问题标签 [circos]

我正在阅读教程，但在start理解end. link例如，这里是 hs1 和 /hs[2-4]/ 之间的 3 个链接

据我了解，链接只需要两点。只是不明白为什么这里需要4分。文档只说链接的开头和结尾以及其他一些在线教程。

我想使用我们的数据在此处发布类似的图表，但是，我收到了此错误消息“检测一些间隙太大”。您认为是因为某些值与其他值相比非常小（例如，1 与 1812）吗？我通过在 1 或 2 之后添加几个零，对矩阵 2 中的数据进行了一些更改，它可以工作。有什么方法可以解决这个范围的数据吗？我想用我的真实数据（矩阵 1）绘制这个漂亮的图表。任何帮助深表感谢。

我已经安装了 GD.pm。我想确保它支持 PNG。所以要检查我是否这样做：

正如你看到的。它打印no。然后我通过以下过程从 CPAN 下载最新的 GD：

我希望它包含这样的行，这是已安装的 PNG 支持的标志：

但相反，我只得到了这个：

这个命令我也没有成功sudo perl Makefile.PL -options "JPEG,FT,PNG"。它没有显示GD_PNG。

安装支持 PNG 的 GD.pm 的方法是什么？

我需要它来运行马戏团。

更新：

安装 libpng 并重建 GD 后

按照建议，我收到了这个错误：

更新2： 最后我通过这样做解决了这个问题：

我对 Circos 图有一些疑问。

1. 我想在图中包含一个图例，以指示图中不同圆圈代表什么。
2. 我想以一种在运行 circos 时可以使用参数属性传递文件而不是完全硬核它们的方式重命名绘图子例程。下面提到的是我用于绘图生成的 conf 文件。

我正在使用的代码是这样的：

会议：

这个 Circos教程展示了配置两条染色体之间的间距，因此可以将轨迹图例放置在该区域中。 _{（来源：circos.ca）}

就像上面的例子一样，但我找不到任何关于如何在那里绘制文本的解释，就像右圆一样。

是否可以使用配置文件绘制轨迹图例，或者我需要使用图形编辑器在输出图像上手动添加文本？

我正在尝试使用 r 库“circlize”复制本网站https://gjabel.wordpress.com/2014/03/28/circular-migration-flow-plots-in-r/的图表。不幸的是我有两个问题：

首先，我收到了所有绘图区域（即Note: 1 point is out of plotting region in sector 'Mexico', track '1'）的警告。我认为问题在于circos.textand circos.axis，因为我将它们与 一起使用direction，这是一个已弃用的功能。但也使用facing而不是direction，问题仍然存在。所以我想我不明白这个警告的含义。你有什么提示可以帮助我吗？

此外，在我的情节中，链接离段很远。因此，我尝试减少 track.margin，从而解决了问题，但现在段的名称超出了边距，我无法将它们可视化。有没有更好的方法来解决这个问题？

这是我到目前为止写的（几乎完全取自这个网站https://github.com/null2/globalmigration）

非常感谢您的帮助。

编辑：我添加了脚本的第二部分，因为似乎有必要解决第二个问题。

我试图按照 Guy 的 R 代码来创建循环迁移图。我的文件与他提供的“migest”包（science/regions_custom）的文件相似。我的数据文件示例是“regions_oceanos”：

R代码是：

而且，如您所见，我获得了这个非常酷的图表，但其中的链接不一定代表我的矩阵。例如，您可以看到没有来自或流向 Pacifico 和 Mediterraneo 或从 Atlantico 到 Mediterraneo 的流量，但在矩阵中，我为那些与实际绘制的那些段相似的部分提供了一些值。这可能与创建绘图区域后代码显示的注释有关：（注意：1 点超出扇区'Pacífico'，轨道'1'的绘图区域）。但我不知道如何处理它。我将非常感谢任何反馈和评论

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建和弦图。我想包括没有流出的扇区（没有从它们发出的链接）。有没有办法：

1. 强制程序从我的数据框中报告行，即使该行中只有零。

2. 抑制自循环。（小插图要求您在对角线上输入零来执行此操作，但随后我们回到第一个问题。）

我附上了我的代码。

这是一些示例数据。

我有一些类似于data.frame d以下的数据。

我想探索d$ID使用类似于下图的和弦图的成员之间的关系。

似乎有几个选项可以这样做R。（R中的和弦图）。

在我的数据中，关系是根据d$Set（不是方向性的），分组是根据d$Loc。以下是将这些关系映射为和弦图的尝试。

尝试 1：使用igraph

我igraph根据程度尝试了以下节点大小。

如何修改绘图看起来像第一个图？似乎没有可修改的选项igraph layout.circle。

尝试 2：使用Circlize

似乎更平滑的贝塞尔曲线和分组在R包中是可能的circlize。但是在这里我无法对节点进行分组以及根据度数调整它们的大小，因为它们被绘制为扇区。

但是，这里没有修改节点的选项。事实上，它们只能绘制为扇区？在这种情况下，有没有办法根据度数将扇区修改为大小的圆形节点？

尝试 3：使用edgebundleR（https://github.com/garthtarr/edgebundleR）

似乎这里有有限的选项来修改美学。

我想就以下问题提出一些建议：我用 circos（dna 数据）创建了一个图像。我想通过在图的中间绘制一个基因名称来注释这些数据，并用一个箭头显示第一个基因的开始位置。（此处的示例输出文件：http: //www.nature.com/ncomms/2015/150122/ncomms6973/images/ncomms6973-f3.jpg）

这是管道的一部分，因此需要创建数以千计的图像。这听起来像是基本功能，但是是否有任何可用的软件（在开放许可下）可以做到这一点？

我认为最好的方法是在“some”包中加载图像，并使用生成的图像作为画布来绘制额外的东西。

有人可以就如何做这样的事情提供任何提示吗？我试过谷歌搜索，但这个问题似乎对谷歌搜索很广泛。

除了 circos，我还在使用 matplotlib 和 reportlab，所以我希望它在其中一个中是可行的。

我了解这是否不是一个“纯”编程问题（3.. 2.. 1.. 中的反对票）

编辑：我想绘制两件事。1）图像中心的文本。2) 顶部中间的弯曲箭头指向右侧，跟随圆圈。