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我正在对 2 种栖息地类型的地块进行 PCA，其中我收集了多个环境变量的数据。我能够从 ggbiplot 默认值更改点的颜色。我希望每个点的大小取决于该地块中的树冠覆盖，我可以通过以下方式做到这一点：

point.size = df$canopy.cover * 0.1

其中df$canopy.cover值范围为 0-100 和 0.1，因为 100% 的树冠覆盖率 = 点大小 10。

问题：更改点的大小后，我无法保持与两组关联的颜色。使用以下伪数据：

env.vars<-data.frame(replicate(5,sample(0:10,20,rep=TRUE)))

cover<-c(89, 92, 72, 53, 88, 89, 71, 83, 71, 66, 23, 30,  5, 15, 57, 54,0, 23, 9, 16)

habitat<-c("habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2")

point.size<-cover*0.1

nest.env.pca <- prcomp(env.vars, center = TRUE, scale. = TRUE) 

g <- ggbiplot(nest.env.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
     group = habitat, ellipse = TRUE, 
     circle = TRUE, varname.size=3)+
     scale_colour_manual(values=c("blue", "red")) +
     geom_point(size=point.size)

print(g)

我得到类似的东西：

在此处输入图像描述

当我更换：

geom_point(size=point.size)

和：

geom_point(aes(colour=habitat), size=point.size)

根据ggbiplot - 更改点大小我收到以下错误：

Error: Incompatible lengths for set aesthetics: size

有什么建议么？谢谢。

编辑：一些 PseudoData 尝试一下：

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1 回答 1

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我认为这是一个一般的 ggplot2 语法问题，因为它发生在更简单的示例中（例如，ggplot(mtcars) + geom_point(aes(disp, hp, color=cyl), size =mtcars$model)）

但是，我认为这对你有用：

geom_point(aes(X1, X2, color=habitat, size = point.size)) + scale_size_identity()

因此，问题中代码的完整答案是（来自下面的 Emilio 评论）：

env.vars<-data.frame(replicate(5,sample(0:10,20,rep=TRUE)))

cover<-c(89, 92, 72, 53, 88, 89, 71, 83, 71, 66, 23, 30,  5, 15, 57, 54,0, 23, 9, 16)

habitat<-c("habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2", "habitat1", "habitat2")

point.size<-cover*0.1

nest.env.pca <- prcomp(env.vars, center = TRUE, scale. = TRUE) 

g <- ggbiplot(nest.env.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
     group = habitat, ellipse = TRUE, 
     circle = TRUE, varname.size=3)+
     scale_colour_manual(values=c("blue", "red")) +
     geom_point(aes(color=habitat, size = point.size)) + scale_size_identity() 

print(g)
于 2015-06-22T20:49:10.053 回答