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我想在我的 Windows 应用程序中表示化学结构图。我发现市场上有一些软件，如“BKChem”、“Metlab”、“ChemDraw”、“SMILE（简化分子输入行输入规范）”、“BioChemDraw”。但不幸的是，我无法找到上述任何带有 dot net 的插件/API，请告诉我。目前这对我来说是非常重要的。

我有一个应该使用 ode 求解器解决的函数。问题是它有很多常数（比如 100），同时我不想把它们放在一个数组中，因为很难理解公式（这是化学的东西）。我在这个函数中的某些部分代码如下所示：

如果我想把它们放在一个数组中，它会变成这样：

很难“看到”实际的公式。我必须将常量定义为全局变量吗？此函数由 ode 求解器使用，并被迭代约 50000 次。所以我需要一些有效的东西。

PS我正在使用python（scipy库），但我认为其他语言也可能有同样的问题。

非常感谢

使用动态解析器​​的空间相关优势是否超过了预先生成的查找表的时间相关优势？

长版：

我正在编写一个化学参考工具，并包含一个功能，可以自动命名符合特定模式的公式；例如C[n]H[2n+2] => [n]ane；其中[n]是 LHS 的整数；以及 RHS 上名称数组的索引。( meth, eth, …)

据我所知，这可以通过以下两种方式之一实现：

1. 我预先生成了一个键/值对偶查找字典formula <=> name；应用程序启动时（启动速度较慢），或与应用程序一起发布的静态列表（下载速度较慢）。

2. 公式由定制的解析器动态评估。

在方法 1 中，名称 => 公式查找变得简单了一个数量级；但是生成器将，除非我想用应用程序传送几十兆字节的数据，否则必须有一个预设的、相当低的n.

更复杂的是公式可以有多个术语。如C[n]H[2n+1]OC[n']H[2n'+1]; 对于这些中的每一个，可能匹配的数量随着 几何增加n。此外，使用这种方法会像没人管一样吃掉 RAM。

方法 2.让我支持使用相当小的查找表的相当大的值n，但使名称 => 公式查找更加复杂。与与应用程序一起交付的预生成文件相比，它还可以让我纠正生成逻辑中的错误，而无需交付新的数据文件。

这还要求将每个公式与几个规则的粗略测试进行匹配，以确定它是否适合；如果有很多规则，这会花费一些时间，这可能会导致界面明显变慢。

那么问题来了：

1. 在我没有考虑的权衡中是否有任何考虑因素，或者我没有考虑过的方法？

2. 使用动态解析器​​的好处是否证明了增加的实现复杂性？

我在 OSX 10.6.8 上使用 XCode 3.2.1，我想通过调试其源代码来研究 Avogadro 的工作原理。这里有一个 CMake 指南：

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Compiling_on_Linux_and_Mac_OS_X

这解释了如何做到这一点（并提供了源代码），但我是一个新手程序员，对调试不是很熟悉。有人可以向我解释如何将源文件组织到一个新的 XCode 项目中并逐步完成编译版本吗？

这是 git clone 命令：

我发现了一个名为 /Users/Eric/Desktop/avogadro-squared/avogadro/avogadro/src 的文件夹，但我不确定如何继续设置标志等，因为该项目最初是在 Cmake 中编译的。

非常感谢！对此，我真的非常感激。

Python中有没有办法计算双/浮点/等中的有效数字？我没有看到一个简单的方法来做到这一点，但我希望它会在图书馆里。

提前致谢。

我是一名计算机科学专业的学生，​​我必须选择我未来研究工作的主题。我真的很想用计算机解决一些化学（或者生物学）中的科学问题。我对机器学习领域也有极大的兴趣。

我在网上冲浪了一段时间，并找到了一些关于这类问题的特别参考资料。但是，不幸的是，这些东西对我来说还不够。

因此，我对社区推荐的特定资源感兴趣，这些资源展示了应用 ML 技术来解决化学问题——例如，一篇期刊文章或一本描述正在解决的化学中典型（或新问题）问题的好书“在计算机上”。

假设您有一个包含许多属性字段的表，例如：

其中 q,a,c,d 等表示不定数量的 int 字段，其名称是生成的（也在运行时创建）

在某些特定字段是特定数字而所有其他字段都是 0 的约束下，您如何选择？

（例如）a=1，c=5，其他都是0？

更新：

我想我要问的是是否有一些“整体”功能或者我可以去“WHERE ALL OTHERS = 0”（或类似的东西）的东西。

规范化的问题是，即使在连接之后，我仍然必须检查特定的非零值以及所有其他字段（或规范化字段）是否为 0。

具体应用：

化合物表

示例行：

简单的问题SELECT * FROM table WHERE H=1 AND Cl = 1在于它还包括其他情况，例如 C Cl H（即使 C=1，它也被选中，因为 Cl 和 H 也都是 1）

这就是为什么我试图弄清楚如何在所有其他字段都为 0 的情况下选择它！

斜体文字描述了我的总体目标，如果有人感兴趣的话。问题在下面。

我正在尝试使用 Mathematica 8 绘制简单分子的能级。我的方法很粗糙，如下所示：

1. 求简单 Hückel 矩阵的特征值。
2. 删除重复项并确定列表的大小。
3. 通过比较重复列表和无重复列表来评估退化的数量。
4. 创建 anx 2 零矩阵，其中 n 是唯一能级的数量。

5. 用唯一能级填充第一列，用简并度填充第二列。

步骤 5 中生成的矩阵如下所示：

我希望评估第 2 列的最大值，然后在同一行但在第 1 列中找到元素的值。在这种情况下，我正在寻找的答案是 1。

这些命令都计算为 -1：

这不是我想要的答案。

有小费吗？

编辑：这个

有效，但我不明白为什么我必须使用 Part[] 两次。

我编写需要知道锡原子质量的脚本。是否有包含此类信息的 python 数据库？

编辑：

periodictable很好，但有些库的数据更丰富。例如gperiodic程序。

是否有库（或软件可调用）来实现化学平衡的计算（特别是液相和固相）？（来自 Python，或通过我可以编写的包装器）

例如，给定离子和固体的溶液，如果我改变成分（添加或去除一定量的元素），我想获得下一个平衡。

目前我使用PHREEQC和 Python 中的模块（特别是 Garlicsim）——写这个问题，我刚刚看到该项目被放弃......）来驱动动态模拟。

它有效，但现在，我想更进一步并测试其他算法来处理化学平衡。特别是，我想测试似乎很有希望的 UNIQUAC 和 UNIFAC。

我见过像DWSIM这样的项目，但它是面向液气平衡的（它是一个 GUI，用 VB 编写）。

我很乐意在这个主题上获得新的想法！

泽维尔