问题标签 [circos]

在此处输入图像描述如何减少 graphviz circo 引擎中特定节点的边缘长度。这是 19 个节点和 22 个边的简单点文件。我使用命令编译：

circo“输入文件名”-Gstart=5 -Gsize=1,2！-Gdpi=300 -Teps -o "输出文件名"

由于要求，我们只需要使用 circo 引擎进行编译。在这里，我附上了生成的输出。我的疑问是如何减少节点 8 和 9 (8 -> 9) 边之间的边长。请帮忙。提前非常感谢。

我有这个脚本，它产生了这个非常漂亮的圆形图。

我用这个文件cells中的更多观察替换了变量中的内容。但是，我认为由于观察太多，我得到了这个非常糟糕的情节。

我希望使用文件中的数据（更多观察）绘制的图更类似于第一张图像中的图。我希望情节中的线条不会像这样，因为线条相互重叠。

有人对此有什么建议吗？

我试图运行这段代码：

但我得到了：

在安装过程中，我收到了这个警告：

我错过了什么？

我有以下chords.js文件

我index.html的是：

我只有一个空页面：

我错过了什么？

先感谢您

我试图运行circosJS，但我的数据出现以下错误：

这是chord.js代码：

这是circle.json：

这是data.json

这是index.html：

我错过了什么？

我希望复制类似于此的情节： 具有以下标准：

• 点之间的非带状连接（细线）
• 每个点外的文字
• 只有 10 点左右，而不是上面显示的 30+。
• 不需要额外的颜色（线条/文本）。

我知道有像Plotly这样的包，但这些似乎专用于具有类似功能区的连接，而不是线。我也知道Circos，但似乎很难做出相对简单的东西。

是否有我可以使用的直接 Python 2.7 脚本（在线示例或在线工具）？

我有一个如下所示的数据框：

我想显示 cross 的交集Genes，Groups所以我做了一个维恩图：

但是，我真的很想以某种方式显示FoldChange（或至少是UpDown）值。我想过做这样的事情，将重叠的数字分成UP和DOWN Genes：

但是仍然有一个给定Gene的情况可以UP在一个Group和DOWN另一个中，所以上面的维恩图会很不准确......

我认为展示这一点的最佳方式是Circos 情节。

每个 应该有一个部分Group，链接组之间的共享Genes，并包括FoldChange（或UpDown）信息。

我可以想到两种可以包含信息的方式：

1-Gene如果 A 和 B 之间的连接线（例如）在两者中，则为红色，如果在DOWN两者Groups中，则为蓝色。如果在 A 和B 中，它们会被染成红色变成蓝色，如果发生相反的情况，它们会变成蓝色（这有意义吗？）UPGroupsGeneDOWNUP

2-在 Circos 图中包含一条额外的信息带，其中包含FoldChange值（红色表示负条，蓝色表示正条）。Genes重叠的大部分都在一起会很好（而不是到处都是细毛，并根据FoldChange值排序）。可能与此类似：

但是，我真的不知道如何开始，我过去尝试使用该circlize软件包制作简单的 Circos 图，但完全失败了。

我认为我想要完成的概念相当简单......有没有人知道如何在 Circos 图上清楚地显示它（或者就此而言，你可以建议的任何其他表示）？

非常感谢！

我需要一些帮助来调整chordDiagram()circlize 包中突出显示的扇区。

我正在处理渔业上岸量数据。渔船在一个港口（母港PORT_DE）开始航行，并在另一个港口（登陆港PORT_LA）登陆。我正在处理以吨为单位的扇贝活重（着陆SCALLOP_W）。这是数据框的一个简单示例：

每个端口 ( ) 都按地区 ( ) 和国家 ( )Name_short进行标记。下面的例子。Region_lbCountry_lb

使用该circilze软件包，我生成了一个自定义chordDiagram的可视化端口之间的登陆流程。我通过调整扇区之间的间距调整了大部分设置，包括同一国家的港口分组（参见gap.after设置）。这是我的和弦图的当前形式，

除了按国家/地区突出显示部门的最后润色之外，我几乎已经制作了我想要的东西。我正在尝试使用highlight.sector()以突出显示同一国家的港口，但我无法调整突出显示扇区的宽度或位置。目前，国家部门与所有其他标签重叠。下面的例子：

请注意，两个数字之间有不同的颜色，因为颜色是随机生成的。

你能帮我做最后的调整吗？

生成如下图的代码：

基本问题。

我有一个这样的输入表：

我用 R 写了这段代码：

输出是

我知道颜色设置不正确，因为当我多次运行代码时，颜色会发生变化，所以我知道它是随机的（即使我试图在代码中设置它们）。在代码中的哪一点，我应该设置颜色？我想要设置颜色：红色、橙色、绿色、蓝色、紫色、粉红色等（尽量避免棕色、黑色、灰色等暗淡的颜色）。

谢谢。

我正在使用 R 中的 Chord Diagrams（通过 Circlize/Circos 包）来可视化数据集中的名称关联。我能够生成和弦图（如下所示）：

但是，我不知道如何根据其各自的宽度对每个扇区（或每个名称）进行排序（例如：在和弦图的下半部分，我想像这样按降序排列扇区：N/A将被放在第一位，然后是 Dean、Aaron、Malcolm、... Jay)。是否有特定的 circos 功能可以让我这样做？

这是我的代码：

数据文件是一个制表符描述的 .txt 文件，前 2 列中有名称（每列有 10 个名称，列中有“Other”和“N/A”；第三列是频率计数）。