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我已经成功地用 PETSc 库编写了一个复杂的函数（它是一个基于 MPI 的科学库，用于并行求解巨大的线性系统）。这个库提供了它自己的“malloc”版本和基本数据类型（即“PetscInt”作为标准“int”）。对于这个函数，我一直在使用 PETSc 的东西，而不是标准的东西，比如“malloc”和“int”。该功能已经过广泛测试，并且始终运行良好。尽管使用了 MPI，但该功能是完全串行的，并且所有处理器都在相同的数据上执行它（每个处理器都有它的副本）：根本不涉及通信。

然后，我决定不使用 PETSc 并编写一个标准的 MPI 版本。基本上，我用经典的 C 语言重写了所有代码，用经典的 C 语言替换了 PETSc 的内容，不是用暴力而是注意替换（我的意思是，没有任何编辑器的“替换”工具！全部手动完成）。在替换期间，进行了一些小的更改，例如声明两个不同的变量 a 和 b，而不是声明 a[2]。这些是替换：

PetscMalloc -> malloc

PetscScalar -> 双

PetscInt -> int

PetscBool -> 创建了一个枚举结构来复制它，因为 C 没有布尔数据类型。

基本上，算法在替换过程中没有改变。主函数是一个“for”循环（实际上是 4 个嵌套循环）。在每次迭代中，它调用另一个函数。让我们称之为功能失调。好吧，Disfunction 在 4 周期之外完美工作（正如我单独测试的那样），但在 4 周期内，在某些情况下有效，在某些情况下无效。此外，我在每次迭代时检查了传递给 Disfunction 的数据：使用 ECXACTELY 相同的输入，Disfunction 在一次迭代和另一次迭代之间执行不同的计算。此外，计算数据似乎不是未定义的行为，因为 Disfunction 总是在程序的不同运行中返回相同的结果。我注意到更改“mpiexec”的处理器数量会产生不同的计算结果。

那是我的问题。其他几项考虑：程序广泛使用“malloc”；所有过程的计算数据都是相同的，无论正确与否；Valgrind 不检测错误（除了通过正常使用 printf 检测错误，这是另一个问题和一个 OT）；Disfunction 递归调用另外两个函数（也在 PETSc 版本中进行了广泛测试）；所涉及的算法在数学上是正确的；功能障碍取决于整数参数 p>0：对于 p=1,2,3,4,5，它可以完美地工作，对于 p>=6，它不会。

如果被问到，我可以发布代码，但它很长而且很复杂（科学上，而不是信息上），我认为需要时间来解释。

我的想法是我搞砸了内存分配，但我不明白在哪里。对不起我的英语和糟糕的格式。

我正在尝试构建 PETSc，但在启用优化时遇到了问题。如果不指定，PETSc 总是会创建一个调试版本，但我可以通过将 --with-debugging=0 传递给 cmake 来关闭它。但是，这仅默认启用 -O1，但由于我的应用程序非常耗时且非常关键，我希望至少有 -O2。我找不到除了 --CFLAGS 之外的选项，它可以工作，但总是将选项附加到末尾，所以 -O1 会覆盖我的 -O2。

我希望“-O”手动设置标志，这给了我一百万行，主要来自 configure.log 文件并且没有帮助。

有人知道在哪里设置标志的文件，或者像...另一个选项禁用最后指定的 -O# 的使用，但启用最强或第一个的解决方法？

我正在使用 Clang 3.4 用 Petsc 编译一个库并得到：

它遵循以下定义：

我能找到的唯一相关信息是这个，我不知道这是否是特定于编译器的东西，并且缺少某些库，或者我对 Petsc 有一些问题。

我尝试使用 `cimag()'，因为它在一个小测试文件中，但我无法使用 clang3.4 和 gcc4.8 编译它。

任何人都知道发生了什么。谷歌没有显示任何类似的主题...

