问题标签 [openbabel]

我是 python 新手，并且有以下具有嵌套循环的测试代码，并且生成了一些意想不到的列表：

本质上，列表“搜索”是我希望在某些分子中匹配的几个字符串，我想使用 pybel 软件迭代 allmol 中包含的每个分子中的两个字符串。但是，我得到的结果是：

正如预期的那样，除了一些额外的空列表，它们让我很困惑，我看不到它们来自哪里。它们出现在“\n”之后，因此不是 smarts.findall() 的人工制品。我究竟做错了什么？谢谢你的帮助。

我有一个 python 脚本，它应该解析一个文件并产生一些输出到磁盘，以及返回一个链接到输出文件的网页。当使用从 HTML 表单发布的文件运行时，我没有返回 HTML 输出，只有 500 错误页面，并且 error_log 包含以下行：

[Mon Apr 19 15:03:23 2010] [error] [client xxx.xxx.121.79] 脚本头过早结束：uploadcml.py，referer：http ://xxx.ch.cam.ac.uk:9000/

但是，脚本应该保存的文件确实保存到磁盘。

如果我在没有任何参数的情况下运行它，脚本会返回正确的 HTML，表明没有文件被解析。

我在网上找到的关于脚本头过早结束的所有信息都暗示这是由于缺少头或 python 脚本缺乏权限，但两者都不适用于我。

脚本的第一行是：

所以在运行时，我看不出它无法输出标头，并且在没有要解析的文件的情况下运行时它会输出标头，但是当给定文件时会产生错误（但仍然解析文件并保存输出到磁盘！）。

有谁知道这是怎么发生的以及可以做些什么来解决它？

我尝试在文件的各个点添加错误缩进的乱码（例如 foobar），这会导致在 error_log 的任何位置添加缩进错误，即使它是脚本中的最后一行。不过，过早的脚本标题错误仍然存​​在。这是否意味着脚本一直在执行？

[编辑] 我现在设法让它工作，似乎通过 SWIG 对外部 C++ 库的调用之一失败，但没有产生有用的错误消息。我已经解决了这个问题，现在脚本可以正常工作。

令人惊讶的是，当某个远程库调用失败时，error_log 中唯一的错误是关于脚本头的。我想这就是调用非python代码的危险吗？[/编辑]

我想在我的 Windows 应用程序中表示化学结构图。我发现市场上有一些软件，如“BKChem”、“Metlab”、“ChemDraw”、“SMILE（简化分子输入行输入规范）”、“BioChemDraw”。但不幸的是，我无法找到上述任何带有 dot net 的插件/API，请告诉我。目前这对我来说是非常重要的。

我使用 Travis CI 作为毒理学绘图项目的一部分。对于这个项目，我需要 python-openbabel 作为依赖项。因此，我已将 apt-get 安装程序添加到 .travis.yml 文件中，如下所示（注释已删除）。

但是，所有这些尝试都失败并显示错误消息Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?。我尝试将 SWIG 添加到要安装的应用程序列表中，但无济于事。

此外，我尝试添加 Openbabel 本身提出的整个构建过程，这会产生以下 travis.yml：

尝试解压下载的文件时失败。

所有失败的构建都可以在 Travis-CI 上看到：https
://travis-ci.org/ToxProject/ToxProject Github repo 在这里：https ://github.com/ToxProject/ToxProject

简而言之，我如何python-openbabel使用 Travis-CI？

我在 /usr/local/lib 中有这些共享库文件：

libopenbabel.so 实际上是指向 libopenbabel.so.4 的链接，而 libopenbabel.so.4 实际上是指向 libopenbabel.so.4.0.2 的链接

当我用这个命令编译我的文件时：

然后尝试运行a.out，我得到这个错误：

暗示编译器正在查找 libopenbabel.so，但在跟随指向完全相同目录中的 libopenbabel.so.4 的链接时遇到错误。关于为什么会发生这种情况/我如何解决它的任何想法？

/usr/local/lib 中 ls -l 的输出：

我正在尝试使用 openbabel 库编写一些程序，其中一个是从 sdf 文件中提取数据的简单程序。但是我拥有的 FormatFromExt 功能之一不起作用。无论我传递什么输入参数，函数调用都会返回 NULL。

此类的其他方法 OBConversion 也返回 NULL，例如SetInfFormat、FindFormat和Read。

我已经验证 argv[1] 确实包含输入文件的路径，并且该文件具有 openbabel 库的有效扩展名。我还包括所有必要的头文件。在一台机器上，这段代码完美运行。另一方面，方法失败。该程序在两者上都能完美编译。什么会导致这样的事情发生？

我使用的 openbabel 库是共享对象文件。

我有一个 .pdb 文件，其中包含同一分子的多个构象异构体。现在我想将这些conformers 中的每一个转换为一个单独的.xyz 文件。根据 open babel 帮助，这可以通过-m选项来完成。

但这仅转换第一个几何图形然后停止：

（在 Ubuntu 和 OSX 上测试了 open babel 2.3.2）

有什么建议可以解决这个问题或改用哪个程序？

I want to get fingerprints using smiles of compounds. I did but the problem is I want to get in a higher bit and a list format so I can calculate the length of lists. In this case I just get classes. Any solution in python using pybel? I did this but when I write len(fps[0]) I get an error

我们正在使用它为客户生成图像，但我们必须以迂回的方式提供图像。如果 OpenBabel 给我们提供可以自动重定向的 Stream，那就太好了。

我是吉拉 我尝试在 C++ 中实现 babel，以便将 'mol' 格式的化学结构文件转换为 'smiles' 格式的文件。我编写的代码类似于 openbabel ( http://openbabel.org/docs/dev/UseTheLibrary/CppExamples.html ) 文档中提供的代码，如下所示。

但它总是打印

并返回一个空文件“a.smi”。

但是，当我在命令行中实现 babel 时，例如

它工作正常。

我想问是否有人遇到过这种错误以及您是如何解决的。因为我遵循文档中提供的所有内容，所以我无法弄清楚这个错误的原因。

非常感谢您提前。

吉拉