问题标签 [petsc]

我正在为我的代码使用 KiFMM 和 PETSc。串行版本没有问题，但是当我尝试将 MPI 与 2 个节点一起使用时，我现在收到一个错误(*trgPos)(j,i)，其类型DblNumMat如下所示： http ://www.mrl.nyu.edu/~harper /kifmm3d/documentation/common/html/nummat_8hpp_18ed51e81f911a23442591467d7a83ca.html。

gdb 的回溯显示了这一点：

任何人都知道为什么会发生这种情况以及我能做些什么？

我刚开始使用 PETSC，我正在尝试使用 matView 绘制矩阵。我的代码是这样的：

当我以这种方式使用 MatView 时：

我可以看到一个包含行的列表。但是当我把它改成

什么都没发生。

我看不到有关网络结构的任何信息，甚至看不到列表。

我试图运行这些示例，但它们根本不起作用。此外，PETSC 文档只会让事情变得更糟。有人能帮我吗？我不想看到行列表，而是矩阵（以图形方式）。

评论中的更多上下文：

• X windows 运行正常——能够用gvim、xlogo、xeyes等进行确认。
• 库已使用 中--with-x的选项重建configure。仍然没有出现。

我尝试使用此配置编译 PESTC：

但是在编译我的使用 petsc 的库时，即使我链接了所有 petsc 库，它也会在运行undefined symbol: _Z10VecGetSizeP6_p_VecPi时libpetscvec.so抱怨libpetscsnes.so：

我还发现它会生成一些.mod与这些非生成库同名的库（例如：）/tmp/petsc-3.3-p7/arch-linux2-c-debug/include/petscsnes.mod。

所以我不确定我是否缺少一个标志，该标志应该告诉编译器不给我库模块，或者它们是否在某些外部包中，并且我应该使用--download-SOMEPACKAGE.

这是在.so中生成的库$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib：

我如何在没有的情况下在多个线程中运行使用 PETSC 编写的程序./mpiexec -n <>？

也许我需要单独初始化MPI？在这种情况下，您可以参考示例如何使用 init MPI吗？PetscInitialize()

谢谢！

假设我有一个矩阵 M：

文档https://op2.github.io/PyOP2/user.html说， M.sparsity.colidx持有“ CSR 数据结构的列索引数组”，而M.sparsity.rowptr持有“ CSR 数据结构的行指针数组” "，好的，所以我已经有了所有需要的坐标来重建 CSR 矩阵，但是这个CSR 数据结构在哪里？

我的计算机上有一个代码，Petsc它依赖于mpi. 在我的电脑上它运行良好。我把它放在集群上，导出路径gcc，Petsc和openmpi（虽然我mpich在我的电脑上使用我希望openmpi也能工作）到LD_LIBRARY_PATH和PATH。我还更改了makefile中的路径。Petsc、gcc、openmpi 在集群上都可用，所以我没有配置任何东西。当我这样做时make，编译器给出了错误：

fatal error: mpi.h: No such file or directory

我知道我没有提供完整的信息，但如果需要我可以提供更多信息。我怎样才能Petsc知道在哪里mpi.h？

由于 VecCreateGhost() 或 VecMPISetGhost() 函数，我知道 PETSc 允许其向量携带幻影值。有谁知道是否有类似的功能可以创建带有鬼线的矩阵？谢谢，米里亚姆

我在结构化网格中有一个有限差分问题PETSc，DM上下文帮助我非常容易地创建矩阵，DM给我一个矩形域的整个矩阵，这对我很好，因为我正在使用这个参考系统，但我有一个不规则的形状在我的问题中，这意味着我没有在这个矩阵中使用很多条目。如何在矩阵组装中不分配此空间并告诉KSP上下文不要使用此条目来解决问题？

我的代码是这样的：

我有一个包含全局变量的模块。要声明一些全局变量，我需要使用 HDF5。我也在使用一个库，所以我还需要包含一个头文件。所以 global_variable.F90 的序言看起来像这样。

Vec是在头文件中定义的数据类型，HID_T是在 HDF5 模块中定义的数据类型。

现在，我有一个包含 I/O 子例程的文件。该文件还使用 HDF5 和 global_variables.F90 中使用的相同库。所以 IO.F90 看起来像这样。

问题1：编译器在编译IO.F90时返回错误，说Vec是未定义的数据类型。但它并没有抱怨HID_T。我认为 global_variables 模块已经包含 HDF5 模块和头文件，使用 IO.F90 中的 global_variables 模块将处理每个数据类型声明，但似乎没有。你能帮我理解我理解错了吗？

问题2：有没有办法将#include的效果限制在声明它的模块上？

PS。如果我包含#include "finclude/petscvec.h"在声明Vec的 IO.F90 中，那么它编译得很好。

我在 PETSc 中的申请被终止了。我检查了 Valgrind 的情况，但我不明白它的报告：

在 tsresil.c:525（我在 PETSc 中的实现）中：

在继承.c 中：

PetscObject 是一个指向：

因此，问题似乎与 的分配有关char* descr，但我不明白为什么。大小 8 会通知指针错误，不是吗？