问题标签 [fiji]

我处于需要计算类似 log(1/1400) 的情况。我在 java 中尝试过 Math.log 方法，但没有运气。实际上我们如何在java中计算这样的东西？我也尝试过 Math.log1p，因为它给出了 1+x 的对数值，其中 x 是一个小数字，一点运气都没有。但是当我们使用科学计算器时，我们可以轻松计算 log(1/1400) 或 ln(1/1400)。

一个新的斐济插件，用于可视化年内密度波动和分析沿木材横截面的年内理论体积流量波动大家好，我尝试使用这个新的斐济插件来分析我的管胞。图像处理的前导步骤（定位、阈值等）已完成。插件激活后，java控制台中会出现一条错误消息

安慰：

安装 java.nio.charset.UnsupportedCharsetException 失败：cp0。[错误] 空

其次是

[错误] null Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“IADF-IAVFF_1.0.py”，第 51 行，在 NameError：名称'ResultsTable' 未定义

我加入了python脚本非常感谢您的帮助

我tifffile在 python 中使用来保存 3 通道 tiff 堆栈，然后我想将其读入 ImageJ 或 FIJI。这些 tiff 堆栈在 ImageJ 中作为合成打开，每个通道都分配了一个（可能是默认的）颜色图/LUT。但是，分配的颜色不是对我的图像有意义的颜色。我的问题是，在使用tifffile.

例如，我想要以下颜色图分配：

• ch 0：灰色
• 通道 1：绿色
• 通道 2：红色

这是我用来保存文件的代码：

必须有与保存通道颜色图信息的 tiff 一起保存的元数据，因为我可以在 ImageJ 中手动编辑颜色分配，然后保存、关闭它，然后当我再次打开文件时，它会保留我的手动颜色图分配。所以我猜一定有一个元数据标签（也许是颜色图？），可以用来指定通道颜色，但我找不到任何关于使用什么标签或语法的信息。

我需要在 macOS 上从终端运行 Fiji(imageJ) 脚本。使用下面的代码。

我需要运行的斐济脚本是

但是我希望目录成为终端中的当前位置。例如：

因此我将使用我编写的斐济脚本处理 test2 中的所有内容。

我用谷歌搜索了大约一天。

我有 50 张图片，都显示相同的背景。不幸的是，由于在图片采集过程中闪电的微小变化，它们的亮度/强度都略有不同。现在我想均衡图像的强度，使所有图像的背景看起来完全一样，具有相同的强度。

我怎样才能做到这一点？

我找到了一个使用 lightroom 的解决方案：YoutubeVid

但是这在 OpenCV 中是如何工作的呢？还是斐济？

更新：

我现在要做的是：

其中 Image2 是 Image1 的更亮版本。

这给了我几乎相同的两个图像的平均强度值，这很好。但是，图像看起来并不完全相同（左侧是 Image1，右侧是 Image2 的强度校正图像）：

我正在尝试使用 tifffile 保存 tiff 堆栈，并使用此解决方案添加 ImageJ tiff 元数据标签和值。

代码运行没有错误，但是当我在 ImageJ 中打开“图像信息”时，我看不到我创建的新标签。

我真的不知道 Tiff 标签是如何工作的，所以我选择了一个名为“Name”的标签，因为当我打开使用 ImageJ 保存的元数据时，这个标签名称就存在了。

我只是稍微改变了原始解决方案的功能以支持我的标签。这是我正在使用的代码：

感谢您的光临。

我正在尝试处理从 .nd2 到 .TIF 的约 50 张图像，但导出的图像不是我所期望的，我不确定出了什么问题。我的 .nd2 有两个通道，我希望最终的 .TIF 成为两个通道的图像。但是，我的代码的 .TIF 输出只是一个通道的图像。

...在这部分代码之后，我拆分 z 堆栈，找到中间，并将该切片保存为 .TIFF。

如果有任何不清楚的地方，请告诉我。再次感谢您的阅读。

我有一个带有各种输出的长代码。我将自定义结果表保存在我正在处理的图像的目录中：dir = getDirectory("image"); 但我想将该 .txt 文件也保存在新目录 newdir 中，类似于 Q:\ME1-AS-Lin\KJ\OrT\Imaging\TXTResults\ 我没有什么宏让我选择文件夹，就像 getDirectory("Choose directory")

谁能帮我？

我想使用这个类——它在ImageJAuto_Threshold中实现了“Auto Threshold”插件。根据http://imagej.net/Writing_plugins#The_Context，我可以访问其他插件功能，例如使用LogService

然而，这并不适用于所有事情。我试过了

但这不起作用。我从https://github.com/fiji/Auto_Threshold/blob/Auto_Threshold-1.16.5/src/main/java/fiji/threshold/Auto_Threshold.java的源代码中看到该类存在于fiji.threshold包中。当然，我可以将该代码复制到我的源目录并使用该包。这是最好的做法，还是有更正式的方式来依赖另一个插件？

谢谢，罗里

其他人在这里遇到过并发布了这个问题。看：

错误：软件包是由具有不同内部结构的 R 版本安装的；它需要重新安装

和

包“vegan”是由具有不同内部结构的 R 版本安装的

对于不同 R 包的相同问题。我也遵循了这些线程中提出的解决方案，R 对此做出了积极回应。然而，斐济没有。我在 R 控制台中收到以下消息：

[错误] 文件长度为 0，可能已损坏 Rserve>Starting Rserve... Rserve> "C:\Users\LENOVO~1\DOCUME~1\R\WIN-LI~1\3.5\Rserve\libs\x64\ Rserve.exe" --no-save --slave

我正在尝试学习和掌握的插件的使用说明位于此处：

https://imagej.net/ParticleSizer

我正在运行 Fiji/ImageJ 1.52g。

请注意，尽管遵循这些安装 R (3.5.1)，但这并不符合规定的 Rserve (1.8-0.zip) 版本。如图所示，从本地 zipfile 安装 MASS。R 告诉我它想要 Rserve 1.7-3。下载 1.7-3.zip 后，R 很高兴。

我正在使用运行 64 位 Win7 Pro、8 GB RAM 和 2.67 GHz 第一代 Core i5 M 560 的旧 ThinkPad。

感谢您提供任何见解。

2018 年 10 月 8 日编辑 - 我继续处理此问题，但无法解决按照说明从本地 zipfile 安装 Rserve 的问题。出于这个原因，我完全卸载了 R。

我现在第二次安装了 R 3.5.1 并且没有安装 32 位文件。当我尝试从本地文件安装 Rserve-1.8-0.zip 时，R 控制台什么也没告诉我。但是，当我安装本地包文件 MASS_7.3-45.zip 时，我看到以下指示它已在控制台中成功安装：

成功解包“MASS”包并检查 MD5 和

我希望这些附加信息有所帮助。

瑞克