问题标签 [ggbiplot]

我正在使用以下示例在 pca 中测试我的数据。

我希望提取用于使用 ggbiplot 函数绘制 PCA 散点图的数据点。我在 ggbiplot 文档中找不到任何内容，但也许有人知道替代方案？

谢谢

几年前，Chitrasen成功地ggvis用于 PCA - 具有显着更高的交互性，ggvis我真的很想继续使用它。但是，我无法在 Chitrasen 的代码之外找到任何信息来实现这一点。

虽然上面链接中的模型提供了准确绘制的点和比例，但缺少矢量加载箭头和变量名称。我认为这一定是因为还没有任何等价geom_segment物ggvis。

我已经尝试拼接相关的代码来ggbiplot解决这个问题：

上面的代码创建了向量加载所需的信息，然后将其传递给下面的代码：

但是，我不断回到无法创建单个细分的同一块砖墙上。直观地说，这应该是可能的，因为ggbiplot它从一个princomp对象中获取信息，这正是 Chitrasen 的模型所使用的。我知道您可以ggvis使用layer_linesand制作一些线条layer_paths，但我还无法让这些线条从 x 和 y 零点辐射。

我想知道是否有人对如何进行/是否有可能使用当前ggvis功能有任何建议？带有成熟 PCA 的工具提示和滑块的潜力让我垂涎三尺……

我正在尝试重新创建我之前在这里制作的 PCA 图，但后来丢失了我用来制作它的代码：http: //imgur.com/a/jtvFd

在上面的这个图中，我能够通过个人的“位置”（不同的形状）以及与每个人相关联且范围从 100 到 300 的数值 DOY 对个人进行分组。

我再次尝试并遇到困难。我的数据被格式化，使得第一列是位置（我想按形状对个人进行分组），第二列是一个数字 DOY（我想为个人着色）：

但是，当我这样做时，我收到一个错误：

错误：美学长度必须为 1 或与数据 (9) 相同：x、y、xend、yend、scale_colour_continuous

我将数据集分为 4 组：groups = taxabylevel。我运行 ggbiplot 并在每个组周围添加椭圆。如何添加每个椭圆的中心？

我正在尝试ggbiplot从ggfortify包中使用。它似乎工作正常，但我收到如下警告消息，

我有没有采取任何错误的步骤，或者它是一个错误。

我正在做主成分分析，得到分析结果后，如何识别前几个主预测变量？因为剧情很乱。很难看到预测变量的名称：

我应该查看 PCA 结果的哪一部分？这更像是如何确定可以解释数据方差的最重要的预测变量，比如说 80%。我们知道，例如，前 5 个组件做到了这一点，而主组件只是预测变量的组合。如何识别那些“重要”的预测因子。

我使用 ggbiplot 来生成双图。我想要不同因子水平的不同颜色的点和代表样本大小的点的大小。让我抓狂的问题是尺寸矢量c(1,2,2,1,3,2,2,1,3,3,2,1,1,1,2,3,2,2,3,1的一部分印在图例中：

我用了：

在哪里

修改实际样本大小以手动控制点的大小：

我实在想不通这个。为什么我的图例中打印了部分尺寸矢量？

我正在做 PCR 分析，我想知道是否有可能根据某些特征为箭头着色？就像在我的示例中一样，我希望将一半的箭头涂成红色（WT），另一个涂成蓝色（SHC）。那可能吗？或者，也许我可以通过排斥箭头的文字来使其更具可读性？我正在考虑使用ggrepel函数，但很难将它实现到ggbiplot。

谢谢您的帮助！
最好的，玛格达
这是我的情节：

这是我用来生成绘图的代码：

我读过 Gardner 和 Le Roux 关于将 Biplot Methodology 扩展到判别分析的论文。我想问是否有人对这种方法有任何实际经验。我有一个来自 kaggle Human Resources Analytics 的数据集的 FDA 模型，可在此处获取 data set。我使用了代码

来拟合模型。训练样本选择使用

当我尝试使用该biplot函数时，我收到一个缺少 y 值的错误。我知道有一个 ggbiplot 函数，但它似乎只适用于 LDA，因为它需要线性判别式进行绘图。而且我在我的模型输出中找不到那些更精确的判别值。我似乎错过了一些东西，但我无法弄清楚它是什么..

我的更多代码

返回缺失的 y 值。

还尝试缩放数据集

尝试使用虹膜数据上的示例但使用 LDA 来拟合 ggplot，但不知道用于aes. 似乎也没有名为 geom_axis 的函数

使用 ggbiplot，如何隐藏绘图中的点以便只显示向量？我知道我可以通过添加来修改点，geom_point()但似乎无法geom_point()在图层后面绘制，ggbiplot()例如将背景颜色设置为点颜色不起作用。