问题标签 [ggbiplot]

回到这个线程，我正在计算两个椭圆之间的交集，例如 versicolor 和 virginca 之间的交集的体积： 使用以下 mwe：

然后我使用overlap{siar}计算椭圆体，如下所示：

这显然比上面的图2所示的要少得多。

正如第50 行上的 ggbiplot 代码所示，ggbiplot 默认计算概率为“ellipse.prob = 0.68”的正态概率椭球，即上图中使用的。

由于文档重叠 {siar} 将椭圆计算为“小样本校正标准椭圆”。

因此，我问自己如何修改重叠 {siar} 以计算类似于在 ggbiplot 中绘制/计算的正态概率椭球。

我正在尝试用 ggbiplot 绘制 PCA 结果，如何绘制补充变量？我找到了关于 MCA 结果的讨论，但我也想要箭头......

此外，这段代码给了我一个错误：

我是一名试图使用 R 的生物学家，我正在努力解决它。

我正在尝试为此数据生成主成分分析：

第一列对应于组变量，我有 3 个组。

我在这里看到了，如何制作我想要的图表。但每次我到达生成双图部分时，我都会收到以下信息：

错误：提供给离散刻度的连续值。

这是我正在使用的代码：

谁能帮我？

我有以下带有 7 个变量的 PCA 图（请参阅下面的数据和代码），我希望将变量名称放在下标中。 然而，在 ggbiplot() 中，变量名称自动取自用于生成 PCA 的矩阵的列名，并且（据我所知）没有选项可用于手动添加这些。

因此，我尝试通过使用在我的实际列名中创建下标

这只会导致变量名称在 PCA 图上变成 "j"["d"],"k"["1"]。

有解决此问题的方法吗？例如使第二个字符更小或类似的东西？

该图是使用以下数据生成的：

和代码：

我有以下示例数据：

我有以下代码：

我的问题是“如何修改它以便不绘制箭头？”

我承认这个问题已经被问了至少两次，但没有一个提供的答案对我有用。

我的数据与 ggbiplot 示例非常相似wine，所以我将使用它来说明我的问题。

我希望我的数据点具有不同的颜色和形状，因此它们在彩色打印时看起来不错，但在黑白打印时仍然可以识别。这实际上工作得很好，但传说并没有发挥作用。

产生这个：

传说显然不是我想要的。形状和颜色应该在同一个图例中。

（作为奖励，我还想从点中删除小线，但如果这不容易做到，我可以接受它们。）

我已经尝试过这里和这里的建议。

第一个建议

产生此错误消息（根本没有情节）

（最后两行转换为“coords$size * .pt 中的错误：二元运算符的非数字参数）

第二个建议

给我这个错误信息

和一个带有彩色椭圆的有趣情节，带有彩色点的图例，但黑色数据点。

恐怕我对 R 绘图的了解不足以做出任何事情。有人可以以正确的方式指出我吗？

我有一个 180 个元素的特征向量，并在其上应用了 PCA。问题是第一台电脑的方差很大，但根据这张 pc1 与 pc2 的双标图，这似乎是由于异常值而发生的。这对我来说很奇怪。

显然，第一台 PC 并不是这里分类的最佳指标。

这也是 pc2 与 pc3 的双标图：

我为此使用 R。有什么建议为什么会发生这种情况以及我该如何解决这个问题？我应该删除异常值吗？如果是，那么 R 最好的方法是什么？

- 编辑

我prcomp(features.df, center= TRUE, scale = TRUE)用来规范化数据。

在示例 ggbiplot 脚本图中有 3 个组，如何更改标记颜色和形状？

给定以下代码，使用可通过以下方式获得的 ggbiplot 库devtools::install.github()：

根据分组自定义数据点边界的最佳方法是什么？我使用 scale_color_manual() 来自定义这些数据点的颜色，但我想不出一种方法来为边框做到这一点。

谢谢

我是 R 的新手。我试图使用 pca 和 ggbiplot 来显示 pca 结果，但不知何故陷入了一些我无法解决的错误。也许我的数据有问题，因为代码可以很好地处理其他数据。我将我使用的代码和数据文件放在以下链接中，以防您想重新创建场景：-

https://drive.google.com/drive/folders/0B2jQ7Vh3S3PaZkt3Y2ZyaV9XaXc

代码：pca-plot.R 数据文件 1：dat1.rda（这个工作正常） 数据文件 2：dat2.rda（这个有问题）

感谢任何帮助。我得到的错误在底部。

谢谢，--我们