问题标签 [circos]

我正在尝试使用 R 中的 RCircos 包来可视化基因组位置之间的链接。我不熟悉这个包，从 2016 年开始就一直在使用 CRAN 存储库中提供的包文档。

我试图根据包要求格式化我的数据。这是它的样子：

最终，我想制作一个图，其中包含从 ChromStart 到 ChromStart.1 的轨迹，并且每个基因都标记在图的外部。我认为脚本看起来像：

看来要这样做，我必须首先使用 RCircos.Set.Core.Components() 函数进行初始化，该函数需要将每个基因的位置信息传递给 RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()。因此，我创建了第二个数据框，其中包含传递给函数所需的信息，这是我得到的错误：

我实际上没有 Band 或 Stain 列的数据，也不了解它们的用途，但是将数据添加到这些列（例如 1:8 或 chr1、chr2 等）并不能解决问题。根据另一个论坛的建议，我还尝试使用以下函数重置 RCircos 的绘图参数，但没有解决错误：

任何建议将不胜感激！

如何使用 Graphviz 将集群中的节点圆形与附加文本对齐？可选择使用相同的节点位置（每个集群总是 8 个节点）？

circo但是，我尝试了一些缺点：

• 无聚类
• 暂无评论
• 较大标签的边距问题（10+ 字符）
• 对齐方式因标签尺寸而异

这个（Graphviz Online），没什么特别的，是我能得到的最接近的。对其他布局（甚至工具）的任何提示表示赞赏。

我提前道歉，因为我是 R 的初学者。

我有一个大数据文件，包含多个因素 (15)，以及每个因素 (5) 中来自不同组的多个测试样本。我已经计算了每个因素内每个组的平均值。为了简化我的数据的呈现，我想创建一个圆形图来呈现这些信息。我遇到了“circilize”包，而“circos.trackHist()”对于我的目的来说是一个完美的选择。不幸的是，我正在查看的指南没有提供如何使用导入数据的示例，而是从头开始创建模拟数据。此外，它对我的​​关卡来说相当复杂，我将不胜感激任何绘制它的支持。如果我在excel中有以下表格形式的数据，我怎么能创建一个圆形图？

║ Factor ║ group ║ average ║ ║ Factor1 ║ A ║ 77.53 ║ ║ Factor1 ║ B ║ 54.98 ║ ║ Factor1 ║ B ║ 43.35 ║ ║ Factor1 ║ C ║ 243.0 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 91.3 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 70.2 ║ ║ Factor2 ║ A ║ 67.93 ║ ║ Factor3 ║ C ║ 16.49 ║ ║ Factor3 ║ B ║ 0 ║ ║ Factor3 ║ C ║ 5.1416 ║

假设一个 R 包 ( myPackage )通过 DESCRIPTION 文件和 NAMESPACE 文件导入 R 包RCircos 。

RCircos的好处之一是它定义了一个自定义环境（称为RCircos.Env）并从它的各种函数读取/写入该环境的变量。例如，函数RCircos.Initialize.Plot.Parameters读取和写入此环境。

（这种特殊的行为也被其他 R 包所识别；例如，参见这个包的第 247-249 行）。

不幸的是，当我通过DESCRIPTION文件和NAMESPACE文件简单地导入RCircos时，似乎在myPackage中无法识别环境RCircos.Env 。

那么可以做些什么呢？

似乎有两种选择可以使环境RCircos.Env可供RCircos.Initialize.Plot.Parameters. 但是，这两个选项都会导致 CRAN 检查 ( )在提交给 CRAN 之前对myPackageR CMD check myPackage --as-cran进行强制评估期间发出警告或注释，从而阻止其在 CRAN 上的接受。

选项 1：我在要求对象的函数之前直接包含以下行：

但是，CRAN 检查会用一个 NOTE 突出显示这一行，从而阻止myPackage在 CRAN 上的接受。

选项 2 ：我在要求对象的函数之前加载整个RCircos库：

但是，CRAN 检查通过警告突出显示此选项，再次阻止myPackage在 CRAN 上的接受。

当然，必须有一种简单且与 CRAN 兼容的方法来使环境RCircos.Env可访问诸如RCircos.Set.Core.ComponentsmyPackage 之类的函数！有人可以命名并解释这种方式吗？

我想制作一个类似马戏团的图来仅可视化 SNP（SNP 属性具有多个轨道）。它可以用 python、R 完成，或者我很乐意考虑其他语言。

到目前为止，我已经查看了 circlize R 包。但是，"Range of the sector ('C') cannot be 0"初始化 circos 图时出现错误。我相信这个错误是因为我有离散数据（SNP）而不是所有位置的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。

我在下面简化了我的数据并显示了我迄今为止尝试过的代码：

我想知道是否有可能获得一个类似圆环的图，其中我的每个数据点（在我的示例中为 7 个）都被绘制为一个单独的数据点，而没有以离散轴的方式绘制任何其他点。

嘿，所以我使用的是dashbio circos，它是基于 D3 和弦图的和弦图库。circos（和弦图）有一个名为 的属性size，您可以在其中写入一个数字来设置和弦图的大小。（如果您没有设置尺寸，那么它会为您设置默认尺寸。）

但是，当翻译成 html 时，circos 会呈现为 svg，我发现很难给它提供响应式大小。当我给它一个较小的宽度和高度时，它会稍微切断马戏团。看起来 circos 内的弦和弧线是绝对大小，因此调整 svg 的大小不会帮助图表本身变大或变小。是否可以给这个马戏团响应尺寸？

我在想我们可以改变底层库中的一些东西来给它响应大小，或者它已经在那里了，我只是找不到它。这是我用于基于 JS/React.js 的 dash-bio circos 的底层库/github repo 的链接：https ://github.com/plotly/dash-bio

我有以下矩阵：

并产生 chordDiagram 如下：

制作附图。我的问题是：如何使所有标签“chr X”、“chr Y”等更大？

我正在尝试将使用 ggplot2 制作的圆形条形图复制到 ciclize 中，如下所示：

虽然我可以将它带入散点图并添加回归：

条形图的可视化让我更感兴趣。但是，我在 circlize 指南或任何示例中没有找到任何类似的示例。我已经使用 circos.polygon 工具，但是绘制每个条似乎不是最好的解决方案。因此，我想知道是否有人已经玩过这个，而stackoverflow中没有特定的主题。

我正在尝试使用 BED 文件中的简单基因组符号生成 circos 图。但是，当我使用circos.genomeRect它时会导致错误，或者在不绘制矩形而是半圆的轨道中，如下所示。

考虑以下可重现的示例：

这将返回一个错误：

if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

另外：警告消息：在 is.na(x) | is.na(y) : if (sum(l) && circos.par("points.overflow.warning")) { : 需要 TRUE/FALSE 的缺失值

此时，如果points.overflow.warning=FALSE在circos.par上面设置，错误就会消失，但一定会发生其他一些错误，即这不会绘制矩形：

我错过了什么吗？这个简单的例子有什么问题？谢谢

编辑

我刚刚注意到我绘制的特征数据框有一个坐标错误，因为它比染色体的实际大小延伸得更长。但是，如果解决了这个问题，例如：feature <- tibble(chr = c("chr1", "chr1"), start = c(2500, 4500000), end = c(4150000, 5350000))，就会出现一个新错误！！

警告信息：在 is.na(x) | is.na(y) ：较长的对象长度不是较短对象长度的倍数

我不能用带有外部标签的圆形热图分割，但不能分割 circos.heatmap

我需要按图像的标签拆分。有什么帮助吗？