问题标签 [ggraph]

我开始使用 ggraph 包，因为它在添加到可用网络图图中的额外功能方面看起来非常有前途（请参阅本教程）。但是，测试一些相当微不足道的东西，我已经卡住了。我基本上想要做的是重现一个简单的树状图：

但这就是它在 ggraph 中的样子：

而不是轴刻度标签，它只显示 0,1,2 等。我已经尝试了通常的 ggplot2 “技巧”但没有成功：

我错过了什么？

我正在尝试使用出色的 ggraph 库来描述一些非常难以描述的科学工作的相互关系。具体来说，我想展示一个基因位点中的 SNP-SNP 相互作用。如果我将交互作用绘制为图形的弯曲节点会非常好，其中 SNP 根据它们的遗传位置以线性方式定位。ggraph 库中的 geom_edge_arc() 美学将是理想的。但是，我不能根据位置对节点进行排序。

这是一个例子

节点在这里均匀分布，作为“因素”。但是，我想将它们放在pos变量指定的 x 坐标上（这反过来又成为节点的属性）。添加+ geom_node_point(aes(x=pos))到 ggplot 对象不会导致正确的渲染。我也可以用“基本”ipgraph 来绘制，但我喜欢 ggraph 和 ggplot2，这将是一种优雅而简单的绘制方式。

亲切的问候，并提前感谢，

罗伯特

我正在尝试在 R 中创建模拟树根的 3D 图。这是一个根系统随时间增长的示例：

这本质上是一个 3D 圆柱网络，其中圆柱直径（以及可选的颜色）表示根的大小。可用数据包括：

• 根质心的 x, y, z
• “父”根的方向（例如 +x、-x、+y、-y、+z、-z），尽管可以通过几种不同的方式捕获此信息，包括通过计算父级的 x、y、z直接在绘图之前。
• 根的大小

示例 3D 数据在这里，但这是我第一次尝试在 2D 中使用ggplot2::geom_spoke：

我更喜欢基于ggplot2框架的解决方案，但我意识到ggplot2. ggraph一种有趣的方法可能是通过和tidygraph包创造性地利用网络图的概念。据我所知，虽然这些包仅在 2D 中运行，但他们的开发人员也有一些有趣的 3D 相关想法，也可以应用。

中的rgl库似乎是 R 中 3D 绘图的首选，但rgl解决方案似乎要复杂得多，并且缺乏 的其他好处ggplot2，例如示例中的按年份分面，轻松调整比例等。

示例数据在这里：

我需要在 ggraph 上覆盖一组子图。每个图都对应一个特定节点，因此必须使用每个节点的坐标来放置它们。以下代码创建图形和要覆盖的子图集。

下图说明了实际和期望的结果。

在关注评论后，现在已修复。

我正在关注这里给出的教程 - https://www.tidytextmining.com/ngrams.html。

我想要做的是创建一个 CSV 文件中存在的评论文本的二元网络图。

这是数据集的链接 - https://app.box.com/s/y6nsmj​​i4ir7nbggmbncnhf21xla96nml。

这是代码：

在这里，我收到以下错误： Error in summarise_impl(.data, dots) : Evaluation error: argument...should be a character vector (or an object coercible to).

这是数据集的样子：

感谢您的阅读！

可以从网络图中与 afill或colour美学相关的图例中删除字母“a” ggraph，如下面的简单示例所示？

在的情况下geom_text，show.legend = FALSE解决它，

使用美学和 geom_text 时从图例中删除“a”

但添加show.legend = FALSEinside geom_node_label()，完全删除了图例。

有什么解决方案ggraph吗？

我正在使用 ggplot2 和 ggraph 来可视化图形，但是我在 x 轴的极端处遇到了标签问题。在这里，标签从左右伸出并被剪掉（见附图的左右边距）。

有没有办法禁用剪辑？或者，有没有办法根据标签大小扩展 x 范围？

这里对我来说有点神秘。我只是尝试使用 ggraph 更改图形的边缘颜色，无论我使用什么颜色，边缘都会变为橙色。例如，在这里我尝试将 edge_colour 设置为灰色：

我错过了什么吗？

我正在尝试制作类似于此的图表：

我想指定aes(color = Trait)，以便着色很好地集成到图中的其余部分，但我无法弄清楚是否存在与长数据格式等效的ggraph

相当于我想做的事情ggplot是：

我有这种形式的分层数据：

其中描述了数据点的迭代集群分配 - 行。第一列root将所有点分配给根集群，然后每一列都是集群的一个迭代，它采用前一次迭代的集群并将它们分解为进一步的子集群。

我正在尝试使用树网络来绘制这个过程。

我知道使用data.tree，我可以简单地做：

但我正在寻找一些更花哨的东西，最好是ggplot看看。

所以我转换df.graph为一个igraph对象：

并尝试使用ggraph：

任何想法如何获得ggraph包含节点及其标签的选项，在边缘添加箭头，以及可能对每个级别进行不同的着色？