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我有一个大数据集，并试图绘制一个 PCA。我对最终的情节相当满意，但我想改变几件事：

箭头：它们似乎在背景中并被数据点覆盖。1）我怎样才能使它们成为前景？2) 我怎样才能改变颜色和喜欢的尺寸？

省略号：3）如何使线条变粗？

图例 4）如何放在情节本身的右上方？

提前致谢！！

这是我得到该图表的方式：

g <- ggbiplot(LS_3.pca, choices = 1:2, scale = 1, pc.biplot =
       TRUE, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups =
       LS.loc, ellipse = TRUE, ellipse.prob = 0.98, labels =
       NULL, labels.size = 5, alpha = 0.25, circle
     = FALSE, circle.prob = 0.69, varname.size = 5,
     varname.adjust = 1.5, varname.abbrev = FALSE, var.axes = TRUE)
g <- g + xlim(-8, 6) + ylim(-4, 6)
g <- g + theme_classic()

print(g)
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ggbiplot 返回“ggplot”类的对象。如果你检查这个对象，你会发现它包含一个名为“层”的列表。geom_segment 图层出现在 geom_point 图层之前。你想重新排序这些。如果 geom_segment 层是第 2 层，共 4 层，您可以这样做（例如）：

myplot$layers <- c(myplot$layers, myplot$layers[[2]])

这将在列表末尾附加一个额外的层（绘制箭头），并且该层将在绘制点（在前一层中）之后绘制。这个 hack 足以提供您需要的功能。

编辑：我意识到这个答案只涉及将箭头放在前台的问题。这是我遇到的一个问题，所以我在这里提供我的解决方案供其他人使用。要解决其他问题，我建议在控制台输入：

ggbiplot

没有括号，它将列出函数体。剪切并粘贴到一个新的 R 脚本中，该脚本定义了一个新函数（例如“my_ggbiplot”）并破解以获得你想要的东西。这不是一个很长的函数，而且很容易弄清楚每件事是做什么的。但是，对于前景箭头，上面的单行修复将起作用。

于 2015-12-07T14:09:38.680 回答
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我对 的限制感到沮丧ggbiplot，因此从函数中复制了代码部分以在标准ggplot调用中使用。

# Load data
DATA <- data.frame(iris)

# Do PCA
PCA <- prcomp(iris[,1:4])

# Extract PC axes
PCAvalues <- data.frame(Species = iris$Species, PCA$x)

# Extract loadings of the variables
PCAloadings <- data.frame(Variables = rownames(PCA$rotation), PCA$rotation)

# Calculate the angles and the label offset
PCAloadings$Angle = ((180/pi) * atan(PCAloadings$PC2/PCAloadings$PC1))
PCAloadings$Offset <- ((-2 * sign(PCAloadings$PC1))/2)

# Plot
ggplot(PCAvalues, aes(x = PC1, y = PC2, colour = Species)) +
  stat_ellipse(level = 0.95, size = 2, show.legend = FALSE) +
  geom_point(size = 3) +
  geom_segment(data = PCAloadings, aes(x = 0, y = 0, xend = (PC1), yend = (PC2)),
     arrow = arrow(length = unit(1/2, "picas")), color = "black") +
 geom_text(data = PCAloadings, aes(label = Variables, x = (PC1), y = (PC2)), 
    color = "black", size = 4, angle = PCAloadings$Angle, hjust = 
    PCAloadings$Offset) +
      theme_classic() +
      theme(legend.justification = c(1,1), legend.position = c(1,1))

答案：

Q1。- 正如@Andrew John Lowe 在他的回答中所说，这些图层是按照您输入它们的顺序生成的，所以如果该geom_segment行是最后一行，它将出现在顶部。

Q2。colour- 使用调用中的参数更改箭头颜色geom_segment。更改调用size中标签的字体。geom_text

Q3。- 再次，更改调用size中的参数stat_ellipse。

Q4。-theme调用将解决此问题，c(1,1)指示图例应出现在图中的位置，0左侧和1右侧。

这并不完全理想，因为您必须PCAloadings$Offset手动指定箭头标签，并且可能需要一些试验和错误才能获得所需的距离，甚至需要在每个标签的数据框中输入自定义数字。但是，您现在可以ggplot像往常一样自由使用其余部分。

于 2018-03-28T16:09:57.530 回答