问题标签 [ggbiplot]

我有一个包含 47,303 个探针和 6 个样本处理时间点的微阵列。

它们在一个大矩阵中：

我做了以下事情：

使用 ggplot2 我可以使用以下代码可视化 PCA：

我想使用 ggbiplot 生成信息量更大的可视化，如下所示：https ://datacamp.com/community/tutorials/pca-analysis-r 。

如果我使用 ggbiplot 使用以下代码执行此操作：

我得到以下图表：

但是，如果我这样更改一个设置var.axes = T：

然后我得到以下空白图：

任何人都可以帮我解决这个问题吗？

我测量了 42 种不同基因型的不同植物性状和环境因素，如辐射或温度。我想知道哪些特征相互关联，哪些特征相互影响（例如辐射到特征）。因此，PCA 出现在我的脑海中。

这是我的数据框的一部分（release.year 表示基因型的发布年份，每一行是一个测量值；每个基因型有多个测量值）：

但我真的不知道这是否有助于调查因素之间的相关性。例如，Fv.Fm 是植物性状，温度是环境因素，它不描述植物性状，但会影响植物性状。因此，主要问题是：为这种情况计算 PCA 在统计上是否正确？

我希望我的解释是可以理解的。

谢谢你的帮助。

我正在尝试可视化包含 87 个变量的 PCA。

当我创建双标图时，许多向量相互重叠，因此无法读取标签。我想知道是否有任何方法一次只显示一些标签。例如，我认为如果我可以创建几个单独的双标图，每个双标图只显示向量上标签的一个子集，那将会很有用。

这个问题似乎密切相关，但我不知道它是否转化为最新版本的 ggbiplot。我也不确定如何修改原始功能。

我在 Rstudio 上遇到了“usethis”包的问题......

上下文：我想安装 ggbiplot（通过 git-hub）以执行 PCA（具有颜色和类似这样的好东西），为此我必须首先安装包（devtools），我试图安装但是控制台告诉我这个：

install.packages("devtools") 将软件包安装到 'C:/Users/hp/Documents/R/win-library/3.6' （因为 'lib' 未指定）

有可用的二进制版本，但源版本更高： binary source needs_compilation devtools 2.2.1 2.2.2 FALSE 安装源包 'devtools' essai de l'URL ' https://cran.rstudio.com/src/contrib /devtools_2.2.2.tar.gz ' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 375464 字节 (366 KB) 下载 366 KB

• 安装源包'devtools' ... ** 包'devtools' 修正décompressé et sommes MD5 vérifiées ** 使用分阶段安装 ** R ** inst ** 字节编译和准备包延迟加载错误：包或命名空间加载失败对于'usethis'：.onLoad a échoué dans loadNamespace() pour 'rlang'，详细信息：appel：on_package_load("glue", .Call(rlang_glue_is_there)) 错误：对象'rlang_glue_is_there' introuvable Erreur：le package 'usethis' ne peut être chargé 执行 arrêtée 错误：延迟加载包'devtools'失败
• 删除 'C:/Users/hp/Documents/R/win-library/3.6/devtools'
• 在 install.packages 中恢复以前的“C:/Users/hp/Documents/R/win-library/3.6/devtools”警告：安装包“devtools”的退出状态非零

下载的源码包在 'C:\Users\hp\AppData\Local\Temp\RtmpUBv9Ym\downloaded_pa​​ckages'</p>

您认为 devtools 安装正确吗？因为当我尝试加载它时，它不起作用，（如您所见）：

library(devtools) Le Chargement a nécessité le package : usethis 错误: package or namespace load failed for 'usethis': .onLoad a échoué dans loadNamespace() pour 'rlang', 详情: appel : on_package_load("glue", .Call( rlang_glue_is_there)) 错误：找不到对象“rlang_glue_is_there”错误：无法加载包“usethis”

我显然不是 Rstudio 的专家所以如果有人有线索可以提供，我会很高兴接受它:) 顺便说一下，如果你有另一个解决方案来安装 ggbiplot 我也接受它 ^^ 提前抱歉英文表述 希望尽快有消息

我知道这是一个反复出现的问题。然而，当我用谷歌搜索时，经历了所有的点击仍然没有帮助我解决这个问题。希望有人能帮忙：她就是我做的：1：我跑

这似乎运行良好。至少我没有收到任何错误消息。

2：然后我做：

然后错误消息来了：

install_github('vqv/ggbiplot', force=TRUE) 下载 GitHub repo vqv/ggbiplot@master √ 检查文件 'C:\Users\jada\AppData\Local\Temp\RtmpgvAEpK\remotes28461c455b1\vqv-ggbiplot-7325e88/DESCRIPTION' ... - 准备 'ggbiplot': √ 检查说明元信息 ... - 检查源代码中的 LF 行尾并生成文件和 shell 脚本 - 检查空目录或不需要的目录 - 查看是否有“数据/数据列表” ' 应该添加文件 - 构建 'ggbiplot_0.55.tar.gz'

将包安装到 'C:/Users/jada/Documents/R/win-library/3.6' （因为 'lib' 未指定） * 安装源包 'ggbiplot' ... ** 使用分阶段安装 ** R ** 数据**字节编译并准备包以进行延迟加载错误：（从警告转换）包'ggplot2'是在R版本3.6.1下构建的执行停止错误：包'ggbiplot'的延迟加载失败*删除'C：/Users/ jada/Documents/R/win-library/3.6/ggbiplot'错误：无法从GitHub安装'ggbiplot'：（从警告转换）安装包'C：/Users/jada/AppData/Local/Temp/RtmpgvAEpK/file28421d56f74 /ggbiplot_0.55.tar.gz' 具有非零退出状态

如果有人能在这里帮我整理一下，我会很高兴的。谢谢你。

京东

我正在对我拥有的数据集执行主成分分析。这是我迄今为止使用的代码：

我得到错误：

Error in `[.data.frame`(x, order(x, na.last = na.last, decreasing = decreasing)) : undefined columns selected 供您参考，“data1”是一个只有数值变量的数据框，“data2”包含一列分类变量，我试图通过这些变量对数值变量进行分组。两个数据集的行数相同。我之前在非常相似的数据集上运行了这个确切的代码，没有任何问题。

关于可能是什么问题的任何建议？

我能够成功安装library(devtools)，但是在尝试安装时：

没用！

有谁知道如何解决这个问题？

我有一个看起来像这样的数据集，我需要使用位置作为颜色，单词作为 x 轴。

理想情况下，它看起来像这样：

我尝试了以下代码：

我正在努力更改双标图的加载标签。我使用 prcomp 函数来运行 PCA 和 ggbiplot。我试图用 改变它loading.label.label = c("a","b","c","d")，但它没有用。我在下面附上了我的代码和情节。

我ggbiplot经常使用并且可以控制使用工具生成的情节的各个方面ggplot2，因为它继承自ggplot2...

在ggplot2中，我通常用一行形式控制图例中的列数：

但是，这似乎不起作用ggbiplot（而其他所有ggplot2相关的东西都起作用）。

请用数据检查下面的 MWE iris，我在这里唯一想做的就是为图例指定 2 列（为了说明目的，我知道只有 3 个物种级别，但这是我手头更多的示例）。

这会产生以下双标图：

看看图例中的列数如何永远不会改变......有没有办法指定图例中的列数ggbiplot？谢谢