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当我分析此图像中的粒子时,我使用 jython 代码。

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from ij import IJ
from ij.plugin.frame import RoiManager
from ij.measure import ResultsTable, Measurements
from ij.plugin.filter import ParticleAnalyzer as PA

options = PA.ADD_TO_MANAGER \
          + PA.STACK_POSITION \
          + PA.EXCLUDE_EDGE_PARTICLES \
          + PA.INCLUDE_HOLES \
          
measurements = Measurements.AREA \
      + Measurements.CENTROID \
      + Measurements.CIRCULARITY \
      
imp = IJ.openImage('image.png')

IJ.setAutoThreshold(imp, "Default dark")
imp.show()
rt = ResultsTable()
roim = RoiManager.getInstance()
if not roim:
    roim = RoiManager()
roim.reset()

p = PA(options, measurements, rt, 15, 1000)
p.analyze(imp)

如果我想获得相同的输出,在斐济的粒子分析仪中,我可以使用微米作为最小和最大粒子尺寸的单位,而不是像素尺寸。Java中记录的代码:

IJ.run(imp, "Analyze Particles...", "size=15-200 display clear add")

这是一个不错的功能,因为我可以独立于分辨率运行代码,图像越来越小,而且我不必调整粒子大小。

在这两种情况下,我都会得到 13 个粒子。可能有关微米的信息在 jython 程序版本中丢失了。有人知道为什么吗?我还尝试了 Bioformats 导入器,它也不适用于微米输入。

imp = BF.openImagePlus('image.png')[0]

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