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从另一个程序与/控制ImageJ/Fiji有哪些选项？

我需要使用斐济提供的一些图像过滤器。但是，我不能让斐济成为我工作流程的中心。我为此使用了另一个系统（脚本语言）。我必须在其他系统中处理一些数据，对图像应用过滤器，得到结果，然后继续处理该图像。

我有哪些选择？斐济提供了哪些使这成为可能的功能？

特别是，如果我使用的系统没有 Java 接口，是否可以这样做？它确实有一个 C 接口，并且可以调用命令行程序。

对于上下文：我想将 Fiji 与Mathematica连接起来。Mathematica 确实有一个 Java 接口，但它似乎缺乏对 ImageJ 所需的某些 Java 8 功能的支持。我也不太了解 Java，我正在寻找一个可以快速设置的简单解决方案，而不是需要高初始投资的长期稳健解决方案。

我有一个与仿射变换（<affine>标签之间）有关的问题。我使用AffineTransform3D函数从使用 Java 创建的 BigDataViewer Fiji 插件创建的 xml 文件（此处为完整的 xml 文件）中提取以下两个仿射变换：

我想使用buildAffine()R 包 {RNiftyReg} 中的函数在 R 中导入两个仿射变换，然后使用 {RNiftyReg} 计算它们的组成composeTransforms()。

我的问题：
上面的仿射变换存储在 12 个索引的向量中。buildAffine()需要平移、比例、倾斜和角度的值作为输入参数。
我想知道哪个值对应什么。

我正在编写一个脚本，允许我使用 MIJI 和 TrackMate 插件在 MATLAB 中自动分析我的图像数据集。我能够成功运行分析，但无法从 java 类中获取跟踪数据fiji.plugin.trackmate.TrackMate

我使用以下代码运行分析；

检查时，model我得到以下输出为 1x1 模型

我不确定如何访问和存储双值数据，例如“QUALITY”和“POSITION_X”。尝试使用会model.get('QUALITY')返回错误；

使用获取时出错名称“质量”不是类“fiji.plugin.trackmate.Model”实例的可访问属性

我感谢任何人可以提供的任何指导，如果需要任何额外的信息，请告诉我。

更新：

我已经能够FeatureModel通过执行以下操作来隔离并输出 TrackFeatures；

哪个返回

如果我echo这样做 FeatureModelfeatureModel.echo()只声明 Track 功能而不是 Spot 功能，这是我真正需要的。

我在 MATLAB 中有一个分析脚本，它利用 MIJI 和一个名为 TrackMate 的 java 插件。它使用以下脚本初始化并打开一个图像文件进行分析。

生成一个模型和设置对象，告诉 TrackMate 如何分析图像。

get(model)模型在被调用时返回以下组件；

有趣的是，FeatureModel组件包含来自 TrackMate 的分析输出。运行时featMod = get(model,'FeatureModel')，以下内容作为 1x1 FeatureModel 返回；

我可以通过声明将单个值输出为 java 字符串featMod.echo()，但这仅告诉我来自声明的 Track features组件的值featMod，而不是声明的 Spot features的值，这是我完成分析所需的输出。

如何从点特征声明的组件中获取值？我无法弄清楚为什么它没有给我想要的输出，而是给了我其他组件。

当我尝试专门调用它时，featMod.echo('SpotFeatures')我收到错误消息；

没有为类“fiji.plugin.trackmate.FeatureModel”找到具有匹配签名的方法“echo”。

我在 Netbeans 上使用 ImageJ 函数，并将 ImageJ 库/jar 文件添加到我的项目中。当我尝试导入这些函数时，我收到此消息“找不到 Javadoc。此项目的 Javadoc 文档不存在，或者您没有在 Java 平台管理器或库管理器中添加指定的 Javadoc。” 此消息仅适用于 ImageJ 函数，而不是基本 Java 函数。我相信这与我在运行带有 ImageJ 函数的代码时遇到的错误列表有关。

