区域，而 ggbiplot 不会。使用我的数据，ggbiplot 图非常窄，垂直边距很大。

我的问题是：如何让 ggbiplot 表现得像 ggplot2？如何使用 ggbiplot 将绘图宽度调整为所需的绘图区域（png 大小）？谢谢！

我想向 ggbiplot 添加一个辅助设置轴；在我的情况下（可能在许多其他情况下），点和箭头具有巨大的比例差异。我希望这些点具有一组 x 和 y 标签（例如底部（x）和左侧（y）），它们将代表 PC1 和 PC2 的值，并且箭头将具有不同的 x 和 Y（例如顶部（x ) 图的一侧和右 (y))，类似于 biplot 的处理方式。有什么建议么。

非常感谢，盖伊

我目前正在一个包含 2000 个观测值和 21 个变量的大型数据集上运行 PCA（主成分分析），其中 20 个变量是我对化石所做的测量，最后一个是关于物种的。2000 个观察结果中有 7 个是我在绘制 PCA 时想要增加尺寸的化石。我目前正在运行的内容：

ir.species <- Size_adjusted_measurements[, 21] ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE, scale. = TRUE)

现在绘制 PCA：

g <- g + scale_colour_discrete(name = "Modern") g <- g + theme(legend.direction = 'horizo​​ntal', legend.position = 'top') print(g)

因为我不允许发布图片，所以我已经与情节建立了 gyazo 链接： https ://gyazo.com/b8706a3063243d5d8e19bb3f8b2eb520

被黑眼圈包裹的是形状空间中的化石。与其他化石相比，如何修改我的绘图代码以增加化石的大小？我试过g <- g + scale_size_manual了，但这不会起作用。非常感谢任何帮助。

我使用 R prcomp 包执行了 PCA 分析（对 Iris 数据）。当我使用 ggbiplot 函数绘制结果时，轴的比例是根据旋转数据（= ir_pca$x）（参见下面的图片链接），但我希望轴根据载荷（= ir_pca$rotation ) 也是如此。两个地块会很好。一个带有载荷和相应的轴缩放比例，另外一个仅显示旋转数据及其相应轴比例的绘图。第三种选择是在一个图中显示两个比例，即在底部和左侧旋转数据，在顶部和右侧显示负载比例。

PCA（虹膜数据）分析的结果仅显示缩放轴上的旋转数据。

我通常使用该函数执行主成分分析，并使用（或仅使用提取）prcomp以一种奇特的方式绘制结果。ggbiplotggplot2pca.obj$x

像这样：

但是，现在我面临具有一定数量 NA 的数据，并且我正在使用pcaMethodspca包中的包装函数，应用该方法（一种能够处理少量缺失值的迭代方法）。nipals

pca返回 class 的对象pcaRes，并ggbiplot返回以下错误：

ggbiplot(pca.obj2) 中的错误：需要类 prcomp、princomp、PCA 或 lda 的对象

我的问题是：

如何应用ggbiplot到pcaRes对象？

如何将此对象转换为prcomp对象？

我可以使用另一个函数而不是ggbiplot接受一个pcaRes对象来获得相同类型的绘图吗？

我应该用变量的平均值替换 NA 值并prcomp像往常一样应用函数吗？

非常感谢！

是否可以ggbiplot在 R 的包中用另一种颜色标记一些特殊的数据点，如数据点，Alcohol = 13.2然后在集群中。我想强调一些特定的数据点。

我正在尝试使用以下代码使用绘图功能 ggbiplot：

我收到以下错误：

我正在尝试在此演示https://www.r-bloggers.com/computing-and-visualizing-pca-in-r/之后执行一些 PCA 分析

我在尝试使用 ggplot2 绘制 PCA 的（基本）图时收到以下错误消息：

plot_label 中的错误（p = p，数据 = plot.data，label = label，label.label = label.label，：不支持的类：princomp

该图在 R 自己的 biplot 函数中工作，biplot(prin_comp)所以我不确定我是否有问题要求 ggplot 执行此操作，或者 PCA 输出是否存在问题，使其不适合 ggplot。我不能发布数据（保密问题），但它是一个相当大的数据集，如果有帮助，我可以发布 PCA 输出？

编辑：这是一个使用 mtcars 数据集的示例，它具有相同的结果：

plot_label 中的错误（p = p，数据 = plot.data，label = label，label.label = label.label，：不支持的类：princomp

同样，这适用于 base R 的 biplot 函数。我希望得到以下类型的输出（不是下面答案中显示的图），因此使用 biplot 而不是 autoplot，如果这不明显，请道歉： biplot mtcars

在谷歌搜索或在这里搜索时找不到类似的错误，但如果其他人能找到它，很高兴能链接到它。

所以，我试图ggbiplot在昼夜猛禽的饮食中创建一个猎物顺序的 PCA，但问题是该ggbiplot函数会自动为每个顺序创建箭头。只有大约 8 个订单对我的研究很重要（即，PC1 和 PC2 中的值大于或等于 0.1）。

这是现在的ggbiplot样子：

我还能够使用该var.axes = FALSE函数成功删除所有箭头以获取此图：

但问题是，无论从哪一个图中，我都不确定如何只删除一部分箭头，这样我就可以保留我需要的 8 个箭头，或者在我删除所有箭头后从头开始将这 8 个添加回图中的箭头。

编辑：我希望所有 38 个订单的 PC 值仍被计入图中，我只想删除不必要的箭头，直到只剩下 8 个。

可重现的例子：

所以，假设我不想包含 Sepal.Width 或 Petal.Width 的箭头。我将如何删除这些并保留另外两个？