问题标签 [trackpy]

我正在尝试使用 trackpy（以下称为 tp）进行粒子跟踪。我有一系列细胞样本的图像。当然，图像中有一些噪点。跟踪的第一步是从系列的第一张图像中选择哪些集群是细胞，哪些集群不是。这在很大程度上是由 tp.locate 完成的。这并不完美。我希望能够通过 tp.locate 选择的“候选人”并指出每个人是否是一个单元格。

为此，我创建了函数 ID。目标是通过 tp.locate 生成的“候选人”列表。我想通过显示（通过 matplotlib 的 imshow 函数）每个“候选者”同时提示用户输入来指示“候选者”是否是一个单元格来做到这一点。

问题是要求用户输入似乎会抑制 imshow 函数的输出。每次通过 for 循环都会询问不同的候选人，但 imshow 窗口从未真正显示候选人。我不知道如何解决这个问题，我觉得我非常接近我的最终目标，所以我非常感谢输入。

我不需要 GUI，但是有什么方法可以使用 tkinter 来处理这个问题吗？我不熟悉 tkinter，但我读过一些东西让我觉得我可以用它解决这个问题。

当我写

然后我将 map_async 与使用tp模块的函数一起使用，它按预期工作。

如果我写了：

我有一个错误"NameError: name 'tp' is not defined"。

更确切地说，使用以下内容：

“wait_interactive”按预期显示“ipython 等待行”，但是当我尝试访问结果的第一个元素（amr [0]）时出现错误（未定义“tp”）

我想这与我的 IPython 正在安装新的 Python 的事实有关，而我的系统 PYTHONPATH 仍然指向旧的 Python 安装。

我有三个基本问题：

• 如何“调试”导入？（如果导入在每个引擎上都有效，我没有得到任何反馈。）
• 如何更改引擎的 PYTHONPATH？（我读到了一个 ipengine_config.py 但我的电脑上没有）
• 我怎样才能完成与 IPython 魔法相同的事情%px，因为我希望能够在 IPython 之外执行它？（例如，作为 DOS 命令：“ipython myScript.ipy”）

我正在测试http://soft-matter.github.io/trackpy/stable/

您可以在此处访问我的图像数据：http: //goo.gl/fMv5oE

我在后续视频图像中跟踪对象的代码是：

我怎样才能保存t？（我是 Python 新手）

DrifPredict 签名是“DriftPredict(initial_guess, span)”，并带有注释：

initial_guess ：长度为 d 的数组。否则假定为零速度。
span ：整数，默认 1 从最近的 span+1 帧计算速度场。

所以我知道我必须给出一个 2 元素数组作为 2D 平面中的漂移......但我不知道哪个元素是“x”（或“y”）。所以我查看了源代码（https://github.com/soft-matter/trackpy/blob/master/trackpy/predict.py），发现内部，漂移是转换为 numpy 数组的 pandas.dataframe。 ..但不是更进一步。

也许有人可以告诉我 trackpy.predict 中 x 和 y 的标准顺序？

一般信息：

python 模块 Trackpy 允许将粒子链接到轨迹中。当粒子密度高时，链接需要良好的初始猜测才能在下一帧中找到正确的粒子。我知道我的粒子沿着“x”有一个非常确定性的漂移，这接近粒子之间的标准距离，这就是为什么我需要使用 DriftPredict

我正在尝试在视频中保存一帧。该视频是使用 pim 打开的。我的脚本是这样的：

然后我收到一条错误消息说“'Frame'对象没有属性'savefig'”。我该如何解决这个问题？

我正在尝试使用 python 库 trackpy 来追踪一些蜡颗粒。当我导入必要的库时，在我的代码开头，

我收到以下属性错误：

这发生在 trackpy 库中文件 try_numba.py 的这段代码的第 8 行。

有谁知道发生了什么？我的大部分代码都依赖于这个库。

我正在使用 trackpy 来计算粒子数。使用完整图像可以获得令人满意的结果。

我还有一组图像，其中一个区域被蒙版（蒙版和蒙版图像可在此处使用 mask+masked image）。

正如我们在下图中看到的那样，该算法检测到 Mask 边界周围的所有粒子。

防止这种“边界粒子”的最佳策略是什么？

我无法解决使用 tp.locate 参数的问题。也许有一种方法可以导入掩码并对 DataFrame 进行后过滤？那可能超出了我的技能。

*****编辑******

到目前为止，我提出的解决方案包括修改遮罩 (0) 的像素值以匹配未遮罩区域的平均像素值（本例中为 50）。

即使结果在每种情况下都不是完美的，粒子查找的结果也较少受到 Mask 边界的影响。

上下文：我正在尝试使用包 trackpy 进行研究。我在 Mac 上，我正在使用（主要是）Spyder。我正在关注 trackpy 演练（https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html），我正在尝试在 tif 文件上使用它。这是我的代码：

问题：当我第一次编写代码时，我得到了错误：

TypeError: init () got an unexpected keyword argument 'as_grey'

根据 trackpy walkthrough，它应该将 as_grey 作为参数。

但是，当我重新启动计算机时，我收到了一条不同的错误消息（据我所知，没有任何代码更改）：

/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/tifffile/tifffile.py:2113：UserWarning：ImageJ 元数据无效或文件损坏warnings.warn（'ImageJ 元数据无效或文件损坏'）

同样，我没有在重新启动它之间更改代码。

有趣的是，当我在另一个运行 python 的软件中尝试这段代码时，我又遇到了第一个错误。我在 Google Colab 中尝试过。我对代码所做的唯一更改是使用 pip 而不是 conda（Colab 仅支持 pip），根据 trackpy 安装页面（https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.0）下载 pip 所需的其他依赖项。 3.2/installation.html )，然后按照“外部数据：云端硬盘、表格和云存储”Colab 指南将文件上传到 Colab。

我尝试过的事情：我研究了这两个问题。首先，我发现一个页面提出了同样的问题（Spyder 中的 pims.Video 参数问题），但提供的唯一解决方案是“安装问题”，其中某些模块“来自错误的来源”。如果这是正确的（是吗？），这是什么意思？如何从正确的源安装模块？

其次，我从 pims 网站发现 pims 基于 tifffile 依赖项（http://soft-matter.github.io/pims/v0.4/tiff_stack.html）。然后我找到了带来错误消息的代码（来自 tifffile.py 页面https://github.com/scikit-image/scikit-image/blob/master/skimage/external/tifffile/tifffile.py的第 2415 行），但我仍然不知道如何解决它。

我该如何解决这些错误？

与“ Python Moviepy 安装问题（Windows 7x64） ”类似的问题，但提供的解决方案不起作用。

我有 Windows 10、64 位。每次我尝试运行以下代码行时：

我收到蓝色的 Windows 10 错误：此应用无法在您的 PC 上运行

以及Python错误：

我尝试了来自“ https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ ”的多个版本，但无济于事。

我不知道其他图像处理工具是否可以与 trackpy 一起使用，或者是否有任何替代 trackpy。

我真的很感激一些建议。

这个函数给了我一个情节。但是我想更改默认轴。它在文档中说 ax 指的是：

ax ：matplotlib 轴对象，可选。

例如，我尝试将轴限制输入为 ax=([0 100 0 500]) ，但它会将其识别为元组或列表。正确的输入方式是怎样的？

谢谢！