问题标签 [mpiexec]

如何从 mpiexec (MPICH2, linux) 开始跟踪 MPI 并行作业的所有进程？

-o会弄乱不同进程的输出

PS 致一些编辑：谁可能会这么认为MPICH is the name of the library. MPICH2 is a particular version.。MPICH2 实际上是MPICH2 is an all-new implementation of MPI，我有时不得不同时使用 mpich 和 mpich2。所以，我们不能用 mpich 代替 mpich2。

我正在尝试建立一个 MPI 集群。但是我的问题是添加到 mpd.conf 文件中的 CPU 数量没有正确使用。我有三台 Ubuntu 服务器。具有 48 个内核的 opteron 具有 8 个内核的 calc1 具有 8 个内核的 calc2。

我的 mpd.hosts 看起来像：
opteron:46
calc1:6
calc2:6

引导后（mpdboot -n 3 -f mpd.hosts）系统正在运行。mpdtrace -> 列出所有三个。

但是运行像“mpiexec -n 58 raxmlHPC-MPI ...”这样的程序会导致 calc1 和 calc2 获得许多工作，而 opteron 同时获得很少的工作。我究竟做错了什么？

问候

比约恩

我正在尝试使用 mpdboot 命令启动 4 个处理器来运行我的 MPI 程序。我创建了一个具有 4 个节点（75、77、79 和 80）的 mpd.hosts 文件。他们每个人都运行 python 2.3.4。我还修改了 bashrc 和 cshrc 文件，以确保变量包含编译器库目录的路径。我还设置了 mpd.conf 文件并检查它是否具有 rw (600) 权限。

运行 mpdboot 时，我已在输出屏幕下方复制

[n@heart]$ mpdboot -n 4 -r ssh

:38：弃用警告：popen2 模块已弃用。使用子流程模块。

n@75的密码：xxx

n@77的密码：xxx

n@79的密码：xxx

n@80的密码：xxx

mpdboot_heart.int(err_exit 526): mpd 无法在 heart.int 上正确启动

原因：0：来自 mpd /opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd.py:85 的端口无效：DeprecationWarning：不推荐使用 md5 模块；改用 hashlib

被杀

第2部分：

我还登录到其中一个节点并尝试运行 mpdboot。这是这样做的输出

[n@79 ~]$ mpdboot -n 4 -r ssh

n@75的密码：xxx

n@77的密码：xxx

n@79的密码：xxx

n@80的密码：xxx

mpdboot_79_0 (mpdboot 499)：在 1 75 的 mpd(boot) 启动期间检测到问题；输出：

权限被拒绝，请重试。

n@75 的密码：权限被拒绝，请重试。

n@77 的密码：mpdboot_79_0 (mpdboot 515)：在 2 77 的 mpd(boot) 启动期间检测到问题；输出：

权限被拒绝，请重试。

权限被拒绝（公钥、gssapi-with-mic、密码）。

n@77 的密码：权限被拒绝，请重试。

权限被拒绝（公钥、gssapi-with-mic、密码）。

我应该如何处理这个问题？

我正在尝试将 MPI 与 D 编程语言一起使用。D完全支持C ABI，可以链接和调用任何C代码。我已经完成了显而易见的工作并将 MPI 标头翻译为 D。然后我将一个测试程序从 Wikipedia翻译为 D。我使用以下命令对其进行了编译：

dmd test.d -L-lmpistubs

它在我运行时有效./test，并打印：

0: We have 1 processors

但是，当我运行时mpiexec -n 8 test，它什么也不打印。我的理解是 MPI 可执行文件需要一堆奇怪的链接选项，这就是为什么mpicc存在像这样的工具来自动化该过程的原因。但是，如果我尝试在 D 中使用 MPI，这对我没有帮助。我认为这是因为我没有使用正确的链接器选项。有人可以告诉我做什么mpicc以及如何让 DMD 做同样的事情吗？

编辑：我使用mpicc -showme. 这显示了mpicc转发到的命令gcc。但是，我也意识到我做的头文件翻译错误。下一个问题： 如何做到正确。

我正在尝试通过在 Windows XP 上运行的 MPI (MPICH2) 设置分布式计算集群。我正在尝试按照以下方式运行单个命令

可能的原因是什么？我知道网络很好，因为 ping 有效：

mpiexec.exe 和 smtpd.exe 在 Windows 防火墙中都被列为例外。

这个问题的可能原因是什么？我的 Google-fu 让我失望了！（这可能与身份验证有关吗？我尝试使用-logon，但这并没有改变任何事情。如果可能是身份验证问题，我怎样才能找到我自己的用户名/密码（或者它是否使用计算机用户名/密码）？）

请原谅无知，因为我不熟悉 MPI 的工作原理。

我正在尝试微软的 MPI 实现。我从这里安装了 CCP sdk：

http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=239

然后在我的项目设置中，我添加了包含文件夹、lib 文件夹并提到了 msmpi.lib。

使用其余设置，我构建程序，然后在命令提示符中继续运行程序，但启动后没有任何反应。

这是代码（它应该显示每个线程的 id 号）：

一旦我运行 mpiexec.exe（命令在注释中），程序什么也不做，直到我按下 Ctrl-C。有谁知道我做错了什么？构建程序时没有错误，如果我从 Visual Studio 运行它，就好像只启动了一个进程。

对于以下 3 个命令中的每一个，我都会收到相同的错误。是我来自 ifconfig 的 IP 地址。关于出了什么问题的任何想法？昨晚效果很好。

我正在学习来自http://www.southampton.ac.uk/~sjc/raspberrypi/pi_supercomputer_southampton.htm的教程

这是我第一次在这里发帖，所以请原谅任何格式问题。

我有一个交互式程序，它产生外部进程并监视它们的 IO。一切正常，直到我用“mpiexec”生成了一些东西，之后 STDIN 似乎中断了。

我意识到这对于大多数人来说很难重现，但如果有人看到任何明显的东西或知道这个问题......请帮忙！

这是一个片段：

我尝试了很多不同的东西，例如管道、显式分叉、细致的描述符管理。最奇怪的是，如果我关闭并保存标准输入，然后在“mpiexec”返回后恢复它，那么我不再在 std::cin 上获得 EOF，而是 std::getline(std::cin,... ) 不再阻塞！程序进入一个无限循环，在 std::readline 调用中从 std::cin 读取零字节。

如果，当外部进程在 mpiexec 下运行时，我将一堆数据堆叠到 std::cin 中（例如通过键入），然后对 std::readline 的后续调用正确解析我卡在其中的数据行，但是再次......一旦完成读取该数据，它就会继续进入无限循环（即即使没有要读取的数据也不会阻塞 std::readline(std::cin,..) ！呃。很烦人。

任何帮助都深表感谢。

干杯!

我有一个文件 a.txt ，每一行都包含一个参数。现在我想使用 mpiexec 来调用我的程序，例如 a.out 来计算每个参数。所以我使用 linux shell 脚本来处理这个问题。代码是示例

没想到脚本只处理了一行文件a.txt就结束了。那么，是因为管道使用不当造成的吗？我该如何解决这个问题？

前段时间我们为 python 编写了自己的 mpi 包装器。在我最近升级到之后，一切都在 mac 上运行良好：

以下代码的所有内容都运行良好，并且仍然在 linux 上运行，尽管版本可能不同。但是，这是代码。这些函数本质上是包装器。

调用 init() 会出现以下错误：

消息类型不可重现，并且似乎是未初始化的内存段。任何人的想法？

谢谢， EL