问题标签 [ggraph]

我正在尝试使用圆形布局中的标记节点生成交互网络图。我拼凑了一个功能脚本，显示了我想要与 ggraph 的连接，但我不知道如何相对于圆形排列中的位置定位节点标签，因此它们不会与连接线重叠地点。有人在使用 igraph 时针对相同的问题发布了一个非常好的解决方案（将 vertex.label 放置在 igraph 中的圆形布局之外）；但我认为这不适用于 ggraph，因为计算节点位置的方式似乎不同。我更喜欢为此使用 ggraph，因为它具有内置的图例功能，可以让我的生活更轻松。这是我到目前为止所拥有的：

这会生成以下图：

问题是像 s02 这样的标签在网络内部，这成为更密集的图的问题。

有没有办法将所有标签放在节点圈之外？非常感激任何的帮助！

我正在寻找将ggraph对象转换为迭代力网络的示例或教程。

首先，我尝试使用函数转换为plotly对象。plotly::ggplotly但似乎plotly不能很好地处理这种转换并且错过了边缘。

但我发现network3D，我可以将igraph对象转换为network3D对象，但这不是我想要的。而且这个包的功能太冗长了。无论如何，没有从ggraph对象转换的功能。

所以，我的问题真的很基础，但是……你知道创建交互式ggraph网络的任何方法吗？

谢谢

我有一个图形对象，但是当使用 ggraph() 使用布局'sparse_stress'（也尝试过其他布局）进行绘制时，它会出现以下错误。

min(degree) 为 1。没有断开的节点。“仅支持连接图”的错误是什么意思？

错误信息

Error in layout_with_sparse_stress(graph, pivots = pivots, weights = weights, : only connected graphs are supported.

ggRadar 图上最外层的线不是值范围的一部分。是否有可能以某种方式移除该外线（当然还有超出值范围的径向线的“尖端”）？

这是示例代码，您可以在其中查看示例

新来的R；在 with 的帮助下尽力呈现我的问题reprex。

我有一个使用包的节点大小按度数的网络ggraph。

绘制的网络看起来不太好，因为一些节点非常小。

我想增加节点的相对大小。

在igraph中，我会增加节点的相对大小，例如：

我在ggraph（在下面的 rerpex 中）尝试了类似的东西，但结果是度数的乘积，而不是节点相对大小的增加。

ggraph如果只是因为整洁/语法方法和管理（哦，非常陡峭的）学习曲线，我想坚持使用该软件包（尽管如果有人对这两个软件包有一些想法，我可能会被说服）。

下面的示例没有附加图，因为我的声誉不够高，无法发布图像。但如果我做对了，reprex 应该做它应该做的事情。

^{由reprex 包（v0.3.0）于 2020-07-18 创建}

我正在尝试使用 ggraph 可视化网络。我的代码如下：

它产生以下网络图片段：

节点图像

是否可以在 ggraph 的节点内创建标签？我尝试了 geom_node_label 和 geom_node_text 但它们都不是那样工作的。我还在下面上传了一个我想到的例子：

示例图像

我将衷心感谢您的帮助。祝大家有个健康的夏天。

我正在尝试使用 igraph/ggraph 绘制一个网络，其中一些边缘是有向的，而另一些则不是。

我的边缘列表中的一个小例子。在这里，蛋白质位点边缘是我想要表示为无向的，而磷酸化边缘是有向的。

我已经尝试对无向边进行子集化并指定它们，但它没有用：

有没有人有任何其他建议？正如我所说，我真的只想绘制这个（使用 ggraph）。

谢谢！

我正在尝试在自定义一些样式的同时可视化网络。到目前为止，我还没有成功完成任务。

要求：

• 只有权重为 2 的边应该有一个指向链接方向的箭头。
• 一条边应该与它离开的节点颜色相同。

代码：

我知道存在scale_edge_color_manual但不知道如何正确使用它。同样，我不知道我是否正确缩放节点的颜色scale_color_manual。

匹配边缘和节点颜色绝对是可能的，但我不知道如何仅在某些边缘上绘制箭头。如果ggraph不允许，我很乐意接受其他解决方案igraph或类似的解决方案。

编辑：

我设法显然匹配边缘和节点颜色。代码已更新。只缺少箭头

我想进行网络分析，但完全不知道如何正确构建我的数据，因为大多数示例已经在toandfrom级别构建了数据。

我的数据示例如下：

我现在希望to为from每个Name. Rating您还会注意到，Location在不同的评级期间，人们可能处于不同的状态，尽管我更愿意为此结合Name成为节点和Rating边缘。

我看过library(iterpc)但很难理解整个组合的东西，有五种不同的阵容。

我的问题有潜在的dplyr解决方案吗？谢谢！

编辑：看起来我的问题与此非常相似，但标记的答案对我不起作用，而是我得到Error: Column name Name must not be duplicated.

我正在生成一个分层边缘图，其中边缘的颜色/透明度/厚度因数据框中的列（pvalue）而异connect，但是我生成的图中边缘的颜色/透明度/厚度并不总是映射到列中的值（pvalue）。例如，subgroup1 和 subgroup4 应该具有最强的最粗连接（p 值为 E-280），而实际上它们没有，而是 subgroup3 和 subgroup4 之间的连接看起来最强。

此数据生成一个可重现的示例：

这是我用来制作此示例图的代码：

我认为某处有错误的映射，但我不知道在哪里。非常感谢您的意见！