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所以我做了一个 PCA 分析，我通常用 ggplot2 绘制结果，但我最近才发现 ggbiplot 可以显示带有变量的箭头。

ggbiplot 似乎工作正常，尽管它显示了一些问题（例如无法更改点大小，因此我在 MWE 中所做的整个层的事情）。

我现在面临的问题是，虽然 ggplot2 绘图将绘图宽度调整到绘图区域，但 ggbiplot 不会。使用我的数据，ggbiplot 非常窄并且留下非常宽的垂直边距，即使它扩展了与 ggplot2 图相同的 x 轴间隔（实际上，它是相同的图）。

我在这里使用虹膜数据，所以我必须使 png 宽度特别大，这样我面临的问题就变得很明显了。请检查以下 MWE：

data(iris)
head(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4],center=TRUE,scale.=TRUE)
pca.df <- data.frame(Species=iris$Species, as.data.frame(pca.obj$x))
rownames(pca.df) <- NULL
png(filename="test1.png", height=500, width=1000)
print(#or ggsave()
  ggplot(pca.df, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  geom_point(aes(color=Species), cex=3)
)
dev.off()
P <- ggbiplot(pca.obj,
         obs.scale = 1, 
         var.scale=1,
         ellipse=T,
         circle=F,
         varname.size=3,
         groups=iris$Species, #no need for coloring, I'm making the points invisible
         alpha=0) #invisible points, I add them below
P$layers <- c(geom_point(aes(color=iris$Species), cex=3), P$layers) #add geom_point in a layer underneath (only way I have to change the size of the points in ggbiplot)
png(filename="test2.png", height=500, width=1000)
print(#or ggsave()
    P
)
dev.off()

此代码生成以下两个图像。

ggplot2 输出（所需的绘图宽度）： 测试1

ggbiplot 输出（绘图区域太窄）： 测试2

看看 ggplot2 如何将绘图宽度调整到绘图区域，而 ggbiplot 不会。使用我的数据，ggbiplot 图非常窄，垂直边距很大。

我的问题是：如何让 ggbiplot 表现得像 ggplot2？如何使用 ggbiplot 将绘图宽度调整为所需的绘图区域（png 大小）？谢谢！

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ratio将参数更改为coord_equal()小于 1 的某个值（默认为ggbiplot()）并将其添加到您的绘图中。从函数描述：“比率高于 1 使 y 轴上的单位比 x 轴上的单位长，反之亦然。”

P + coord_equal(ratio = 0.5)

注意：正如@Brian 在评论中指出的那样，“改变纵横比会使对主成分向量长度的解释产生偏差，这就是为什么它被设置为 1。”

于 2017-09-14T08:10:33.117 回答