plot - 如何解决 R 中 ggraph 中的“仅支持连接图”问题？

Question

我有一个图形对象，但是当使用 ggraph() 使用布局'sparse_stress'（也尝试过其他布局）进行绘制时，它会出现以下错误。

min(degree) 为 1。没有断开的节点。“仅支持连接图”的错误是什么意思？

Subgraph_1994 = asIgraph(Subgraph_1994)

#sparse-stress gives error
ggraph(Subgraph_1994_Rev,layout="sparse_stress") + geom_edge_link() + geom_node_point() + theme_graph()

#also tried below but same error
ggraph(Subgraph_1994) + geom_edge_link() + geom_node_point() + theme_graph()

错误信息

Error in layout_with_sparse_stress(graph, pivots = pivots, weights = weights, : only connected graphs are supported.

Answer 1

Min(degree)=1 表示确实没有断开的节点，但仍然可能存在断开的图。请参阅githubgraphlayouts上的README

layout="sparse"如果图表不是太大，设置应该可以解决您的问题。

Answer 2

使用基本plot命令将使用 igraph 绘图算法成功绘制断开连接的图形，因此如果您指定，ggraph(Subgraph_1994, layout='igraph', algorithm='nicely') + ...那么它甚至可以使用断开连接的图形。