问题标签 [fiji]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python-3.x - 将图像数据类型从 uint16 转换为 uint8
我有一个 uint16 数据类型的 tiff 图像堆栈，我想将其转换为 uint8 数据类型。我不确定如何在斐济做到这一点。
我已经在斐济加载了堆栈，并尝试在导出时更改数据类型。但我在斐济导出选项中找不到任何用于指定数据类型的选项卡。
关于如何在斐济或 Python/MATLAB 中执行此操作的建议将非常有帮助。
machine-learning - WEKA 3.8 无法在 Win10 上运行
我可以在我的 Win10 机器上运行 WEKA 3.6.9，但 WEKA 3.8.4 失败。错误是“无法初始化 GenericPropertiesCreater。产生了这个异常：java.lang.NumberFurmatException: For input string:" '
这个问题也阻止了 FIJI 中的 FIJI 插件“Trainable Weka Segmentation”。
我尝试删除所有对 WEKA 的引用并重新安装它。更新 Java、WEKA 和 FIJI。
我在斐济为医学和工程/科学领域的研究生进行无偿快速原型制作，所以请随时问我有关图像处理或机器学习的任何问题。
感谢您的帮助罗恩德西班牙
groovy - 为什么在无头模式下运行 Fiji/Imagej 时，参数会从上一次缓存？
因此，如果我运行以下示例（将#@String param1行保留在 script.groovy）：
param1 可通过 script.groovy 代码获得（如预期的那样..）
但是如果我在没有参数的情况下再次运行它
param1（这次没有通过..）仍然可以使用相同的值？！？！
这种行为是预期的吗？！
imagej - 是否有内置功能来查找操作系统？
所以我想从斐济脚本中导航文件系统，并创建文件。macOS/用作分隔符，而 windows\用作文件分隔符。鉴于文档的搜索能力很差，我一辈子都找不到一种简单的方法来做到这一点。
例如，在 Matlab 中，我可以使用内置的 it 变量filesep或ispc()或ismac()来查找。
imageJ中是否有类似的功能？
谢谢
python-3.x - 加载一个大的 tif 文件，但在 openCV 中只加载第一个切片
我正在编写代码以处理我的 tiff 文件。
我设法加载具有 20 到 30 个切片的 tif 文件，但是当我继续处理具有 4000 个切片的原始文件时，只加载了第一个切片。我没有收到任何类型的错误。我什至继续使用 FIJI 图像 J 将这些文件重新保存到 tiff 文件中，以防原件损坏但结果相同。
这是我的原始文件之一：https ://www.dropbox.com/s/wtkyj9qzxw4q1uf/CT_Part.tif?dl=0
所以这个打印输出 1 而不是 4000 slice。同样，如果我用只有 20 片的一小部分原始文件进行测试，我确实得到 20 。
Opencv 版本：4.5.1 Python 版本：3.8.3
任何解释或建议将不胜感激。
java - 如何在 ImageJ/FiJiplugin uiService.show(BufferedImage) 中显示缓冲图像或浮点数组图像
我正在使用这里的模板。我有以下问题；
一般来说run，图像是final Img<T> image = (Img<T>)currentData.getImgPlus();。现在我必须转换image为floatArray并进行一些分析并将其转换回floatArray.
我可以将其转换floatArray为bufferedImage如下；
现在，如果我想用uiService.show(bufferedImage). 它不显示图像。但是，uiService.show(image)有效。
我的问题是：有没有办法直接显示bufferedImageusing uiService.show(). 如果没有，有没有办法转换floatArray回Img<T>，所以它可以通过uiService.show()函数显示？
更新：我只是尝试这样的事情并且它有效。但这需要保存图像并再次读取。但是，如果我们直接转换到那bufferedImage会Img<T>很棒，并且可能会减少运行时间。
java - 具有依赖项或 uberjar 程序集的 ImageJ 插件在 FiJi 插件中不可用
我正在写一个 ImageJ/FiJi 插件。当我使用以下内容构建项目时pom.xml，uberjar.xml我得到以下 jar 文件；
如果我一次将每个 jar 文件复制/粘贴到 FiJi 的插件中，并检查我是否可以在重新启动 FiJi 后在插件中看到我的插件；
MyFirstPlg-0.1.0.jar和MyFirstPlg-0.1.0-uberjar.jar：我可以看到我的插件，但是缺少依赖项，因此它会引发依赖项错误，例如java.lang.NoClassDefFoundError: org/tensorflow/ndarray/NdArray. 虽然，基于大小MyFirstPlg-0.1.0-uberjar.jar是最大的，我认为它具有所有依赖项。
MyFirstPlg-0.1.0-sources.jar和MyFirstPlg-0.1.0-jar-with-dependencies.jar：我没有在插件中看到我的插件。
我想知道我的 pom.xml 和 uberjar.xml 文件中缺少什么导致这个问题。我已经在这里检查了 Maven 网页以进行组装，但找不到我所缺少的。
顺便提一句; 如果我在 Eclipse 中将我的插件作为 Java 应用程序运行，它不会引发任何错误并按预期工作。
以下是pom.xml文件的主要部分。我策划了默认所需的部分；例如，邮件、scm、许可证、贡献者等。
这是我uberjar.xml的，位于src/assembly文件夹中。
python - Trackpy tp.batch 有效，但 annotate.3d 给出与图像尺寸相关的属性错误？
我有一个来自我在斐济创建的视频的 tiff 堆栈。我想跟踪粒子并随时间跟踪它们的强度。
我遵循了 Trackpy 的演练，它似乎适用于 tp.batch，但是当我尝试使用 annotate 3d 可视化结果时，出现错误：
以下是带有 head() 的 tp.batch 的结果
这是来自 FIJI 的有关 tiff 的信息
这是我的代码
r - 如何将 R 包加载到 ImageJ/Fiji
我想使用斐济的内置脚本编辑器来自动化图像处理工作流程。为此，我想使用 R 的dplyr包，但是当我输入 时library("dplyr")，我得到如下所示的错误。它说 dplyr 无法加载，即使我知道它在 Renjin 的存储库中。对于我要使用的每个包，都会出现此错误。任何帮助将不胜感激。
imagej - ImageJ 宏：如何将多个摘要文件批处理宏的两个有用代码与 2 个切片图像融合在一起？
我是 ImageJ 的新用户。
我阅读了类似问题的答案：
https://forum.image.sc/t/add-results-of-plugin-as-new-row-in-results-table/11464
https://forum.image.sc/t/combining-several-summary-of-image-title-into-a-single-results-table/40152
https://forum.image.sc/t/printing-text-to-analysis-particles-summary-table-and-save-the-table/355
https://forum.image.sc/t/issues-saving-a-summary-file-within-marcro/1094/10
我不明白如何同时使用两个分叉代码：这个成功使用批处理模式但分别打开所有摘要窗口（我需要每个切片的摘要）：
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这个设法将第 2 个切片放入结果中，但该批次不再起作用：
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