当我分析此图像中的粒子时,我使用 jython 代码。
from ij import IJ
from ij.plugin.frame import RoiManager
from ij.measure import ResultsTable, Measurements
from ij.plugin.filter import ParticleAnalyzer as PA
options = PA.ADD_TO_MANAGER \
+ PA.STACK_POSITION \
+ PA.EXCLUDE_EDGE_PARTICLES \
+ PA.INCLUDE_HOLES \
measurements = Measurements.AREA \
+ Measurements.CENTROID \
+ Measurements.CIRCULARITY \
imp = IJ.openImage('image.png')
IJ.setAutoThreshold(imp, "Default dark")
imp.show()
rt = ResultsTable()
roim = RoiManager.getInstance()
if not roim:
roim = RoiManager()
roim.reset()
p = PA(options, measurements, rt, 15, 1000)
p.analyze(imp)
如果我想获得相同的输出,在斐济的粒子分析仪中,我可以使用微米作为最小和最大粒子尺寸的单位,而不是像素尺寸。Java中记录的代码:
IJ.run(imp, "Analyze Particles...", "size=15-200 display clear add")
这是一个不错的功能,因为我可以独立于分辨率运行代码,图像越来越小,而且我不必调整粒子大小。
在这两种情况下,我都会得到 13 个粒子。可能有关微米的信息在 jython 程序版本中丢失了。有人知道为什么吗?我还尝试了 Bioformats 导入器,它也不适用于微米输入。
imp = BF.openImagePlus('image.png')[0]