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我正在尝试使用 R 中的 RCircos 包来可视化基因组位置之间的链接。我不熟悉这个包，从 2016 年开始就一直在使用 CRAN 存储库中提供的包文档。

我试图根据包要求格式化我的数据。这是它的样子：

> head(pts3)
  Chromosome ChromStart ChromEnd Chromosome.1 ChromStart.1 ChromEnd.1
1       chr1         33       34         chr1          216        217
2       chr1         33       34         chr1          789        790
3       chr1         33       34         chr1         1716       1717
4       chr1         33       34         chr1         1902       1903
5       chr1         33       34         chr2         2538       2539
6       chr1         33       34         chr2         4278       4279

最终，我想制作一个图，其中包含从 ChromStart 到 ChromStart.1 的轨迹，并且每个基因都标记在图的外部。我认为脚本看起来像：

RCircos.Set.Core.Components(cyto.info = pts3,
                        chr.exclude = NULL,
                        tracks.inside = 1,
                        tracks.outside = 2)
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()
RCircos.Link.Plot(link.data = pts3,
                track.num = 3,
                by.chromosome = FALSE)

看来要这样做，我必须首先使用 RCircos.Set.Core.Components() 函数进行初始化，该函数需要将每个基因的位置信息传递给 RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()。因此，我创建了第二个数据框，其中包含传递给函数所需的信息，这是我得到的错误：

> head(genes)
  Chromosome ChromStart ChromEnd GeneName Band Stain
1       chr1          0     2342      PB2   NA    NA
2       chr2       2343     4683      PB1   NA    NA
3       chr3       4684     6917       PA   NA    NA
4       chr4       6918     8710       HA   NA    NA
5       chr5       8711    10276       NP   NA    NA
6       chr6      10277    11735       NA   NA    NA
> RCircos.Set.Core.Components(cyto.info = genes,
+                             chr.exclude = NULL,
+                             tracks.inside = 1,
+                             tracks.outside = 2)
Error in RCircos.Validate.Cyto.Info(cyto.info, chr.exclude) : 
  Cytoband start should be 0.

我实际上没有 Band 或 Stain 列的数据，也不了解它们的用途，但是将数据添加到这些列（例如 1:8 或 chr1、chr2 等）并不能解决问题。根据另一个论坛的建议，我还尝试使用以下函数重置 RCircos 的绘图参数，但没有解决错误：

core.chrom <- data.frame("Chromosome" = c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4", "chr5", "chr6", "chr7", "chr8"),
                         "ChromStart" = c(0, 2343, 4684, 6918, 8711, 10277, 11736, 12763),
                         "ChromEnd" = c(2342, 4683, 6917, 8710, 10276, 11735, 12762, 13666),
                         "startLoc" = c(0, 2343, 4684, 6918, 8711, 10277, 11736, 12763),
                         "endLoc" = c(2342, 4683, 6917, 8710, 10276, 11735, 12762, 13666),
                         "Band" = NA,
                         "Stain" = NA)
RCircos.Reset.Plot.Ideogram(chrom.ideo = core.chrom)

任何建议将不胜感激！

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1 回答 1

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我不确定您是否解决了这个问题或继续等等。我遇到了同样的问题，最终通过将每个染色体的起始位置重新格式化为 0 来解决它，而不是前一个 chr 的延续。对你来说，这将是：

  Chromosome ChromStart ChromEnd GeneName Band Stain
1       chr1          0     2342      PB2   NA    NA
2       chr2          0     2340      PB1   NA    NA
3       chr3          0     2233       PA   NA    NA

...etc
于 2020-08-05T04:34:46.427 回答