问题标签 [petsc]

我正在尝试运行一个并行工作流，我在其中评估ParallelGroup. 如果我在少量内核上运行，它不会崩溃，但在某些时候增加节点数量会引发错误，这表明它与问题的分区方式有关。

据我所知，在设置通信表时，我从 OpenMDAO 和 PETSc 的深层地牢中得到一个与目标索引有关的错误。以下是错误回溯的打印：

这个答案：

https://scicomp.stackexchange.com/questions/2355/32bit-64bit-issue-when-working-with-numpy-and-petsc4py/2356#2356

引导我寻找你设置tgt_idxs向量的位置，看看它是否用正确的 dtype 定义PETSc.IntType。但是到目前为止，Petsc has generated inconsistent data当我尝试设置我认为可能导致错误的数组的 dtype 时，我只会遇到错误。

我还没有尝试按照--with-64-bit-indices我链接到的答案中的建议重新安装 PETSc。您是否运行以这种方式配置的 PETSc？

编辑：我现在已经设置了一个简化版本的问题，它复制了我得到的错误：

完成后，我还可以看到由于我们评估的许多案例，数据量最终变得巨大。我会看看我们是否可以以某种方式减少数据大小。我现在根本无法运行它，因为它要么因错误而崩溃：

或TypeError.

我正在尝试使用 Python网站上找到的方向安装 petsc4py，但出现错误。如何解决此找不到正确版本错误？我的总体目标是能够使用 openMDAO，但我需要先让 petsc4py 工作。

以下是命令的输入，然后是我收到的错误

我对 PETSC 有疑问。我在 matlab 中编写了一个代码，我正在尝试使用 PETSC 库将此代码转换为 C++。我正在为多相流编写流体动力学模拟，并且我正在尝试以一种简单的方式进行与此 matlab 操作等效的操作：

有没有办法做到这一点而不必调用 MATGETVALUES 函数 7 次？

我最近开始学习 PETSc，在尝试完成一些简单的任务时遇到了问题。这段代码有什么问题：

它用进程等级标记的数量填充小数组。成功编译并链接后，结果如下：

VecView 显示进程已写入属于其他进程的位置。哪里有错误？DMDAVecGetArray/DMDAVecRestoreArray 给出错误的数组或 VecView 不适合查看从 DM 对象获得的 Vec？

我有一个 MPI 并行代码，它使用 PETSc 用无矩阵 GMRES 方法求解线性方程组。它工作正常，但每个进程使用的内存量大致相同，与我使用的进程数量无关。因此，当使用许多进程时，内存使用量会过多。我想知道是否有办法解决这个问题，我认为使用共享内存方法可能是要走的路。

据我了解， PETSc 支持PETSc 网站共享内存（为简单起见，使用 MPI 共享内存），但我找不到有关如何启用或使用它的任何信息。将 PETSc 与共享内存一起使用是否可以解决我的问题，如果是，是否有任何文档说明如何执行此操作？或者如果可能的话，在 PETSc 中是否默认使用 MPI 共享内存而无需额外编码？

我正在使用 petsc4py，现在面临一些问题。我有许多小的 petsc 密集矩阵 mij，我想将它们构造成一个大矩阵 M，如下所示：

下面显示了一个 mcve 代码，我使用的是 PETSc 的 python 包装，但是它们的语法是相似的。

报告此类错误消息：

我的问题与这篇文章有关：

在用 f2py 包装的模块中包含一个已编译的模块（最小工作示例）？

海报试图用 f2py 编译 Fortran 代码（Test.f90）并将其链接到预编译库（或者在我的情况下，对象 myex44f.o）。答案使我能够编译 Fortran 代码并生成 python 模块。

我的问题与上述海报问题的不同之处在于我的对象与 PETSc 相关联。当我尝试将我的 f2py 生成的库导入 python 时，我收到错误，它无法找到 PETSc 子例程“VecDestroy”。我最近的尝试是：

f2py -c --fcompiler=gfortran -I. myex44f.o ../../../Codes/third_party/petsc/include/petsc/finclude/petscdef.h -m test Test.f90

这是代码Test.f90：

mainsub从模块调用petsctest：

我得到的错误是：

导入测试回溯（最近一次调用最后）：文件“”，第 1 行，在 ImportError：./test.so：未定义符号：vecdestroy_

有没有人有什么建议？非常感谢您为我提供的任何帮助。

更新：myex44f.o我使用 PETSc 示例提供的 makefile 生成了原始对象。查看链接行，我推断在使用 f2py 编译时可能需要链接 petsc 库。我目前的尝试是：

f2py -c --fcompiler=gfortran -m test Test.f90 -I. myex44f.o -I/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/include -I/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/include -L/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/lib -lpetsc

这似乎在编译步骤期间正确链接（如果我只是在-lpetsc没有路径的情况下编写编译器失败）。但是，当我输入时ldd test.so，我得到：

linux-vdso.so.1 => (0x00007ffe09886000) libpetsc.so.3.7 => not found libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fc315be5000) libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fc31581b000) libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007fc3155dc000) libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fc3152d3000) libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007fc3150bc000) /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a3fad27000)

我需要两个使用链接标志 Wl,rpath 吗？f2py 似乎不明白这些。感谢您的任何评论。

解决 了我发现了我的问题。我无法让 f2py 接受这些-Wl,rpath选项，但如果我定义了环境变量，LD_LIBRARY_PATH=/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/lib一切都会解决。谢谢您的帮助。

我正在使用 petsc 作为我的项目的求解器。但是，并行模式下的求解器创建的过程比我的预期要多得多。

代码使用python和petsc4py。该机器有4个核心。（一个）。如果我直接运行它，petsc 只使用 1 个进程来组装矩阵，并创建 4 个进程来求解方程 (b)。如果我使用注释'mpirun -n 4'，petsc 使用 4 个进程来组装矩阵，但创建 16 个进程来求解方程，

我检查了我自己的python代码，与matrix create关联的主要组件如下：

与 petsc 求解器相关的主要组件如下：

有没有人可以给我一些建议？谢谢。

当我在 C/C++ 中想到这种语法时，目前正在阅读 PETSc：

我不明白这里逗号的含义。它与元组有关吗？还是有什么超载的？

我想在我自己的程序中使用 PETSc 库来解决大型分布式线性方程组。此外，我想为此目的使用可用的 GPU 资源。我正在使用结构化网格来离散表示 3D 计算域，因此最好使用 PETSc 分布式阵列来避免进程之间的额外数据传输。

我已经使用以下字符串配置了 PETSc：./configure --prefix=/usr/local/petsc --with-mpi=1 --with-cuda=1 --with-cusp=1 --with-cusp-include=/usr/local/cuda/include/cusp/ --with-cusp-lib=

然后将其安装到/usr/local/petsc位置。

现在我正在尝试在简单的测试程序中创建 DMDA 对象：

但是当我运行它时，我得到一个错误：

这个简单的代码有什么问题？

更新：uname -a命令的结果： Linux PC 4.4.0-47-generic #68-Ubuntu SMP Wed Oct 26 19:39:52 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux。

使用 MPI 规范的开放式 MPI 实现。