问题标签 [petsc]

我有一个工作代码，可以通过使用 Petsc 的 KSPSolve 解决某个问题（使用 gmres 求解器和 ilu 预处理器）。我想从 MATLAB 调用这段代码，所以我编写了一个 mex 文件。但是，当调用 KSPSolve 时，它​​会使我的 mex 文件和 MATLAB 崩溃。

我使用了 valgrind，似乎第一个错误出现在某些 sse2 代码中。如果我删除对 KSPSolve 的调用，一切正常。如果我在 MATLAB 之外调用整个代码，它也可以工作。

有人知道 Petsc 和 MATLAB 之间可能存在的兼容性问题吗？这可以解决吗？谢谢，

在 3.3 中，他们有一个令人振奋的消息- 在 GPU 上仅使用 PETC SNES 进行 FEM 求解的示例。我是 PETSc 的新手并且有一个问题 - 我需要在 3d 空间中创建一个球体并对其施加力......所以我需要一个 3d FEM（如果可能在 GPU 上，我的情况不需要 MPI）。然而，当我看到他们提供的简单示例时，我有点害怕：

它像代码一样干净易读...

然而，阅读它让我头晕目眩，因为来自子弹 phisix\gamedev backgrownd 我没有看到 3 个主要内容：在哪里设置尺寸、创建网格和应用力？

那么任何人都可以解释如何使用 PETSc SNES 设置 3d FEM 求解器（强调如何设置尺寸、馈送网格、施加力和解释结果）？

我有一个非常初学者的问题，但我现在真的迷路了。我从 PETSc 开始，但我在编译代码时遇到了问题。我正在尝试使用自己的 Makefile，但编译器一直在大喊“未定义的引用”错误。我试图自己弄清楚几个小时，但我根本没有看到错误。因此，如果您能认识到错误，我们将不胜感激您的帮助。

这是整个错误消息：

这是我的 .c 文件 - 它还没有完成，它只是一个测试：

这是我的Makefile：

$PETSC_DIR/include里面${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include有petsc头文件（.h）。

我的系统变量的值是：

这是我的 LD_LIBRARY_PATH 文件夹的结构：

有没有人有使用 PETSc 库进行域分解的经验？我使用 PETSc 在我的 c++ 代码中创建向量和矩阵。我还使用 KSP 来求解线性系统。我使用了以下示例来了解 PETSc 中的 DD，但它们对我没有帮助：

http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-3.5/src/snes/examples/tutorials/ex10d/ex10.c.html http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-3.2 /src/snes/examples/tutorials/ex12.c.html http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex62.c.html ​</p>

如果您能给我一些关于如何使用 PETSc 进行图形分区和域分解的提示，我将不胜感激。

我正在尝试在 PETSc 中编写 LU 分解应用程序。我的想法是，程序将打印未分解的矩阵，然后是分解的矩阵并计算分解本身所花费的时间。

我根据我在互联网上找到的少量信息编写了我的代码（我使用这篇文章中的信息来初始化我的矩阵），但不幸的是，这还不够。我的代码可以编译，但是当我尝试运行它时，它只会喊出这个错误：

此错误是由MatLUFactor函数引起的，我想将其用于就地 LU 分解。问题是，我不知道我的代码到底有什么问题。我认为，中心问题可能出在矩阵变量本身，可能是因为分配不当（我想到了 MatMPIAIJSetPreallocation 函数），但我不确定。

我试图用MatLUFactorNumeric和MatLUFactorSymbolic替换 MatLUFactor 函数，但它比 MatLUFactor 更糟糕，它的错误“更大”:-)

最后，我尝试使用以下命令启动我的程序：

因此，如果您知道任何解决方案，我将不胜感激；-) 谢谢！

Ps：我一直在寻找可能的解决方案，到目前为止我找到的最接近的文章是这个 maillist，但是提问者使用 ParMETIS 和 SuperLU 包，据我所知，我不使用。

这是我的源代码：

这是我使用 MatLUFactorNumeric 和 MatLUFactorSymbolic 函数时的错误：

我正在使用PETSc，我想做一些类似的事情，

我知道我可以做到：

我只是好奇是否有一个功能可以一次性完成所有这些。似乎它会节省一个循环。

有这样的功能吗？

多年来，我一直是 Trilinos LOCA (c++) 中伪弧长延续、非线性求解器的用户，但我最近遇到了 python 包 petsc4py。这大大简化了我的编程，速度略有下降。

petsc4py 唯一缺少的类是伪弧长延续求解器。PETSC 有一个伪时间步进求解器，但这并不像转折点分解算法那么有用。

Trilinos LOCA 有一个 PETSC 包装器，但我一直在寻找一个解决方案，其中问题是在 python（来自 petsc4py）而不是 c 或 c++ 中指定的。

因此，我正在寻找一个用 petsc4py 编写的类，或者可以从 petsc4py 调用，实现伪弧长延续。

非常感谢你。

我尝试petsc在 OSX 10.10.1 上使用 homebrew 安装：

安装一个依赖项时出现一个错误：

所以我尝试hypre用自制软件安装

我没有收到任何错误 ==> 摘要 /usr/local/Cellar/hypre/2.9.0b_1: 48 files, 4.5M

最后，我修改了petsc公式并注释掉了这一行

现在我可以安装petsc但它不起作用

我不确定这个问题是否属于这里。但是我的 PETSc 代码有问题，说存在浮点错误。它类似于以下链接中讨论的问题：

http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2012-November/015858.html https://www.mail-archive.com/petsc-users@mcs.anl.gov/msg22930.html

这些线程中的一些人只是对我们说“fp_trap”。但是我应该在哪里输入呢？我试图进入 gdb 和 valgrind，然后输入“fp_trap”，但它不起作用

是否可以在运行时使用 Octave C++ API 从外部文件加载 PETSc 二进制格式的矩阵？我找到了Doxygen 文档，但在这么多项目中我找不到任何有用的东西。

通常，当我想将 PETSc 矩阵加载到 Octave 时，我会使用“PetscBinaryRead.m”，但现在在 C++ 中，我真的完全迷失了。