编辑：

所以这是一个简单的例子：

它使用Gcc4.8编译（来自 macports）：g++-mp-4.8 main.cc -o main

但是在 c11 模式下它不会: g++-mp-4.8 -std=c++11 main.cc -o main:

clang在这两种情况下都不会编译它并产生与上述相同的错误。

我正在尝试使用 python 创建一个 PETSC 二进制文件。我尝试在 bash shell 上运行脚本，但出现错误

$ python -c 'print file.shape\n import sys,os\n sys.path.append(os.path.join(os.environ['PETSC_DIR'],'bin','pythonscripts'))\nimport PetscBinaryIO\nio=PetscBinaryIO.PetscBinaryIO()\nfile_fortran=file.transpose((2,1,0))\n io.writeBinaryFile('my_geometry.dat',(walls_fortran.rave1()).view(PetscBinaryIO.Vec),))'

我知道这是因为额外的\，但我的代码似乎没有。我尝试使用 python -i 以交互方式运行 python 来查找代码的哪一部分有问题

我是 python 新手，所以我知道这可能是一个明显的错误。但我似乎不知道这是关于什么的

感谢约翰的回答。现在它识别出 PETSC_DIR 我得到了错误

即使我指定它，它也不识别 PETSC_DIR

我是新来的PETSc。我有一个很大的 c++ 代码，我想添加PETSc到我已经拥有的一些文件中，所以我必须更改我的 makefile 以使其也可以编译 PETSc。

是否可以有两个不同的makefile，然后PETSc在我自己的makefile中调用makefile？如果是这样，我该怎么做？

有没有人有任何链接PETSc到自己的代码的经验？

顺便说一句，我使用 Linux 作为我的操作系统。

使用 PetscMalloc2 (PetscMallocX) 而不是 PetscMalloc 两次（X 次）的经验法则是什么？这些块是否应该具有相似的大小，或者将它们一起/同时分配总是更有效？该手册说“分配 2 (X) 块内存都与 PETSC_MEMALIGN 对齐”用于定义，但对于 PETSc 和精细 HPC 问题的新手来说，这对我来说意义不大。我一直认为编译器会处理这些问题。

我想在 fortran 中测试和使用 PESTc，所以我写了一些非常简单且为 null 的东西，例如 (petscexe.F)：

看看能不能正确导入头文件。

我用 gfortran 编译文件： gfortran petscexe.F -I /opt/local/lib/petsc/include/finclude

头文件位于我计算机中的此文件夹 (/opt/local/lib/petsc/include/finclude) 中。所以一切都应该没问题，但是...

错误是

这是什么错误？非常感谢！

我有用 c++ 编写的顺序块 AIJ 矩阵，我将使用 PETSc 创建 MPI 矩阵。所以，我必须将我的稀疏块 AIJ 矩阵替换为 MPI 块 AIJ PETSc 矩阵。有没有人有任何关于如何做到这一点的例子？我将不胜感激有关我想做的任务的任何建议。

我在函数 MatSetValues 处收到“插入 -nan+iG 错误”。

我的代码是这样的：

我首先使用下面的代码将 double 更改为 PETScScalar（我使用的是复杂版本）。

然后我使用下面的代码将值插入矩阵。

这是问题所在：

我将我的 PETSc 代码编译成一个 .so 库，并将它与我程序的其他部分链接起来。

然而，它一直告诉我

在矩阵入口 (2,3) 处插入 -nan+iG！

(2,3) 实际上为零，我可以用 std::cerr 打印它，它告诉我它为零。所以我将矩阵从屏幕复制到一个文件中并使用选项编译它：

g++ test.cpp -L。-leigen_slepc -lstdc++ -I/home/altria/software/slepc-3.4.4/include -I/home/altria/software/slepc-3.4.4/arch-linux2-c-debug/include -I/home/altria /software/petsc-3.4.4/include -I/home/altria/software/petsc-3.4.4/arch-linux2-c-debug/include

这次过去了。所以我想可能是编译处理的差异导致了这个问题。有人对我的问题有任何想法吗？

我有一个可以并行运行但使用共享内存方法的 c++ 代码。我将代码链接到 PETSc 并且 PETSc 能够并行运行代码，但使用分布式内存方法。当我并行运行代码（与 PETSc 链接的 c++）时，似乎所有处理器都在重复相同的工作。例如，当处理器数量为 4 时，边界条件和初始条件被读取 4 次，或者如果我使用 printf 命令，某些内容将被打印 4 次。所以这意味着工作没有在处理器之间分配，所有处理器都在做整个工作，而不是做其中的某些部分。有没有人有同样的经历，为了解决这个问题，你有什么建议？例如，您可以在下面看到代码读取网格两次而不是读取一次：

读取网格文件 Mesh_cavity2d.txt：

读取网格文件 Mesh_cavity2d.txt：

或者：