我已经修改了虹膜数据以提供我想做的示例。我在下面的链接中提供的虹膜数据中添加了一个额外的列。这个额外的列也有一些基于器官的组。
然后我做 PCA 并绘制它。我想在图中有两组按颜色和形状区分。器官由四种形状区分，但除了图中显示的蓝色外，物种没有按颜色区分。
library(ggbiplot)
data(iris)
#### add an extra column with organ information
iris$organ<-c(rep("leaf",50),rep("root",50),rep("shrub",25),rep("petal",25))
# log transform
log.ir <- log(iris[, 1:4])
#grouping by species
ir.species <- iris[, 5]
#grouping by organs
ir.organ <- iris[,6]
##PCA
ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE,scale. = TRUE)
###PCA plots
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,groups = ir.species)
g+geom_point(aes(shape=factor(ir.organ)))
