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我正在尝试使用 openbabel 库编写一些程序，其中一个是从 sdf 文件中提取数据的简单程序。但是我拥有的 FormatFromExt 功能之一不起作用。无论我传递什么输入参数，函数调用都会返回 NULL。

OpenBabel::OBFormat *inputFormat = conv.FormatFromExt(argv[1]);
// This method fails, returns NULL ^^
if (!inputFormat || !conv.SetInFormat(inputFormat)) {
  char buf[256];
  sprintf(buf, "Could not find input format for file: %s", inputFormat);
  cerr << buf << endl;
  exit(0);
}

此类的其他方法 OBConversion 也返回 NULL，例如SetInfFormat、FindFormat和Read。

我已经验证 argv[1] 确实包含输入文件的路径，并且该文件具有 openbabel 库的有效扩展名。我还包括所有必要的头文件。在一台机器上，这段代码完美运行。另一方面，方法失败。该程序在两者上都能完美编译。什么会导致这样的事情发生？

我使用的 openbabel 库是共享对象文件。

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好的，所以这似乎是一个错误配置。基本上，它似乎在寻找 .so 文件，并且在远程机器上找不到任何文件。

因此，让我们看看两条轨迹，从它们分歧的地方开始。不难找到，因为它基本上在失败跟踪的末尾。首先，让我们看一个有效的：

openat(AT_FDCWD, "/usr/local/lib/openbabel/2.3.2", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
brk(0x1199000)                          = 0x1199000
getdents(5, /* 112 entries */, 32768)   = 4200
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
close(5)                                = 0
futex(0x7f7fbacf90b0, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 2147483647) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/castepformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\340.\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=521866, ...}) = 0
mmap(NULL, 2126352, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba3db000
mprotect(0x7f7fba3e2000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba5e1000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x6000) = 0x7f7fba5e1000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba5e1000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/xedformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\260'\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=432606, ...}) = 0
mmap(NULL, 2118032, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba1d5000
mprotect(0x7f7fba1da000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba3d9000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x4000) = 0x7f7fba3d9000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba3d9000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/PQSformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5

它打开目录/usr/local/lib/openbabel/2.3.2，然后读取其中的所有条目。有 4200 字节的条目。然后它按顺序加载一堆 .so 文件（共享库）。这些大概就是它在/usr/local/lib/openbabel/2.3.2.

好的，现在让我们看看失败的那个：

open("/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
fcntl(5, F_GETFD)                       = 0x1 (flags FD_CLOEXEC)
brk(0x1dd6000)                          = 0x1dd6000
getdents(5, /* 3 entries */, 32768)     = 80
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
brk(0x1dce000)                          = 0x1dce000
close(5)                                = 0
write(2, "Could not find input format for "..., 76Could not find input format for file: files/Compound_014725001_014750000.sdf) = 76

而是打开/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel。然后它只读取 80 字节的条目，可能是因为该目录是空的或接近空的。然后它立即打印错误消息。

因此，配置似乎指向了错误的目录，或者该目录从未被所有 .so 文件填充。请注意，Compound_014725001_014750000.sdf在这两种情况下都很好。如果你从我开始引用的地方看上面几行，你可以看到那个打开的系统调用。

于 2014-04-30T23:01:50.057 回答