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我正在尝试使用出色的 ggraph 库来描述一些非常难以描述的科学工作的相互关系。具体来说，我想展示一个基因位点中的 SNP-SNP 相互作用。如果我将交互作用绘制为图形的弯曲节点会非常好，其中 SNP 根据它们的遗传位置以线性方式定位。ggraph 库中的 geom_edge_arc() 美学将是理想的。但是，我不能根据位置对节点进行排序。

这是一个例子

library(igraph)
library(tidyverse)
library(ggraph)

set.seed(10)
nodes <- tibble(nodes = paste("SNP",seq(1:10)), pos = sample(c(10000:20000),10))
edges <- expand.grid(nodes$nodes,nodes$nodes) %>% 
              mutate(interaction = rnorm(100)) %>%
              filter(abs(interaction)>1)

gr <- graph_from_data_frame(edges, vertices = nodes)

ggraph(gr, 'linear', circular=F) +
  geom_edge_arc(aes(edge_width=interaction))

节点在这里均匀分布，作为“因素”。但是，我想将它们放在pos变量指定的 x 坐标上（这反过来又成为节点的属性）。添加+ geom_node_point(aes(x=pos))到 ggplot 对象不会导致正确的渲染。我也可以用“基本”ipgraph 来绘制，但我喜欢 ggraph 和 ggplot2，这将是一种优雅而简单的绘制方式。

亲切的问候，并提前感谢，

罗伯特

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不确定这是否仍然相关，但有两种方法可以解决这个问题。

正如@axeman 所指出的，您可以使用manual布局，并基本上将x和y坐标传递给它：

ggraph(gr, 
       layout = 'manual', 
       node.position = data_frame(y = rep(0, length(nodes$pos)), x = nodes$pos)) +
  geom_edge_arc(aes(edge_width=interaction))

另一种方法是覆盖x里面的 aes geom_edge_arc。为了能够将节点属性传递给aes我们需要使用geom_edge_arc2：

ggraph(gr, 'linear', circular=F) +
  geom_edge_arc2(aes(edge_width=interaction, x = node.pos))

由reprex 包（v0.2.0）于 2018-05-30 创建。

于 2018-05-30T14:12:43.453 回答