1

上下文:我正在尝试使用包 trackpy 进行研究。我在 Mac 上,我正在使用(主要是)Spyder。我正在关注 trackpy 演练(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html),我正在尝试在 tif 文件上使用它。这是我的代码:

#Install trackpy (https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/installation.html)
!conda update conda --yes
!conda install -c conda-forge trackpy --yes

#Use trackpy (trackpy walkthrough: https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.3.2/tutorial/walkthrough.html)
from __future__ import division, unicode_literals, print_function
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline

import numpy as np
import pandas as pd
from pandas import DataFrame, Series
import pims
import trackpy as tp

#Install libtif for pims.Tiffstack, per the README (which leads to this link: http://nbviewer.jupyter.org/github/soft-matter/pims/blob/master/examples/loading%20video%20frames.ipynb)
!conda install libtiff --yes

frames = pims.TiffStack("/Users/(my username)/Documents/TSVIEW_Test_5_Grey_1.tif", as_grey=True)

问题:当我第一次编写代码时,我得到了错误:

TypeError: init () got an unexpected keyword argument 'as_grey'

根据 trackpy walkthrough,它应该将 as_grey 作为参数。

但是,当我重新启动计算机时,我收到了一条不同的错误消息(据我所知,没有任何代码更改):

/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/tifffile/tifffile.py:2113:UserWarning:ImageJ 元数据无效或文件损坏warnings.warn('ImageJ 元数据无效或文件损坏')

同样,我没有在重新启动它之间更改代码。

有趣的是,当我在另一个运行 python 的软件中尝试这段代码时,我又遇到了第一个错误。我在 Google Colab 中尝试过。我对代码所做的唯一更改是使用 pip 而不是 conda(Colab 仅支持 pip),根据 trackpy 安装页面(https://soft-matter.github.io/trackpy/v0.0)下载 pip 所需的其他依赖项。 3.2/installation.html ),然后按照“外部数据:云端硬盘、表格和云存储”Colab 指南将文件上传到 Colab。

我尝试过的事情:我研究了这两个问题。首先,我发现一个页面提出了同样的问题(Spyder 中的 pims.Video 参数问题),但提供的唯一解决方案是“安装问题”,其中某些模块“来自错误的来源”。如果这是正确的(是吗?),这是什么意思?如何从正确的源安装模块?

其次,我从 pims 网站发现 pims 基于 tifffile 依赖项(http://soft-matter.github.io/pims/v0.4/tiff_stack.html)。然后我找到了带来错误消息的代码(来自 tifffile.py 页面https://github.com/scikit-image/scikit-image/blob/master/skimage/external/tifffile/tifffile.py的第 2415 行),但我仍然不知道如何解决它。

我该如何解决这些错误?

4

0 回答 0