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如何为 circos/chord 图表添加图表整体填充？

我有类似的和弦图，具有相同的属性，请参阅给定的链接 [https://www.d3-graph-gallery.com/graph/chord_basic.html]。

实际上我想设置整体图表填充（顶部、右侧、底部和左侧），而不修改其高度和宽度。我在编辑器模式下尝试了一些属性和样式，但它不起作用。

您能否建议解决方案如何通过示例为 circos/chord 图表设置整体填充？

谢谢

我正在尝试创建一个具有 4 个扇区的圆形条形图；每个扇区都有不同数量的柱。我希望扇区大小与条的数量成正比，并用特征（表型）和频率值标记每个条。

我有 4 个扇区，“fruit_sector”：“apples”、“pears”、“oranges”、“bananas”；对于每个部门，我都有几个不同的品种，“表型”。对于每个，一个频率。

test_circos_210506.csv

几个问题：

1. 条形标签从每个扇区的文件开头开始，而不是遍历每个扇区（所有扇区都从“苹果”表型开始
2. 我无法对齐标签
3. 我想将频率添加到每个条形。
4. 低频条没有出现（以下错误）
5. 我必须添加一条频率 = 0 的线，否则最后一个条将与间隙重叠。

警告：

我有基本的 R 技能，有什么帮助吗？

很长一段时间以来，我一直在使用circlize包准备和弦图。R但是，现在我有一个数据框，我必须以特定方式表示，我需要一些帮助，因为在尝试了许多线程中提供的解决方案之后（R：circlize circos plot - 如何在具有最小重叠的扇区之间绘制未连接区域，R用数据框的circlize制作圆/弦图）我无法画出我的想法。

以下是大型数据框的子集的样子：

我想绘制一个圆形可视化，以便我可以表示 shared COMPacross SEQ，类似于下面的草图：

这里的外部网格代表列ID。黑色的内部网格表示SEQ属于每个ID。很多时候，一个ID值可以有多个SEQ值。灰色的链接代表COMP之间共享的数量SEQ。联动的宽度代表数字，即shared越高COMP，宽度越大。

我无法准备我的数据框来显示这样的图。我也尝试使用函数的directional参数使用方向关系chordDiagram()，但我没有达到预期的结果。

我目前正在使用 R 中的 Circlize 包来创建和弦图（使用函数 chordDiagram），并且无法减小标签的字体大小并排除一些标签。

基本上，我想制作一个类似于这样的数字：

我想标记一些区域（它们是否应该大于特定常数），而其他区域可以使用图像中的图例包含在内。

似乎没有文档显示如何使用 chordDiagram 函数执行此操作。任何帮助将不胜感激。

首先我想提一下，我不是程序员，也没有英语母语，但我会尽力做到最好:-)

我一直在寻找一种方法来创建一些漂亮的圆形可视化（和弦图）并在 Circos（http://circos.ca）上遇到困难，这似乎符合我的需求。

安装一直很顺利，直到最后一步，我遇到了 GD 的问题，并在尝试修复它时绕着圈子跑。

这里有一些细节：

• MacBook Air（视网膜显示屏，13 英寸，2020 年）
• macOS 蒙特雷版本 12.0.1 (21A559)
• 马戏团 0.69-9
• Perl v5.34.0

我已经成功安装了一堆 perl 不同的模块:-)

如果使用 perl 模块进行检查circos -modules，则缺少两个，这就是问题开始的地方：

我尝试了各种方法并广泛搜索，但我无法让这两个 GD perl 模块正常工作。

当我使用 brew 安装 GD 时，它似乎安装得很好，但是在检查使用时circos -modules我得到：

dyld [14230]：缺少符号调用

卸载 usingbrew uninstall --ignore-dependencies gd并再次检查后，再次circos -modules报告两个丢失的模块，并且不再显示 dyld 错误。

所以我尝试了一些我不太清楚自己在做什么的事情:-)

...并下载GD 2.73并编译...

所以我被鼓励运行该make命令，但不幸的是已经报告了大量警告，所以我决定不继续sudo make install

现在，当我再次检查时，circos -modules我再次遇到同样的错误:-(

重复brew uninstall --ignore-dependencies gd相同的模块丢失后再次报告，我又回到了循环的开头。

在这里，我被困住并在圈子里跑来跑去，任何提示或很少的帮助将不胜感激。

感谢，并有一个愉快的一天！

同时，我关注了@Håkon Hægland 发布的链接

在 Mac OS Big Sur 版本 11.0.1 上安装 circos 时缺少 GD

所以我做了以下事情：

但是当重新运行时circos -modules，我再次收到以下错误：

还在兜圈子，只是绝望，现在该睡觉了，明天又是新的一天……

感谢所有人的帮助和晚安:-)

我有一个看起来像这样的df

我想使用带有 4 个部分的 circlize 将其绘制在 circos 图中。每个部分都应该有 X 轴作为标题，并且在该部分中它应该有 Y 轴值。我只想直接从df中获取数据并将其绘制在circos图上

首先，我要感谢这款出色的软件！

好吧，我只是一个初学者，取得了一些进展并创建了一些不错的 SVG

实际上，我正在尝试调试我遇到的另一个小问题，因为我的自定义 link.conf 没有找到，但包含在我的自定义 circos.conf 中，但我可以自己解决。

尽管如此， circos -debug 在搜索字体时显示了许多条目，但最终在尝试了找到它们的各个位置之后:-)

我想知道如何解决这个问题，以便在第一次尝试时找到字体并且不会弄乱调试输出？

非常感谢您的任何提示！

注意：不幸的是 Pastebin.com 处于维护模式，所以我在调试日志中发布了一小部分消息，重复和绝望地搜索字体:-)