我有一棵在属级别注释的树（即每片叶子都有一个名字），只要孩子们有相同的属，我想传播树枝/边缘叶子的颜色，就像在这个情节中一样：

资源

我的树在这里（对不起，dput不起作用......），他看起来像这样：

我可以使用此代码打印树，但如您所见，边缘颜色保持在叶子附近。

映射此博客文章的搜索部分中有一个代码，但它不适用于我的数据，我不明白为什么......

mutate_impl(.data, dots) 中的错误：评估错误：无法将值强制转换为字符 (1)。

在 Marco Sandri 回答后编辑

mutate(Genus = as.character(Genus))没有更多错误消息，但 Genus 没有正确传播。例如，从右侧开始查看第三个和第四个节点：父节点应该是NA...（请注意，它在博客文章图中也不起作用）。

给定以下示例代码，

如何隐藏没有边缘进入或离开节点的节点？

我有一个可以被认为是树的非循环图。这是一个简化的示例：

现实生活中的例子可能稍微复杂一些，因为我可能有多个从叶子到根的路径（所有这些路径都是非循环的）。

我想通过删除中间节点来简化图形，如下所示：

K=0

在最极端的情况下（我们称之为“k = 0”简化）我会枚举所有叶子，确保它们通过深度优先搜索连接到根，然后删除所有中间连接，有效地将每个叶子连接到根。

K=-1

下一级简化（比如“k=-1”）我想从至少有一个叶子孩子的节点开始，然后重复相同的过程。简化后，所有中间节点都会被移除：

K=-2

下一步的简化对这个图没有意义，因为不会修改边，也不会删除节点。

如何在 R 中使用igraph/对其进行编码？tidygraph

我正在尝试绘制网络图并仅显示 geom_node_text 的标签，这些标签的中心度得分高于特定阈值。我的代码如下：

我遇到以下错误：

我的数据如下所示：

我想计算一个节点到根的距离dtr。我所拥有的只是一个向量，其中包含每个节点的父节点 ID rel（在此示例id == 7中为根节点）：

最后我正在寻找这个结果：

tmp$dtr

[1] 2 1 3 2 3 4 0 1 3 2 1 1

到目前为止，我能够编写以下算法，直到我在尝试引用代码中的不同行时卡住了。

该算法应该像这样工作（伪代码）：

1. 如果不是根，则递增dtr：if(!equals(tid,trel)): dtr = dtr+1
2. 更改tid为trel：tid = trel
3. 更改trel为rel其中的值id == trel
4. 如果有任何!equals(tid,trel)GOTO 1.，否则 END

首先，我添加了 2 个辅助列来存储临时信息：

算法的前两个步骤是这样工作的：

第三步我不确定....我尝试使用以下代码来实现它，但这不起作用：

结果（当然）是错误的：

tmp$rel

[1] 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7

但为什么不呢？（3.第一次运行时应该是正确的解决方案）：

[1] 2 7 2 7 2 4 7 7 10 8 7 7

第 4 步是通过检查我在 trel 中是否有多个唯一值来完成的：

因此，完整的算法应该看起来像这样：

知道如何解决这个问题或更简单的解决方案吗？提前致谢！

这是我最近遇到的关于计算图深度的问题的后续问题。这涉及到 tidyverse 和 tidygraph。在阅读 tidygraph 之后，我觉得我应该好好尝试一下，但我在工作流程中遇到了一个新问题。

使用dplyrgroup_by()中的动词为每个组创建图形时，tidygraph 中的函数不是我想要的，但我找不到按预期设置和值的方法。这是一个可重现的示例：guess_df_type()as_tbl_graph()fromto

结果是：

节点不是取自 token 列，而是取自id_head和id_sec。

在进一步研究之后，我将其重命名为tokenand ，这至少解决了第一个问题：headfromto

结果：

让我进一步阐述我遇到的问题。当我尝试在图中使用 group_by(id_head,id_sec) 时，结果是一个错误：

grouped_df_impl(data, unname(vars), drop) 中的错误：

列id_head未知

所以无论哪种方式，我都不明白如何将 group_by 与 tidygraph 一起使用。很感谢任何形式的帮助！提前致谢。

另外，很抱歉使用 igraph 作为标签，它应该是 tidygraph，但它还不存在。tidygraph 是建立在 igraph 和 tidyverse 之上的。

I am working with the tidygraph package and try to find a "tidy" solution for the example below. The problem is not really tied to tidygraph and more about data wrangling but I think it is interesting for people working with this package.

In the following code chunk I just generate some sample data.

The resulting data.frame looks as follows:

Now to my actual problem. I want do apply a function to each element in the column graph. The result is simply a named vector.

The first thing I do not like is the subsetting by $. Is there a better way?

Next, I want to reshape this result into only one data.frame with 3 columns. One column for name (the name attribute of the vectors), one for group (the name attribute of the list) and one for the number (the elements of the vectors).

I tried melt from the reshape2 package.

It works decently but the names are lost and as I read it, one should use tidyr instead. However, I could not get gather to work because only data.frames are accepted.

Another option would be unlist:

Here the group and the name are in the names attribute and I would have to recover them with regular expressions.

I am pretty sure there is an easy way I just could not think of.

我正在尝试在 R 中创建模拟树根的 3D 图。这是一个根系统随时间增长的示例：

这本质上是一个 3D 圆柱网络，其中圆柱直径（以及可选的颜色）表示根的大小。可用数据包括：

• 根质心的 x, y, z
• “父”根的方向（例如 +x、-x、+y、-y、+z、-z），尽管可以通过几种不同的方式捕获此信息，包括通过计算父级的 x、y、z直接在绘图之前。
• 根的大小

示例 3D 数据在这里，但这是我第一次尝试在 2D 中使用ggplot2::geom_spoke：

我更喜欢基于ggplot2框架的解决方案，但我意识到ggplot2. ggraph一种有趣的方法可能是通过和tidygraph包创造性地利用网络图的概念。据我所知，虽然这些包仅在 2D 中运行，但他们的开发人员也有一些有趣的 3D 相关想法，也可以应用。

中的rgl库似乎是 R 中 3D 绘图的首选，但rgl解决方案似乎要复杂得多，并且缺乏 的其他好处ggplot2，例如示例中的按年份分面，轻松调整比例等。

示例数据在这里：

我可以毫无问题地从两个数据帧在 igraph 中构建图形对象。当我尝试在 tidygraph 中做同样的事情时，我得到了错误。让我演示一下。首先我加载我的源数据（来自留言板的数据）：

接下来，我创建一个唯一的节点列表（在留言板上发布内容的人）：

然后，我的边缘列表（通过讨论线程（主题）连接的人）：

使用 igraph 我可以创建这个图形对象：

这看起来不错。现在我尝试对 tidygraph 做同样的事情：

哎呀！但是，当我将 igraph 对象导入 tidygraph 时：

所有作品！到底是怎么回事？请帮忙。

使用 R 中的 tidygraph 包，给定一棵树，我想计算树中每个节点的每个直接子节点的值的平均值、总和、方差......。

我的直觉是使用map_bfs_back_dbl或相关并尝试修改帮助示例，但被卡住了

对于上述内容，我想要value树中每个父级的所有直接、第一级子级的平均值。

更新:: 我试过这种方法（计算子属性的方差）：

这是该死的：

我想看到的是这样的：

它将（第一个）“var”值移动到由“父”值标识的节点。帮助？建议？

编辑：这就是我最终要做的事情：

感觉不是很整洁，但似乎工作。开放优化。