问题标签 [ggbiplot]

我正在使用 ggbiplot() 并希望操纵数据点的颜色和形状以使它们对打印机更友好。目前我从 ggbiplot() 获得了默认的彩虹色。我曾尝试使用参数“+ scale_colour_discrete”和“+ scale_shape_manual”，但“groups=”参数 ggbiplot 似乎覆盖了这些。如果我消除“groups=”参数，则无法绘制椭圆。“+ 主题”参数工作得很好。我的代码如下。我知道我可以在常规 biplot() 函数中更轻松地操纵颜色/形状，但我喜欢 ggbiplot() 提供的置信区间椭圆。

实际上我正在尝试通过这个包绘制 PCA 但是当我绘制加载时，我无法按照我的意愿更改图例（例如，如果我想将图例设置为 (+)M 它会显示其他内容。我所做的如下：

现在的问题是，如果您将变量的名称更改为例如 (+)C 、 (-)C、 (*)C 和 (%)C 然后绘图，它会在图例中显示其他内容

另一方面，图例的标题是 .name ，如何也将其设置为其他内容？

我有一个可以从这里下载的数据 https://gist.github.com/anonymous/5f1135e4f750a39b0255

我尝试使用以下函数绘制带有 ggbiplot 的 PCA

但是，很难看到双标线名称，

有什么方法可以使它更清晰或更好地显示它？

我正在对 2 种栖息地类型的地块进行 PCA，其中我收集了多个环境变量的数据。我能够从 ggbiplot 默认值更改点的颜色。我希望每个点的大小取决于该地块中的树冠覆盖，我可以通过以下方式做到这一点：

其中df$canopy.cover值范围为 0-100 和 0.1，因为 100% 的树冠覆盖率 = 点大小 10。

问题：更改点的大小后，我无法保持与两组关联的颜色。使用以下伪数据：

我得到类似的东西：

当我更换：

和：

根据ggbiplot - 更改点大小我收到以下错误：

有什么建议么？谢谢。

编辑：一些 PseudoData 尝试一下：

我有一个大数据集，并试图绘制一个 PCA。我对最终的情节相当满意，但我想改变几件事：

箭头：它们似乎在背景中并被数据点覆盖。1）我怎样才能使它们成为前景？2) 我怎样才能改变颜色和喜欢的尺寸？

省略号：3）如何使线条变粗？

图例 4）如何放在情节本身的右上方？

提前致谢！！

这是我得到该图表的方式：

Is it possible to change colour of the variables (vectors and their names) shown in ggbiplot? There is such option for observations, but I cannot find one for variables. Thanks.

使用ggord一个可以制作很好的线性判别分析ggplot2双图（参见第 11 章，M. Greenacre 的“实践中的双图”中的图 11.5），如

我还想添加分类区域（显示为与各自组相同颜色的实心区域，比如 alpha=0.5）或类成员的后验概率（alpha 然后根据这个后验概率和相同的颜色用于每个组）（可以在 中完成BiplotGUI，但我正在寻找ggplot2解决方案）。有谁知道如何使用ggplot2，也许使用geom_tile？

编辑：下面有人问如何计算后验分类概率和预测类别。这是这样的：

（不完全确定这种在 1.5 和 2.5 处使用等高线/断点显示分类边界的方法总是正确的 - 它对于物种 1 和 2 以及物种 2 和 3 之间的边界是正确的，但如果物种 1 的区域是在物种 3 旁边，因为那时我会在那里得到两个边界 - 也许我必须使用这里使用的方法，其中每个物种对之间的每个边界都被单独考虑）

这让我可以绘制分类区域。我正在寻找一种解决方案，虽然也使用与每个物种的后验分类概率成比例的 alpha（不透明性）和特定于物种的颜色来绘制每个物种在每个坐标处的实际后验分类概率。换句话说，叠加了三张图像。由于 ggplot2 中的 alpha 混合已知是order-dependent，我认为这个堆栈的颜色必须事先计算，并使用类似的东西绘制

这是我所追求的 SAS 示例：

有人知道该怎么做吗？或者有人对如何最好地表示这些后验分类概率有任何想法吗？

请注意，该方法应适用于任意数量的组，而不仅仅是此特定示例。

我正在使用ggplot2. 现在我正在以传统方式构建双标图，载荷用箭头表示。我也有兴趣使用校准轴并将加载轴表示为通过原点的线，并且加载标签显示在绘图区域之外。在基础 R 中，这是在

但我正在寻找ggplot2解决方案。有人会有任何想法如何实现这样的目标ggplot2吗？在绘图区域之外添加变量名称可以像这里我想的那样完成，但是如何绘制绘图区域之外的线段呢？

目前我所拥有的是

载荷在ord$rotation

如何通过原点、外部刻度和轴区域外部的标签添加线条（可能包括上面为重叠标签应用的酷抖动）？

注意我不想关闭剪辑，因为我的一些情节元素有时可能会超出边界框

编辑：之前有人显然问过类似的问题，尽管这个问题仍然没有答案。它指出，在基础 R 中做这样的事情（虽然以一种丑陋的方式）可以做，例如

最小可行的例子ggplot2是

但正如您看到的标签没有运气，我正在寻找一种不需要关闭剪辑的解决方案。

EDIT2：一个相关问题是我如何在 X 轴顶部和 Y 轴右侧添加自定义中断/刻度线和标签，例如红色，以显示因子载荷的坐标系？（如果我会相对于因子分数对其进行缩放以使箭头更清晰，通常与单位圆结合使用）

我对 R 非常陌生，并试图使用 ggbiplot 绘制我的数据的 PCA 图。因此，如果我的问题对您没有任何意义，请多多包涵。基本上，我按照我在这里找到的教程进行操作，除了我使用的是我自己的数据集。

一切都很好，直到我希望使用下面的代码来绘制一个图：

然后，我遇到了一个错误说明：名称错误（ell）[1：2] <- c（“xvar”，“yvar”）：'names'属性[2]必须与向量[0]的长度相同

之后，我编辑了我的代码并使用了groups =的默认设置，我记得它应该是 = NULL。

使用编辑后的代码，我确实能够绘制 PCA 图，但它无法根据我的需要将观察结果分类为不同的组。虽然我仍然不知道错误的含义： Error in names(ell)[1:2] <- c("xvar", "yvar") : 'names' attribute [2] must be the same length as the vector [0] ，我怀疑它可能与我的因子ir.ppm 有关。

这是我遇到错误之前使用的所有代码。

总的来说，我的原始数据 ppm3 中有 6 个观察值和 31 个变量。

我一直在浏览一些与在 stackoverflow 中使用 ggbiplot 绘制 PCA 图相关的问题，但似乎没有多少人遇到与我相同的问题。如果有人可以为我提供帮助，我将不胜感激。谢谢你。

我已经修改了虹膜数据以提供我想做的示例。我在下面的链接中提供的虹膜数据中添加了一个额外的列。这个额外的列也有一些基于器官的组。

然后我做 PCA 并绘制它。我想在图中有两组按颜色和形状区分。器官由四种形状区分，但除了图中显示的蓝色外，物种没有按颜色区分。