问题标签 [circos]

我试图找出哪些类之间的重叠最多。数据存储在 MySQL 中，每个学生在他/她参加的每个课程的数据库中都有一个完全独立的行（我没有配置它，我无法更改它）。我粘贴了下表的简化版本。实际上有大约 20 种不同的课程。

我最终想使用 Circos（此处为背景），但我对任何能让我理解并向人们展示重叠最多和最少重叠的方法感到满意。这不是我的想法，但我在想我可以为每门课程使用一个包含一行和一列的输出表，并列出不同类相交的重叠数量。每门课程与其自身相交的位置可以显示与任何其他类别没有重叠的人数。

我想安装 Circos。我按照Circos 网站上的说明进行操作。特别是，我检查了缺少的 perl 模块。我错过了其中几个：

所以我再次按照Circos 网站上关于在 Mac OS X 上安装 Perl 模块的说明进行操作。具体来说，我遵循了Paulo Nuin 博客文章中的详细说明。Freetype 和 Fontconfig 丢失了，我安装了它们。

现在，当我运行 libgd-2.2.1 的配置时，我得到以下配置摘要：

对我来说它看起来已经足够好了。但是当我运行make时，我得到了错误：

由于它不起作用，我在 Stackoverflow 上遵循了这个建议，然后我跑了

冲泡安装gd

（我必须通过这样做来更新 brew

在 Stackoverflow 上遵循这个答案。）

但我收到一个错误：

当我运行'brew link libpng freetype'时，我得到另一个错误：

最终能够运行 Circos 的任何解决方案？

在此先感谢您的帮助！

我无法通过cpan Font::TTF. 我在草莓 perl 5.24，Windows 8 32 位。

使用cex参数增加标签大小时如何自动增加生成的图片？

使用附加代码，标签未完整显示。

我正在使用 graphviz 及其circo提供的工具生成一个图表。

生成的图是一个很好的形状，但是节点之间的边的长度比它们需要的长得多，这使得节点的文本很小（相对于输出图像）并且很难阅读。

如何使输出图像中的节点（相对）更大，以便节点内的文本更易于阅读，

输出图像：

源图文件：

命令：

我有一个数据框，它具有 4 组患者和细胞类型之间的共同特征。我有很多不同的功能，但共享的（存在于 1 个以上的组中）只是其中的一小部分。

我想制作一个 circos 图，以反映患者组和细胞类型之间的共享特征之间的少数联系，同时了解每组中有多少未共享的特征。

在我看来，它应该是一个有 4 个扇区的图（每组患者和细胞类型一个），它们之间有一些连接。每个扇区大小应反映组中要素的总数，并且该区域的大部分不应与其他组相连，而是空的。

这是我到目前为止所拥有的，但我不希望扇区专用于每个功能，只针对每组患者和细胞类型。

MWE：

编辑！！

@m-dz 在他的回答中显示的实际上是我正在寻找的格式，4 个不同的患者/细胞类型组合的 4 个扇区，仅显示连接，而非连接的功能，虽然没有显示，但应该解释部门的规模。

但是，我意识到我的情况比上面 MWE 中的情况更复杂。

一个特征被认为出现在 2 个患者/细胞类型组中，不仅当它在 2 个组中相同时，而且当它相似时......（高于阈值的序列同一性）。这样，我就有了裁员...

Patient1-cell1 中的特征 A 可以连接到 Patient2-cell1 中的特征 A，也可以连接到特征 B...对于 Patient1-cell1，特征 A 应该只计算一次（唯一计数），并扩展到患者 2-中的 2 个不同特征单元格1。

请参阅下面的示例，了解我的实际数据如何更精确，看看使用这个示例是否可以得到最终的 circos 图！谢谢！！

这是一个示例代码：

我怎样才能“屏蔽”自链接？我想删除它们以保持空间为空（右图）。

这个问题可以被认为是R中网络和弦图问题的延伸

是否可以根据设置光标的节点是源节点还是目标节点来更改图中链接的颜色，如下例所示？ https://bl.ocks.org/mbostock/7607999

我不打算通过给出可重现的示例来使问题更加冗长，因为链接中已经提供了代码。任何帮助都会很棒。

我正在尝试使用 circos 软件描绘我的寄生虫的全基因组序列 (WGS) 数据。

我想描述的元素之一是参考基因组的区域，我没有来自我的寄生虫的测序数据。

为了做到这一点，我使用 Samtools 创建了一个 mpileup 文件，我从中提取了序列深度 = 0 的位置。因此，我有一个如下所示的文件：

这意味着 1 号染色体中有 3 个位置没有序列数据（深度 = 0）：即位置 1、2 和 3。对于 2 号染色体，没有数据的位置是位置 67、68、1099、1100 和 1101。

由于我的文件很大（多达 300 万行），而且很多未排序的位置都是间隔的，我想根据上述数据创建一个间隔文件。此外，circos 需要这样的间隔文件才能创建图块。因此，我需要从上面创建一个新文件，如下所示：

我搜索了一堆，但我只发现与按预定义时间间隔对数据进行分组有关的问题（例如，在 6 个月内发生的团购，按年龄划分的患者等）。

因此，如果有人可以帮助我，我将非常高兴！西德塞尔

我是 d3js 的新手，我正在尝试使用这个模块：https ://github.com/nicgirault/circosJS

我对卡住的东西做了一个小插曲：https ://plnkr.co/edit/8Sn0quYr5teCv239W9k6?p=preview

我如何将它们之间的月份联系起来？

这是我的 JS 代码：