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我有一个数据集，其中记录了 40 个特定基因中突变的存在/不存在，比较了 20 种组织类型的正常组织（例如肺组织）与来自该组织的肿瘤（例如肺肿瘤）。我正在努力寻找可视化这些数据的最佳方法。

数据的子集：

我们想要传达的关键信息是，虽然相同的 3-4 个基因在正常组织中经常发生突变，但每个肿瘤都有更多的额外基因发生突变，并且肿瘤中的多样性也更多。我可以将其保留为这样的表格，但我很想找到一种以清晰方式可视化信息的好方法。

我想尝试制作一个图形，例如马戏团情节，其中一个圆圈带有两个代表所有数据的环。内环是正常组织，外环是癌组织，每一段在内环上包含相关的正常组织，在外环上包含相关的癌组织。每个基因都将进行颜色编码，并且仅在发生突变时显示。因此，对于所有正常组织，2-3 个突变基因的片段将显示 2-3 种颜色，而外部癌症片段将显示更多颜色片段，代表更多的突变。

但是我还没有找到可以创建这种可视化的绘图软件。有谁知道制作这样的可视化的方法？即使只是将我指向一个 R 包也会很有帮助。我研究了马戏团和雷达图，但我还没有找到一个可以制作我想到的可视化类型的包，只显示每种情况下发生的事件。

如果有人认为不同类型的可视化可以代表这些数据，请告诉我，我很乐意考虑能够清楚地代表数据的替代方案。

先感谢您。

我正在研究 Circos，目的是创建一个 circos 情节。这是我的第一次尝试。我没有任何编码背景。目前我正在尝试使用安装时已经可用的 .txt 文件 karyotype.human.txt。我正在使用 Windows 系统并使用 Perl（命令行）应用程序来编写和运行代码。

我相信我已经成功安装了该软件。我也检查了版本和模块。直到这里一切似乎都很好。但是我无法比这更进一步，因为我收到了命令无法识别的通知：

输出：“核型”不是内部或外部命令、可运行程序或批处理文件。

这里出了什么问题？在“核型”命令之前我需要任何代码吗？

我有 2 个具有不同行数和列数的数据框，我想在带有circlize.

我的数据如下所示：

我想建立一个单独的马戏团情节，其中顶部显示df1，底部显示df2，但我只能显示单个 dfs。例如，这就是我展示的方式df1：

我怎样才能 df1 只在上半部分，而 df2 只在下半部分？

我发现在 MacOS 上安装 circos 非常非常困难，而且我在 Google 上找到的所有答案都非常生疏，并且不适用于 Mac OS Big Sur 11.0.1 版。以下是我所缺少的：

似乎唯一缺少的包是GD. 所以我尝试安装GD。

再次，似乎问题丢失了libgd。所以我尝试安装它：

它仍然对我不起作用。任何建议，将不胜感激。

谢谢，苗

我正在尝试提取存储在 .csv 中的染色体大小数据。我尝试绘制该信息我得到下一个错误：“（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法找到签名''data.frame'的函数'layout_circle'的继承方法”

这就是我正在使用的：

有没有办法可以将文件调用到我的代码中？

先谢谢了！

我想像这样创建一个半马戏团情节

来自论文https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajh.25831 并按照以下说明使用 R 中的 circlize 库： https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/introduction。 html#a-qiuck-glance

但是，当我尝试将限制更改为仅绘制半个圆圈时，我得到了整个圆圈

我的代码是：

我通过调整本书第 3.4 节段中的代码得到了这个

如何只显示半个马戏团情节？我想做一个半圆形热图，不需要和弦/连接。是否有其他软件包可以更好地进行此分析？我的输入只是一个矩阵，我已经完成了分析。谢谢！

我是一个相当新的 Circos 用户，我试图让 Circos 不显示任何低于一定长度的链接，比如说 10000。这是我当前的链接部分，包括规则：

应该改变事物的规则是第二条规则，即：

但是，无论我将值更改为什么，图像中显示的链接都不会改变。此外，现在线条非常细——不太清楚为什么还会发生这种情况。我试过改变规则的重要性，但这也不起作用。最后，这是我的交互文件示例：

有人知道发生了什么吗？

有人能帮我吗 ？如何在我的数据中添加我的 circos 函数？当我尝试时，我收到一条错误消息，但它没有产生任何结果 尝试遵循本指南

我的数据是这样的：

我的代码在这里表示：

我需要加快马戏团情节的生成。我正在绘制 25 个环，原始 perl 版本大约需要 30 秒才能生成图像。（解析 25 个文件，然后单独构建每个环）。情节看起来很棒，但 30 秒不适合我。

JS 版本要快很多（约 10 秒），但它缺少一些我需要的功能。python版本比JS慢，但比perl快。理想情况下，我希望在不到一秒的时间内构建它。

这是我对并行处理重建的思考过程。

1. 通过 JSON 导入数据并将每一行的数据解析为数组/字典/对象
2. 生成一个包含 25 个线程的池，并将每行数据提供给该线程以创建该行的 SVG
3. 池完成后，将 25 个 SVG 合并为一个，要么手动（因为它是 XML），要么使用一些库。

我的背景是 C# 和 Typescript，有点 Python，没有多线程经验，所以这里是我的问题。

1. 这会像我描述的那样工作吗？

• 即它会显着增加构建时间吗？

2. 我应该使用什么语言？

• 我已经安装了 Go 并成功生成了 SVG
• 我应该和雷一起去吗？我也许可以采用 PCircos 项目并对其进行转换——或者至少采用大量已经可以工作的代码。
• Rust 看起来很棒，但可能超出了我的能力

先感谢您。

我正在尝试让 Circos 安装在我的 Mac（OS Catalina 版本 10.15.7）上，并且在使用 perl 时遇到了臭名昭著的 GD 问题。我已经在网上尝试了几种解决方案，并删除了所有内容以从头开始，但仍然无法让这个该死的库正常工作。最近，我尝试了安装 circos，然后安装所有其他依赖项，最后安装 GD 的方法，但没有成功。

当我运行“circos”命令时，我得到这个输出（1）：所有其他必要的模块似乎都已安装，如“circos -modules”所示（2）

我曾尝试使用 CPAN 安装 GD，但它也出现错误，从“结果：失败”开始出现以下错误。(3)

奇怪的是我的计算机识别出我安装了 GD，因为当我调用 gdlib-config --all 时，它会为我提供 GD 库 (4) 的输出。似乎 GD 可能存在但没有以某种方式与 perl 相关联？我错过了一些超级简单的东西吗？任何帮助，将不胜感激。我为任何无知道歉，我仍然是使用终端的业余爱好者。

我也尝试过 perlbrew 并得到相同的点和相同的错误。

Circos 和 Perl 都在我的 PATH 中（如下所示）。

(1)

(2)

(3)

小路

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