问题标签 [fiji]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
image - 如何在从 QuPath 同时导出多个注释时添加注释标签？
我有以下宏，它以 TIFF 格式同时从 QuPath 导出多个注释。是否可以更改代码以使输出 TIFF 文件的名称包含其相应的注释标签？我将不胜感激任何建议。
java - 如何从控制台运行 FIJI 宏？显然需要的 ij.jar 文件在最近的安装中不存在
我想从控制台运行一个 FIJI 宏并传递几个变量。我按照 ImageJ 宏语言https://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html#cli的说明 和 ImageJ 的命令行文档 https://imagej.nih.gov/ij/docs /install/linux.html#options 。在这些之后，我尝试像这样运行我的脚本：
但由于“ij.jar”不存在，它显然不起作用。我查看了安装文件夹，发现了一个名为“ij-1.53f.jar”的文件，它看起来与所需文件非常相似，并且 1.53 是安装的版本号。所以我尝试了这个：
这打开了一个 ImageJ 实体（不是 FIJI！），它可以用于基本任务，但缺少我需要的任何插件。请注意，我使用了应该指向插件文件夹的 ijpath 参数（参见宏语言文档，上面的链接），这也没有改变它。
所以我想知道，有没有其他方法可以直接从控制台运行 FIJI？提前致谢。
python - 由于元数据丢失，斐济粒子分析器在 Jython 和 Java 中的输出不同
当我分析此图像中的粒子时，我使用 jython 代码。
如果我想获得相同的输出，在斐济的粒子分析仪中，我可以使用微米作为最小和最大粒子尺寸的单位，而不是像素尺寸。Java中记录的代码：
IJ.run(imp, "Analyze Particles...", "size=15-200 display clear add")
这是一个不错的功能，因为我可以独立于分辨率运行代码，图像越来越小，而且我不必调整粒子大小。
在这两种情况下，我都会得到 13 个粒子。可能有关微米的信息在 jython 程序版本中丢失了。有人知道为什么吗？我还尝试了 Bioformats 导入器，它也不适用于微米输入。
imp = BF.openImagePlus('image.png')[0]
python-3.x - 在 .tif 文件中可视化卷
我正在尝试通过加载 .tif 文件（此处为文件）来可视化 3D 体积，并且该体积可以在 vedo an Fiji 中可视化，但看起来很模糊。
我试过了
我在斐济也看到了同样的模糊量。
有人可以告诉我这个卷是否可以更好地可视化吗？
macros - OrientationJ：从 OrientationJ 向量场宏中保存结果的问题
我正在尝试为 ImageJ 编写一个宏，该宏通过 OrientationJ Vector Field 插件处理指定文件夹中的图像，然后将输出的结果表保存到单独的文件夹中。问题是，当我运行宏时，会弹出 OrientationJ Vector Field 的对话框，但结果不会保存在任何地方。我不确定我做错了什么，如果有人可以帮助我，我将不胜感激。我的宏的代码如下所示，谢谢。
python - 如何使用python在imagej中打开图像？
我想自动计数细胞，我通常用 ImageJ 来做
我可以使用子进程打开 imagej
我想从 python 将图像上传到 imagej
然后使用以下代码从 python 运行 imagej 宏（编辑图像文件并设置阈值）：
如何通过 python 在 ImageJ 中打开图像？完整代码：
image-processing - 自动化 ImageJ 宏不会像我手动那样保存文件
我是 ImageJ 的新手，并试图弄清楚批处理。
当我手动执行图像分析步骤时，这是我遵循的协议：
- 打开镜像，虚拟栈（打勾）
- 拆分频道
- 合并频道
- C1 (红色) C1-XXX , C2 (绿色) none , C3 (蓝色) C2-XXX (-XXX 只是表示选择的通道名称)。
- 创建复合材料
我得到了我想要的图像（很清楚），然后我将它保存为 Tiff。这很好用！
我创建了这个宏：
它让我得到了我想要的形象。
当我尝试在 ImageJ 的批处理功能中使用它时，问题就出现了。图像保存但它们非常模糊且颜色非常明亮，我不确定技术术语，但图像不是那么清晰或清晰。
我哪里错了？如果我错过了任何有用或相关的信息，请告诉我，我会添加它。
谢谢你。
indexing - 从 imageJ 拆分图像名称后，我试图选择字符串的最后一个索引。我知道在 python 中我们可以做 string[-1]
imageName=getTitle(); #这将返回一个字符串，其中包含图像所在的整个路径。
image1 = split(imageName,"/"); #在“/”所在的位置分割图像。根据路径，长度会有所不同
图像=图像1 [1]；#我想要最后一个，但它并不总是第 n 个索引。
r - 从 R 写入 ImageJ ROI 文件
在R中，我有一个等于图像的矩阵，其中每个单元格如果是背景则为0，如果是ROI则> 0。每个 ROI 都有其不同的编号，因此如果它跨越多个矩阵单元，所有这些单元将具有相同的编号。我想从中生成可由 ImageJ 读取的 ROI 文件。
例子：
EBImage 包是我用来从我的图像中获取这些数据的包，但它不提供编写 ROI 的函数。
编辑：ROI 名称必须与矩阵中的名称完全相同。实现此目的的一种方法是标记图像（如果有人知道如何生成此图像，请告诉我），甚至更好地直接导出 ROI（更灵活）。
image-processing - 在 ImageJ 中查看 3D 体积
我正在尝试使用 ImageJ 中的 3D 查看器插件来可视化 3D 体积。在 ImageJ 中加载输入 tif文件并选择 Plugins>3D>3D Viewer
我不确定这些设置是否正确，音量不显示。
有人可以看看吗？