问题标签 [fiji]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
java - 使带有 ij 和 loci 类的 ImageJ/Fiji Jython 脚本在 bash 脚本中工作
到目前为止，我在斐济的脚本编辑器中执行了我的 jython 插件。我想从命令行执行我的 jython 脚本。
在线执行jython myscript.py时
我得到错误：
ImportError：没有名为 ij 的模块
我猜这意味着找不到 ij 的 jar 文件，因为它通常是由 ImageJ 编辑器找到的。
所以我设置了java类路径：
然后我收到错误：
找不到主类。(Fehler: Hauptklasse ij konnte nicht gefunden oder geladen werden) 原因：java.lang.ClassNotFoundException: ij
我是java新手，这是否意味着我没有使用正确的罐子？
我还使用编辑器执行：
这给了我目录：/home/user/Software/Fiji.app/jars/ij-1.53c.jar!/ij/IJ.class
这意味着编辑器使用 ij-1.53c.jar 中的类！然后我尝试了：
java -cp "/home/lisa/Software/Fiji.app/jars/ij-1.53c.jar\!/ij" ij
\由于!. _
我还是一样classNotFoundException。
imagej - 如何在斐济或 ImageJ 中安装工具集
这里是 FIJI 和 ImageJ 的新手，所以如果这个问题对退伍军人来说听起来很愚蠢，我深表歉意。我在这里遇到了一个非常酷的工具集，可以对激光扫描显微镜图像进行去模糊处理：http://image.bio.methods.free.fr/lsmtrans.html但我新下载的 FIJI 版本中缺少它。我想我在这里找到了代码：http ://rsb.info.nih.gov/ij/macros/toolsets/LSM%20Transmission%20Deblurring.txt但我不知道如何手动安装它。我是否需要将它的 notepad++ 保存为 .jar（代码看起来像 java）或 .ijm 文件？或者有没有办法从 FIJI 应用程序中搜索它？
我的 FIJI 版本：ImageJ 1.52p Java 1.8.0_172（64 位）
java - imageJ 宏中的字符串格式
我想在 ImageJ / Fiji 宏编辑器中使用String.format()函数将整数转换为带有前导零的字符串。使用此代码：
我收到以下错误：
有任何想法吗？
在文档https://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html#S之后，这应该可以工作：
String.format(format, number) - 返回使用指定格式和数字的格式化字符串。
版本：ImageJ 1.53c 和 Java 1.8.0_172（64 位）
image-processing - 如何在 FIJI（ImageJ）中从另一个堆栈中减去一个堆栈？
有没有办法使用 FIJI (ImageJ) 从另一个堆栈中减去一个堆栈图像？
更具体地说，我想找到一种快速减法的方法，即从第二个堆栈的第一个图像中减去第一个堆栈的第一个图像。然后从第二个堆栈的第二个图像中减去第一个堆栈的第二个图像，依此类推。
imagej - 我可以仅使用 imageJ-fiji 计算不同颜色的对象吗？
我可以使用 imageJ-fiji 从附加图像中计算每种颜色的对象数量吗？感谢您的建议。
谢谢你。
imagej - 在 ImageJ 中运行宏时出现未定义的变量错误
我是 ImageJ 宏的新手，我想在斐济使用宏。宏的代码来自这个来源。
我已经下载了代码并将其保存为文本文件。然后我通过转到插件>宏>运行来运行宏。我使用的 ImageJ 版本是 1.53j。
但是，当我运行宏时，出现以下错误：
我在 ImageJ论坛上在线看到这个宏适用于其他人。我已经进行了一些调试，并且知道我收到了错误，因为当我运行宏时代码没有进入 while 循环，所以函数没有x1返回值getCursorLoc。
但我不是如何让代码进入while循环。有谁知道我是否必须在运行宏之前单击特定的东西？在我看来，当鼠标修饰符事件发生时，代码将进入 while 循环（因为 getCursorLoc 函数返回的修饰符参数是鼠标事件修饰符标志）。任何帮助表示赞赏。
imagej - 如何循环遍历多点选择的每个点以获取像素值？
我是 ImageJ 和 ImageJ 宏的新手。我开始制作一个在图像上应用“查找最大值”功能的宏。然后我想测试每个被发现为最大值的像素，以按值过滤它们。如何将选择的所有点循环到我的宏中？谢谢
imagej - nashorn:mozilla_compat.js:67 ReferenceError: "setBatchMode" 未定义
我为 ImageJ 制作了这个脚本。当我运行代码时，出现此错误：“nashorn:mozilla_compat.js:67 ReferenceError:“setBatchMode”未定义”
有谁知道如何解决它？
任何帮助表示赞赏！
matlab - 如何使用 matlab 的 MIJ（FIJI）数据交换从 ZStack tiff 文件中保存图像序列
我希望使用 MIJ 插件将 Zstack 图像保存为图像序列，以便在 MATLAB 和 ImageJ 之间进行通信。我可以打开 tiff 文件，但是当我尝试另存为图像序列时，会弹出一个对话框以选择文件位置。我正在尝试自动化这个过程，我可以简单地将路径名发送到图像序列命令而没有弹出窗口。我有
imagej - 具有自定义比例的图片中的点选择
我尝试用斐济分析图像。因此，我首先用设定的比例“校准”比例run(“Set Scale…”, “distance=52.6 known=30 pixel=1 unit=no global”);，然后制作一个如图所示的矩形：图1。然后我执行测量run(“Measure”);并尝试在矩形的中心创建一个点，makePoint(XPos, YPos, “small yellow hybrid”);如下所示：Pic 2。XPos 和 YPos 指的是矩形的测量中心坐标。然而，这一点完全错位了。我看到该点是根据括号中的像素放置的，而不是基于我在第二张图片中看到的比例。有谁了解这种行为，以及如何帮助它？
完整代码：
如果你能帮助我会很高兴。
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