问题标签 [petsc]

我正在尝试在 Ubuntu 16.04.2、Python 2.7、Anaconda（IDE 使用 Spyder）上运行 Fenics (2016.2.0) 的基本演示。演示是ft_01poisson.py. 错误说：

好的，我们来看看。一切都很好，直到...

好的，让我们看看消息来源是怎么说的：

我追查~/anaconda2/include/petscconf.h：

现在，~/anaconda2/include/mpi.h我拥有的版本是 2.2 版，但我有另一个版本的mpi.hin ampich-3.2.4 install确实有正确的MPICH_NUMVERSION.

#include我尝试将相关文件和s简单复制并粘贴到~/anaconda2/include/文件夹中，但无济于事（第一个错误是error: ISO C++ forbids declaration of ‘type name’ with no type [-fpermissive]）。

那么我该如何解决呢？按照说明安装 Fenics 后，如何运行演示？

我有一个使用 MPI 进行并行工作的现有 Fortran 代码。我有兴趣添加一些 PETSc 求解器（特别是 KSP），但是当包含相关的 .h 或 .h90 文件（petsc、petscsys、petscksp 等）时，我遇到了与共享相同名称的变量的问题MPI 的那些。

IE：

（使用 ics/composer_xe_2011_sp1.6.233 和 ics/impi/4.0.3.008 和 petsc 3.6.0，也尝试过旧的 petsc 版本 3.5.4）

所有这些在 MPI 和 PETSc 中都同样定义——有没有办法解决这个冲突并同时使用两者？

我会指出，我不想用 PETSc 调用替换 MPI 调用，因为代码应该有一个独立于 PETSc 运行的选项。

至于最少的代码，清理庞大的代码显然是一个问题，所以我做了以下简单的例子，其中包括相关部分：

这在包含 PETSc 标头时直接发生，并且在删除包含时消失。

我正在使用 petsc4py，但遇到了我不明白的异常。我定义了以下函数：

然后尝试以下。（pA 已经在别处定义为 48x48 PETSc.Mat，并已组装。ksdg 是我正在研究的一个类的实例，如果我能让它工作，它最终将成为它的成员函数）：

这会引发以下异常：

看着petscerror.h.html，63是PETSC_ERR_ARG_OUTOFRANGE 63 /* input argument, out of range */。

如果有人理解为什么 PETSc 不允许我将矩阵 A 复制到 B，我将不胜感激。谢谢。

我正在尽我所能从源代码安装 petsc。这是我所做的：

我不明白我做错了什么。Petsc文档没有说明指定目标目录。当我这样做时make all，它会提示我做 a make test，这会提示我做 a make streams，而不会提示我做任何其他事情。我怎样才能完成从源代码安装这个包？有没有办法指定安装目的地？

我有一个使用 PETSc 的应用程序。对于（接近）生产运行下的性能监控，我想记录少量的各种值。有些是由 PETSc 生成的，有些不是。

现在我想知道：如何读取时间值PetscEventPerfInfo并将其写入我的文件？我找不到关于 的文档条目PetscEventPerfInfo，所以我不确定我是否不应该以任何方式触摸它。

但是，我发现以下方法基本上揭示了结构PetscEventPerfInfo：

我有一个强烈的猜测，它只是eventInfo->time，但我绝对不确定是否可以保存阅读它，或者是否有一种“官方”方式可以从该结构中读取。

那么，如果我只是想将时间值读入变量中以供进一步使用，该怎么办？

这是你好.cpp。我在 OS X 上。我直接从源代码构建了 PETSc。

这是我的makefile

哪个产量

看来图书馆链接正确。很多关于这个话题的讨论都说尝试使用 g++，我正在这样做。

当我输入make all时，它会弹出：</p>

并且设置了PETSC的所有环境变量。PETSC 的配置是通过以下命令完成的：

那么，怎么了？

我正在学习在 c/c++ 中使用 petsc，以便在其中使用稀疏矩阵分解函数 (MatICCFactor)。我做的第一步是将一个玩具矩阵读入 petsc 以创建一个稀疏矩阵并在我对它做任何事情之前查看该矩阵。我是 c/c++ 编码 BTW 的初学者。这是我使用的代码：

它编译但在运行时会导致分段冲突。我发现MatView()是分段错误的根源。谁能帮我正确使用 MatView 吗？

我从 valgrind 收到以下错误。

这个错误一遍又一遍地重复。我不明白为什么 PetscInitialize 会给我带来困难。这是我在初始化整数和双精度等之后在 main.c 文件中调用的第一件事。

这些只是错误的错误吗？任何帮助将不胜感激。对此有些绝望。谢谢你。

我需要帮助来理解带有非线性求解器PETSc的有限元方法的例子。SNES是否有任何好的材料或资源来理解这些示例？（我已经阅读了PETSc用户手册，但没有我需要的信息。）

我将编写一个代码，其中包括rectangular geometry、PetscFE和DMPlex（对于非结构化网格）。该代码将使用非线性热源处理传热方程。

我想用两个狄利克雷条件选择边界条件

1. 矩形的上下边界。
2. 两个纽曼条件（矩形上的左右边界）。

SNES 示例 12，用户应定义：

quadratic_u_2d作为精确解（以提高解的收敛性）

f_0（测试函数项的积分（与负载向量'f'有关））

f_bc_0（测试函数项的边界被积函数（与通量'g'有关））（我认为，这可能是边界条件）

f_1（测试函数梯度项的积分（与u_x[d]有关））

f_bc_1（测试函数梯度项的边界被积函数（我认为为零，在控制方程的弱形成过程中未定义该项））

g3（测试函数梯度和基函数梯度项的积分）（我认为这个项无论如何都固定为1）

但是没有办法单独设置每个边界条件。请给我一些建议，以便更好地理解。

感谢您阅读我的问题..