问题标签 [ggraph]

尝试使用ggraph包绘制网络并指定每个节点的坐标。虽然我可以用igraph包来实现这一点 - 我不能用包来做到这一点ggraph。

igraph这是绘制对象的“老式”方式：

ggraph文档链接在这里。另请参阅 GitHub 存储库以ggraph获取软件包安装说明（需要 >R.3.3 版本）。下面是有效的 ggraph 图（但我没有指定每个节点的坐标）：

这是我尝试ggraph为每个节点制作具有指定坐标的图。ggraph()在将节点坐标传递到图上的类似示例和早期尝试之后，我尝试了以下操作：

也尝试使用此功能。这很困难，因为文档中没有示例。

我对 R 很陌生，我需要 ggraph 库，它不能从 rstudio 控制台安装。这是一条消息：

install.packages 中的警告：包“ggraph”不可用（对于 R 版本 3.3.2）

还有其他安装方式吗？看起来这个图书馆生机勃勃：

https://www.r-bloggers.com/introduction-to-ggraph-layouts/

在中，如果绘图是径向的，则无论使用与否ggraph，标签都会变得拥挤。repel=T

有没有办法使标签交互或允许旋转图形以读取标签？

创建 ggraph circlepack 布局需要什么数据格式？它似乎需要一个层次结构。

我通常尝试了顶点和节点，这显然不起作用。

然后我尝试了一个也不起作用的树状图对象。如果我想在压缩圆中显示几个带有子项目的组，我应该如何构建图形对象？

数据框更像这样

我创建了一个图表，igraph其中每个节点都有一个空间位置lat和long。我想ggraph使用这些空间坐标来绘制这个网络来定义节点的位置/布局。关于如何做到这一点的任何想法？

我知道可以这样做igraph（请参阅下面的可重现示例），但我更喜欢使用 来执行此操作ggraph，特别是因为我想ggmap在绘图中添加一个图层。

可重现的例子

使用空间坐标绘制网络igraph

我想使用构面绘制图形，其中面板之间的边缘不同。面板按字母顺序自动排序（如 中的惯例ggplot）。一个简单的例子：

这很好，节点位置被保留，但边缘因g.

但是，我想选择构面出现的顺序。所以在这种情况下，首先b然后a，就像我在创建上面的图表时订购它们一样。

ggplot一方面会改变因子的g顺序。但是，创建布局不会显示g：

手动将边缘属性更改为因子，确实会更改顺序，但标签被强制为数字：

如何为刻面提供自定义排序？

我尝试绘制一个二分网络，其边缘与其中一个节点的颜色相同。
例如，我们以一个电影/演员二分图为例，有 7 部电影和 15 个演员，每个演员都有国籍。
我想在演员和与演员国籍相同的电影之间占据优势。

[这里，head(Nat)返回"Italian" "English" "American" "French" "French" "French"]
创建边缘列表的代码：

[这里，head(EL)返回1 14 3 13 2 15]
不同的 aes 参数：

现在 ggraph 指令：

正如您在底部看到的那样，演员 a，它是意大利人，有一个蓝色节点，但与电影 7 的粉红色边缘相连......我如何指定节点（这里是 6 种颜色）和边缘（ 5个节点的第一种颜色）？

我希望我已经说清楚了。

我尝试用ggraph包绘制树状图，但是可以，geom_edge_diagonal()但不能geom_edge_elbow()

套餐

获取数据

文件 ps.rds 可在此处获得

https://github.com/sholmes/F1000_workflow/tree/master/data

绘图

此代码有效，但情节不是很漂亮。

现在 ：

所以我有一些问题：

1. 为什么它不起作用，因为它适用于其他树状图？
2. 什么是方向？在包文档中，据说方向是“自动设置的” https://www.rdocumentation.org/packages/ggraph/versions/0.1.1/topics/geom_edge_elbow
3. 我能找到一些对在 ps 对象中绘图有用的东西吗？

F. Privé 评论后编辑

是的，可以混合dendrogram和circular。

我有一棵在属级别注释的树（即每片叶子都有一个名字），只要孩子们有相同的属，我想传播树枝/边缘叶子的颜色，就像在这个情节中一样：

资源

我的树在这里（对不起，dput不起作用......），他看起来像这样：

我可以使用此代码打印树，但如您所见，边缘颜色保持在叶子附近。

映射此博客文章的搜索部分中有一个代码，但它不适用于我的数据，我不明白为什么......

mutate_impl(.data, dots) 中的错误：评估错误：无法将值强制转换为字符 (1)。

在 Marco Sandri 回答后编辑

mutate(Genus = as.character(Genus))没有更多错误消息，但 Genus 没有正确传播。例如，从右侧开始查看第三个和第四个节点：父节点应该是NA...（请注意，它在博客文章图中也不起作用）。

我有一个未加权的图，我想得到一个子图，其中只有包含 n 个已知节点之间最短路径的节点和边。在这种情况下，3 个节点（11、29 和 13 是名称）。

问题

如何获得 R 中 n 个节点之间的最短路径子图？

MWE

期望的输出

所需的输出将是以下绿色子图（或关闭，我正在注视上面的图并直观地挑选出子图）忽略/删除其他节点和边缘。