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我正在开发一个程序，我需要组合原子之间的距离或 3D 空间中的各个点。这是一个例子：

文件“测试”包含以下信息：

我希望我的代码计算点之间距离的所有组合（我已经完成了！），然后，我需要计算一个原子与另一个原子之间的距离小于 2.2 的次数。

这用词令人困惑，所以我将向您展示我到目前为止所得到的。

我不确定列出这些清单是否对我有帮助。到目前为止，他们还没有。

输出是：

我需要从这个输出中得到的一件事是每个原子的距离小于 2.2 的次数，例如：

我还需要看看是什么两个原子使小于 2.2 的距离。我这样做是为了计算鲍林费用；这是你需要查看一个原子的地方，确定它有多少键（原子距离小于 2.2 埃），然后查看连接到该原子的原子，看看有多少原子连接到那些。这非常令人沮丧，但这一切都将取决于跟踪每个原子，而不仅仅是它们的组合。数组可能会非常有用。

我已经在这里和这里检查以寻求帮助，我认为我需要以某种方式组合这些方法。任何帮助都将不胜感激！

我运行了一个分子动力学模拟，它给了我 2,000 个轨迹文件。这些文件的文件名格式au25-c2-benzalacetone.001最多为 2000。我编写了一个通用的 perl 程序，但它没有读取 2,000 个文件。如何修改我的代码，使其读取每个文件并分别提取我想要的每个文件的坐标？我需要 2,000 个coordinates_of_interest.dat文件。这里的修补程序文件是au25-c2-benzalacetone文件。这是我写的代码：

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我绝不是一个数学家，但我真的想弄清楚如何从我从化学滴定中测量的一些数据图中创建一个可绘制的函数。我一直在尝试学习 R，我想知道是否有人可以向我解释或指向我的指南，以创建下面的滴定图的数学函数。提前致谢。

我必须编写一个程序，将用户的化学方程式作为输入，例如 12 CO2 + 6 H2O -> 2 C6H12O6 + 12 O2，并观察两个站点上的原子量是否相同。有什么方法可以轻松计算和解析吗？

例如：

12 CO2 + 6 H2O -> 2 C6H12O6 + 12 O2

12*2+6*2 -> 2*6+2*12+2*6+12*2

在这种情况下，应该有输出“假”。

这是我的代码，但实际上只是为了尝试一些东西：

我想使用 boost::spirit 来从粗略公式中提取由几种元素组成的化合物的化学计量。在给定的化合物中，我的解析器应该能够区分三种化学元素模式：

• 由天然丰度的同位素混合物构成的天然元素
• 纯同位素
• 非自然丰度的同位素混合物

然后使用这些模式来解析以下化合物：

• "C" --> 由天然丰度的 C[12] 和 C[13] 制成的天然碳
• "CH4" --> 由天然碳和氢组成的甲烷
• "C2H{H[1](0.8)H[2](0.2)}6" --> 由天然 C 和由 80% 的氢和 20% 的氘组成的非天然 H 制成的乙烷
• "U[235]" --> 纯铀 235

显然，化学元素模式可以是任何顺序（例如 CH[1]4 和 H[1]4C ...）和频率。

我写了我的解析器，它非常接近完成这项工作，但我仍然面临一个问题。

这是我的代码：

基本上，每个单独的元素模式都可以使用它们各自的语义动作正确解析，从而生成构建化合物的同位素及其相应化学计量之间的映射图。解析以下化合物时问题开始：

CH{H[1](0.9)H[2](0.4)}

在这种情况下，语义动作build_isotopes_mixture返回 false，因为 0.9+0.4 对于比率的总和是没有意义的。因此，我会期望并希望我的解析器无法处理这个化合物。但是，由于对_start三种化学元素模式使用替代运算符的规则，解析器设法通过 1) 丢弃{H[1](0.9)H[2](0.4)}部分 2) 保留前面的部分H3) 使用_naturalElementToken. 我的语法是否不够清晰，无法表达为解析器？如何以这样的方式使用替代运算符，当发现一个事件但在运行语义动作时给出了一个false，解析器停止？

我想在 Python 中实现以下内容，但不知道从哪里开始。这种类型的最短路径问题是否有好的模块？

我试图在给定的 xyz 坐标集合中为 3D 化学结构（图表）定义从特定原子（节点）到所有其他原子（节点）的最短路径。原子（节点）之间的键是允许从一个节点到另一个节点的移动的边。

我试图根据从选定中心节点向外的连接性从分子（图）中过滤掉某些原子（节点）。

**对于考虑的路径，我想禁止某些原子（节点）被交叉。如果从 A 到 B 的最短路径是通过禁止节点，则该答案是不允许的。从 A 到 B 的最短路径不能包括禁止节点**

如果从所选中心原子 (A) 到另一个其他节点 (B) 的最短路径包括禁止节点，并且没有通过可用边（键）从 A 到 B 的其他可用路径，则应从节点 B 中删除要保存的最后一组 xyz 坐标（节点）。

对于结构（图）中的所有其他原子（节点），应该对 A 到 C、A 到 D、A 到 E 等重复此操作。

提前感谢您提供的任何帮助。

我正在尝试编写一个 python 脚本来检索我输入的化合物的沸点、熔点、分子量、化学结构和密度。

我正在查看数据库并找到chemspipy和PubChemPy，但它们都无法检索我需要的所有属性。

我有一部分使用 chemspipy 编写的脚本，效果很好：

但我仍然需要找到一种方法来检索沸点/熔点。

（这是我在这里的第一个问题，如果发错地方请见谅！）

我认为使用 InChI 的主层、电荷层和立体化学层（InChI String），我们仍然可以比较化学分子结构搜索（Similarity and Substructure search），但是为什么大多数应用程序都使用化学指纹进行相似性搜索或子-结构搜索。InChI 中缺少可通过化学指纹（如日光或任何其他指纹）获得的内容

如果一个容器中有多个化学反应，如何确定这些反应的顺序。

例如，一个烧杯中有三种化学物质，分别称为 A、B 和 C。化学物质 A 可以与 B 反应，A 也可以与 C 反应。是否有任何规则来决定化学反应的优先级？

几个小时以来，我一直在努力解决以下问题：我正在尝试获得一个适合我测量数据的函数。但是，我需要说明我选择特定功能的原因。在仔细阅读了一些关于方解石成核和生长的文献后，我们认为描述碳酸钙成核时间的函数必须具有以下形式：

时间(s) = (I^a) (pH^b) ((化学计量(r_aq))^c)*((omega-1)^d)

其中，I - 离子强度，omega = 饱和度，a、b、c、d 是几个参数。（例如d是晶体生长的类型）。

首先，我想通过假设恒定的 pH 值、饱和度和离子强度来检查 c 参数值（我有这方面的实验数据）。最终，我试图通过 nls 函数获取所有参数值，因此有人可以在几种地球化学条件下判断成核时间的范围。

但是，我对这个目标有两个问题：

1）该功能似乎无法正常工作。它给了我关于 递归默认参数引用/早期问题和参数丢失的错误，我无法修复（我认为它很容易修复）

2) nls 函数本身在初始参数估计时给我一个关于奇异梯度矩阵的错误。

我试图用谷歌搜索我的错误，但不幸的是我无法自己修复它们。有关功能部分的代码如下

从我的测量中绘制的数据：测量1

（不知道能不能打开）