我正在寻找以速率 r 模拟矿物随时间的沉淀。当这种矿物沉淀时，它会降低溶液中 Fe(II) 的浓度，这会降低溶液相对于矿物的饱和状态，从而减慢矿物沉淀的速度。

我最终想要一个 Fe 与时间的关系图。上面的代码不起作用，因为 Fe 依赖于 logIAP，它依赖于上一个时间步的 Fe...我需要 Matlab 迭代计算每个时间步的两者。

任何帮助表示赞赏，谢谢！

我的团队正在构建一个增强现实化学应用程序。

我们已经使用一个特殊的库成功地从 wolfram mathematica 导入了一个分子的 3D 网格……但是，我们这样做的方式只导入了网格——分子上没有颜色可以显示哪些元素是哪些，就像这样-

有没有办法：

1. 使用 API 动态获取化学元素/化合物的皮肤或将它们保存为资产？

2. 能够一致地识别 Unity3D 中球体的顺序并使用 JSON 数据将正确的颜色映射到它我知道我可以得到化合物中元素的位置/顺序？

3. 我没有想到的其他方式，或者上述两种方式的混合？

感谢您的任何帮助。

我正在尝试.crd从 Amber 加载文件，但这失败了，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式（请参阅最后的错误）：

如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我看到了这个线程以及我不想使用的这个库。

任何想法为什么它不起作用？如果我在 VMD 中加载轨迹，我正在使用这个命令（并且它有效）：

我的数据集（MSdata）看起来像这样

我希望它看起来像

我已经使用这个

然而，这给了我

我需要“Na”字符串给我一个 1 或 0（或 NA）的值。我是编码新手，其中很多都超出了我的能力——我一直在使用这个网站来帮助我。此外，我不知道如何将这些新列（如果可行的话..）合并到我当前的矩阵中。我之前链接的网站使用 newcol() 函数？感谢您提供的任何帮助！

我正在尝试在集群上运行 AMBER16，但是当使用“qsub”命令通过调度程序提交作业时它不工作。但是，当在前端节点上本地运行时，该作业确实有效。我在 .bashrc 文件中正确设置了所有 PATHS。以下是我的代码：

提交后，我收到以下错误消息：

我一直试图找到几个小时的解决方案，但被卡住了。请帮忙 ：（

我正在尝试使用 MDAnalysis ( MDAnalysis.__version__ == 0.17.0) API 函数principal_axes()并moment_of_inertia()为一组选定的原子计算这些矩阵，如文档中所述：

输出：

这看起来不对，原因之一是它U'IU不是文档中提到的对角线：

也许我需要将蛋白质与质心对齐，以计算相对于它的惯性矩。

我提前为我的无知道歉；我只学习 Python 大约两个月。我在 Stack Overflow 上看到的每个示例问题似乎都讨论了一系列数据的单一分布，而不是每个数据点的一个分布，带展宽。

我有一些（基本上）无限细的条，其值为 x，高度为 y，我需要在上面划一条线，使其看起来像下面的照片：

条形图是从最右侧的数据表中获得的。曲线是我想要做的。

我正在做一些 TD-DFT 工作来计算理论紫外/可见光谱。它将输出特定波长的光（x 值）的吸光度强度（y 值，即高度）。从理论上讲，这些通常被绘制为无限细的条，尽管我们通过实验获得了一条曲线。通过在理论数据上运行一条曲线，可以使理论数据看起来像一个实验光谱，该曲线包含 y=0 并且在每个吸光度条周围都有一个高斯线形。

我不确定是否有一个功能可以为我做到这一点，或者我是否需要做一些事情，比如为每个吸光度制作一个循环求和高斯曲线，然后绘制结果公式。

谢谢阅读！

我们正在尝试在 Centos 7 桌面上安装 Apache Chemistry Workbench 1.1.0。我们正面临一个阻止程序，我们无法获取应用程序的 GUI。

Centos 7 环境已安装 Java 1.8.161。

请帮助我理解这个问题。

附上截图供参考。

我正在创建一个程序，可以根据元素的原子质量（分别）确定化学式的分子质量。该程序不会运行，因为当我将元素乘以其下标时，它实际上是将字符串与整数相乘。在将元素与下标相乘之前，如何将元素转换为它们的值？

元素列表

我是 Python 和 Pandas 的新手，所以如果有人能在这件事上帮助我，我会非常高兴。我的问题如下：

如果我有一个 .txt 文件，其中包含一组作为字符串（R1、R2...）的反应。每个反应都有化合物 (A,B,C,D...)，它们具有各自的化学计量系数 (1, 2, 3...)，例如：

R1: A + 2B + C <=> D

R2: A + B <=> C

如何在 python 中以化学计量矩阵的格式创建数据框（化合物作为行 X 反应作为列），如下所示：

观察：等式左侧的化合物应具有负化学计量值，而右侧的化合物应为正

谢谢=D