我在这里读到Netbeans 说 javadocs 没有发现这个问题可以通过在 Javadoc 窗口中添加一个 url 来解决。我尝试按照说明添加我在 google 上找到的几个 FIJI Javadocs 的 URL，但错误并没有消失。以下是我已经尝试添加的 URL：https://javadoc.scijava.org/ImgLib2/ https://javadoc.scijava.org/ImageJ/overview-summary.html https://javadoc.scijava.org/Fiji /

我刚刚为自己发现了 imageJ 的新词

找到了这个直方图匹配的例子：Histogram match between two images

有人可以帮助制作一个脚本来平衡从一张“好图片”到一堆其他图片的白平衡、颜色、对比度和亮度。

让我们看看这个例子，我有三张延时照片：

对比度差（太阳反射）

不同的白平衡：

“好”的图像，我希望其他人具有像这样的对比度/亮度/白平衡：

我开发了一个 imagej(fiji) 宏程序(.ijm) 来拼接图像。我想从LabVIEW调用这个宏。我使用LabVIEW作为前端和imagej作为后端。

我尝试了一个labview程序来调用ijm宏，但没有成功。

预期：我应该得到拼接图像

我也需要将我的字节数组（图像）转换为编码的 URL，以便我的远程服务器可以解释它，然后在处理后重新编码并发送回用户。

这是为了设置一个服务器（云），托管的深度学习模型将在其上获取用户处理的图像（在实验室使用 FiJi (imageJ)）。它将消除噪音（泊松和高斯），用户将直接从服务器接收他的堆栈，避免他们在他们的计算机上安装沉重的东西。

所以目前（我对 JS 有点陌生，所以对“IJ.log（imageInByte []）”行感到抱歉，因为这是查看我的字节编码是否正常工作的唯一方法。

我现在正在努力寻找一种方法将这个“imageInByte”转换为一个 URL，所以我的下一步将是设置服务器，以便他可以获取这个 URL，对其进行解码，拥有 8 位图像，完成他的工作去除图片上的噪音（显微镜堆栈），将其重新编码为字节然后 URL 并通过 ImageJ 插件重新发送给客户，并享受干净的图像，而无需在本地主机上安装整个模型......

我不知道如何继续，因为我发现的所有内容都是纯 Java 或 Web 编程，并且我正在编写一个 FiJi 脚本（请原谅我的 lvl，因为我找到了解决方案，所以我对从一种语言传递到另一种语言还不够熟悉，但是对于不相似的问题和 PLSQL 或 C++）

我通常会先使用“btoa”，然后使用“atob”，但我的斐济控制台返回“未定义”我已经导入了许多缓冲类，但它不会被“定义”...

编辑：替代解决方案是获取相同的代码（我不知道如何将这些 java 库作为 Jython 导入），这样我就可以获得相同的结果（图像的字节数组）并使其成为编码 URL 似乎更容易Python，所以我也愿意接受任何关于将其翻译成 python 的帮助！

我想用 Python 编写一些代码，用于在斐济处理数据。我按照说明安装了库“imagej”，以便可以通过 Anaconda-Python 访问斐济。这就是两条线的样子：

但是，当我运行这两行时，会显示以下错误：

显然 Python 正在尝试访问 Fiji Updater，但它不能（这就是我所理解的......）我怎样才能正确运行 Fiji 而不会出现这样的错误？有什么办法可以禁用它吗？

我正在尝试计算不同颜色的点之间的距离，如下图所示：

目标是使用宏来打印从红点到黄点的距离，然后是从黄点到紫点的距离。我相信最好的方法是：

1）使用宏打印红点的坐标，然后使用宏打印最近的黄点的坐标。然后是第二个宏来打印最接近给定黄点的紫点的坐标。我还想计算线相对于中心点的角度，但我相信如果我也给出每个点的 XY 坐标，我可以在 Excel 中做到这一点。

2) 在红色和黄色点与黄色和紫色点之间画线，打印这些线的长度和角度。

理想情况下，能够同时做到这两点会很好，但是任何一个都可以满足我的目的（计算从红色到黄色以及从黄色到紫色的点之间的线的距离和角度）。

通过宏执行此操作的最佳方法是什么？有一些例子（像这样），但我不相信 1）根据颜色选择点或 2）自动选择下一个最近的点。